《史记·卫将军骠骑列传》：“右将军
苏建尽亡其军，独以身得亡去，自归大将军……遂囚建诣行在所。”
裴駰集解引
蔡邕曰：“天子自谓所居曰‘行在所’，犹言今虽在京师，行所至耳。”
《
汉书·武帝纪》：“谕三老孝弟以为民师，举独行之君子，徵诣行在所。”颜师古注：“天子或在京师，或出巡狩，不可豫定，故言行在所耳，不得亦谓京师为行在也。”
宋高宗赵构
建炎元年（1127）在“南京”（即应天府，今河南商丘）即位后，为避金兵进攻，以巡幸为名，先后流亡至扬州、
平江府（今江苏
苏州）、杭州、
建康府（今江苏南京）、绍兴府（今浙江绍兴）等地，均以“行在”名之。其间建炎三年二月驻跸杭州时，诏以为行宫。七月，升杭州为
临安府。绍兴八年（1138），正式以
临安府为都城，仍称为行在（因为开封才是首都）。所以李刚所称“南京”为今河南商丘，而陆游所说“建康”才是江苏南京。
靖康之变后，
北宋沦亡，被
金朝所灭，
宋高宗逃往南方建立
南宋。为显示收复故土的决心，南宋在
杭州设立
临安府（意为临时安顿之意），称之为行在，而仍将北宋历代先帝陵寝所在的
东京汴梁城称为京师。《
马可·波罗游记》和同时期的西方著作均将
杭州称为行在（Quinsay），可见直到元代早期，行在仍是对杭州最通行的称呼。
明朝燕王
朱棣假
清君侧之名，发动靖难，攻打当时其侄儿
建文帝的京师金陵应天府，夺得皇位。但朱棣决意要迁都自己发迹之地燕京北平，于是在永乐元年就将北平升为北京，后又在北京设立六部，称“
行在六部”。朱棣随后着力经营北京，兴修宫殿、疏浚运河，并经常前往北京处理朝政。永乐十八年，朱棣正式迁都北京，北京成为京师，不再称行在，金陵应天府（今南京）则改为陪都。
朱棣死后，其长子
明仁宗朱高炽登基即位。朱高炽希望将首都改为自己做太子监国时的故地金陵（今南京），又将北京改为行在。直到
明英宗正统六年，北京才恢复名义上的京师地位，不再称为行在。
《
清史稿》：“二十二年，上南巡，江苏布政使夏邑彭家屏以病告家居，觐徐州行在。”