日本行政区划制度，随明治政府于1871年实施的废藩置县政策而建立，一般分为都、道、府、县（广域地方公共团体）以及市、町、村、特别区（基础地方公共团体）两级。

1.都、道、府、县

2.支厅（部分地区设立）

3.郡（虚级）、市（普通市以及政令指定都市、中核市、特例市）、特别区

4.町、村、区（政令指定都市的区）

分县地方区划（人口为2005年普查初步值。2007年1月初登录）：北海道、东北地方、关东地方、中部地方、近畿地方、中国地方、 四国地方、九州地方、冲绳。

截止2007年4月1日，都道府县下设782个市、827个町、195个村。另外东京都下设23个特别区（法律地位为“特别地方公共团体”，与政令市的行政权限类似，唯为确保大都市的行政一体性，如上下水道、消防等事务，仍由“都”负责），北海道下有14个支厅，为特别地方政府。

面积：根据日本国土地理院2006年4月1日发布的面积速报值。包括日本宣示主权但处于俄罗斯实际控制下的北方四岛5036.14平方公里（其中齿舞群岛99.94平方公里，色丹岛及属岛253.33平方公里，国后岛及属岛1498.83平方公里，择捉岛及属岛3184.04平方公里）、日本宣示主权但处于韩国实际控制下的竹岛（独岛）0.18平方公里，不包括我国宣示主权的钓鱼列岛5.56平方公里面积。

明治以前，日本地方仍是三百藩林立的世界。倒幕成功后，日本开始进行革新。

明治二年（1869年），在大久保利通和木户孝允等人努力下，各藩陆续上表朝廷，请求奉还版籍。版籍奉还使明治政府以和平的方式收回各藩的版籍，全面废除领主制。

明治四年（1871年）七月，废藩置县，全国废除260余藩，划为1使3府302县，同年11月调整为3府72县，到明治二十三年（1890年） 再调整为3府43县，由中央政府任命府县知事。此后100年除东京府在1943年改为东京都外，日本本部没有大的变动。

地方政府有以下几点需要说明：

1、东京都

通常所说的“东京”是东京都市圈而非行政区，它在地理范围上并非只包含东京市或东京都。在行政区划分上，东京都包含三个主要的地理分区：通常被称为“东京23区”的23个特别区（原东京市）、23区西边的“三多摩地区”以及一些位于太平洋上由东京都管辖的岛屿。

2、支厅

北海道没有实行县制，仍旧保持道政，道下分为14支厅，支厅下再分为市和郡，郡下为町和村。 在对马和壹岐分别设立市后，除北海道外，就剩东京都的几个海上支厅，不过这几个支厅和郡平行。

3、政令指定市（designated city）

一些人口众多的城市被升格为政令指定市，拥有更多处置地方事务的职权。政令指定市下分为若干区。

4、市町村合并

日本政府历史上推动了几次地方自治体合并。2004年，市町村的总数首次跌到3000以下，2007年12月1日跌破1800。

市的设立标准为5万人，町的设置标准为5000人且工商人口达60%以上。不过日本几次将设市标准降到3万人，鼓励市町村合并。除东京外，共有12座城市的人口超过100万。

这里是所有人口满50万的都市名单。