蛋白质三级结构（
protein tertiary structure）:蛋白质分子处于它的天然折叠状态的三维构象。三级结构是在
二级结构的基础上进一步盘绕，折叠形成的。
三级结构主要是靠
氨基酸侧链之间的
疏水相互作用，氢键，
范德华力和
静电作用维持的。（在二级结构的基础上借助各种
次级键卷曲折叠成特定的球状
分子结构的构象）
蛋白质的三级结构是指
球状蛋白质的多
肽链在
二级结构的基础上相互配置而形成特定的构象。
α螺旋、
β折叠、
β转角和
无规则卷曲等二级结构通过
侧链基团的相互作用进一步卷曲、折叠，借助
次级键的维系形成
三级结构，三级结构的形成使肽链中所有的原子都达到空间上的重新排布，它是建立在二级结构、
超二级结构和结构域基础上的球状蛋白质的高级
空间结构。
球状蛋白质及其
亚基根据他们的结构域类型可以分为4类：全α结构、α，β结构、全β结构和小的富含金属或
二硫键结构。
三级结构多指肽链中所有原子在空间的排布。此外，在某些蛋白质分子中。
二硫键对其三级结构的稳定也起重要作用。