1951年3月，第四军分区改称
福建闽侯军分区，辖区及军政主官均未变。机关设司令部、
政治部、后勤处等。下辖直属警通连、福建军区警备第四团及8个县独立营，共6651人。5月，各县及所属区相继成立
人民武装部，属解放军建制。
1952年6月，各县独立营、警备第四团分别调往省公安厅、工业厅和福建军区炮兵团，共调出4066人，余额扩充公安队伍；各独立营营部及编余人员充实各县人武部；专区公安队、福州市郊人武部等单位划归军分区代管。1953年3月，军分区机关迁连江琯头，旋移福州马尾。1954年8月、12月，福建军区警备第八、第五团先后调闽侯军分区担负海防任务，归军分区指挥。1955年1月，各县人武部改称
兵役局。
1956年7月底，为使军事机构与地方行政区划相适应，撤销闽侯军分区。长乐、罗源、连江县兵役局划归福安军分区建制；福清、平潭、永泰县兵役局划归晋江军分区建制；闽清县兵役局划归南平军分区建制；闽侯县兵役局直属
福州军区兼福建省军区建制。边防第二十二、第二十三团(当年1月由警备第五、第八团改编而成)改归福安军分区指挥。
1959年12月25日，恢复闽侯军分区，以守备第十三师师部部分人员和原第六海上巡逻队队部为基础扩编组成，司令员俞增林，政治委员王荣森。机关设在闽侯县黄山(后移螺洲西北的杜园)，编制150人，设司令部、政治部、后勤部。辖闽侯、闽清、连江、福清、长乐、永泰、平潭7个县兵役局。
1970年7月，军分区机关随同闽侯专区革命委员会移驻莆田荔城，改辖莆田、仙游、闽侯、福清、长乐、闽清、永泰、平潭等8个县人武部，1971年5月，改称莆田军分区，辖区不变。
1.1952年6月，军分区整编，增设轮训队；机关调整为
参谋、训练、调查统计、组织动员、政治工作科，干部管理部，后勤处(不设科，下属1个卫生队)；撤销各县独立营；警备第四团上调。9月，干部管理部改称干部科，后勤处改称后勤
3.1954年10月整编后，机关设司令部(作训、情报、通信、队列科、行政经济管理处)、兵役工作科、政治部(组织、宣传、保卫科、敌工组)、干部科、财务科、军法处。警通连缩编为警通排。
1951年5月，
闽侯、
闽清、
连江、
罗源、
福清、
长乐、
永泰、
平潭相继成立县人武部和75个区人武部。1955年1月1日，县人武部改称县兵役局，仍属军分区建制，接受军队与地方双重领导；除沿海15个区仍保留人武部外，其余区人武部均撤销。1959年恢复闽侯军分区后所辖县兵役局已如前述。1960年1月1日，各县兵役局改称人民武装部。1961年2月，连江县人武部划归福州军分区建制。1963年9月，连江、罗源、古田、屏南4县人武部划归闽侯军分区建制。1970年7月又划归宁德军分区建制，同时将晋江军分区莆田、仙游二县人武部划归闽侯军分区建制。