诸葛长民有文武才干,但
品行不端,无乡曲之誉。
桓玄以他参
平西将军军事,作自己属僚,但不久就因贪污被检肃,心怀恨意。
元兴三年(404年),
刘裕与
刘毅、
何无忌等密谋讨伐
桓玄,诸葛长民时任
刘裕的参军,就与刘裕等合谋,计划起兵时由诸葛长民杀死
豫州刺史
刁逵,占据
历阳。不过,诸葛长民到
历阳后却因误了日子而起兵失败,被
刁逵收捕,并以槛车押送到
建康。但行至当利时,
桓玄就因败于刘裕而弃守
建康,西走江陵,而押送诸葛长民的人就救出了他,并回攻
历阳,逼得刁逵弃城而走,最终
刁逵被捕诛杀,而刘裕就以诸葛长民为
辅国将军、宣城内史。不久,桓歆率氐人
杨秋进攻
历阳,诸葛长民在
魏咏之统率下又率众击败杨秋,并在历阳西北的练固斩杀
杨秋;另又与
刘敬宣于
芍陂击败桓歆,令其渡
淮河北逃。
义熙二年(406年),诸葛长民因其功而封
新淦县公,以本官督淮北诸军事,驻镇山阳。
义熙八年(412年),时为
太尉的
刘裕西伐刘毅,诸葛长民以监太尉
留府事驻守建康,不过诸葛长民骄纵贪侈,多做不法之事,又聚敛珍宝美女、营建府第屋宅,都不知节制,更残暴凶虐,百姓都苦不堪言。刘毅被诛杀后,诸葛长民本已因自己行为不法,怕会因罪责追究到自己,现见刘毅败死,更怕大祸临头,“昔年醢
彭越,今年杀
韩信。祸其至矣!”于是打算造反。当时诸葛长民向
刘穆之探听
口风:“人们说我和
太尉(
刘裕)不和,这为什么呀?”刘穆之却说:“刘裕西征,将年老母亲和幼小弟弟都交托给将军,怎会不和呀!”不过其弟诸葛黎民却坚定的劝他造反,更要诸葛长民趁刘裕未返建康就行动。不过诸葛长民犹豫不决,更感慨的叹道:“贫贱常思富贵,富贵必履危机。今日欲为一布衣百姓,岂可得乎!”诸葛长民于是写信给
冀州刺史
刘敬宣,约他一起造反。
刘敬宣委婉拒绝,并将此事向
刘裕报告。
刘裕知道后,更坚定诛杀诸葛长民的决心。
义熙九年(413年),
刘裕班师返回建康,不断命辎重与他一同回去,于是拖慢了进度,到了约定回去的日子仍未回去,诸葛长民和百官只得多日在新亭守侯刘裕到来。
刘裕及
后坐小船入建康,静静的回到府邸东府。三月丙寅日,诸葛长民知
刘裕回来了,惊讶之余亦到东府见刘裕,刘裕也命壮士丁旿躲起来,然后才接见诸葛长民。二人见面后,笑谈如平日,诸葛长民谈得十分高兴;就在他放下戒心后,丁旿就走出来,用杖击杀诸葛长民,并将尸体送到
廷尉。诸葛长民死后,
刘裕立刻派人杀长民的兄弟。大弟诸葛黎民“素骁勇,格斗而死”;小弟
大司马参军诸葛幼民逃到深山,被人告发抓回斩杀。诸葛氏被诛灭后,人们都感释怀,更恨他们被诛杀得太迟了。
窦臮《
述书赋》:“长民则全效子敬,便于
性分,宏逸生于天机,众妙总而独运。凌所师而小薄,壮若己而不紊。犹豁其流而冰开,殷其响而雷奋。”
诸葛长民举义平
桓玄后变得富贵,但每月总有十多晚在睡梦中惊醒,并一直跳跃,好像和人在打斗般。一次
毛脩之和他一同过夜,正看见他这样,十分惊吓,于是问诸葛长民,诸葛长民就说他看见一个样子很黑、有毛、脚部不明显和十分健壮的东西,只有他才能制服它。
诸葛长民曾在屋中的柱子和椽桷都见过有蛇头出现,于是命人用刀去砍,但砍下去时蛇头就消失了,持刀者走开很蛇头又冒出来。诸葛长民又听到洗衣的棒子(捣衣杵)发出声音如有人在对话,他对这些怪事不能解释。他又曾在墙中看见有巨手,他命人去斩它,突然又不见了。而这些事出现后不久,诸葛长民就遇害了。