1917年8月，
孙中山在广州召开
国会非常会议，成立军政府，宣布护法。在此前后，孙中山命民党人士、众议院陕西籍议员焦冰 (子静) 于5月、9月两次回陕组织护法军，发动反段（
段祺瑞）驱陈（
陈树藩）斗争，并委驻防白水的陈树藩部骑兵团团长、民党人士
高峻为陕西护法军总司令，驻西安之陈部陕西警备军统领
耿直为陕西靖国军招讨使。1917年12月3日，高峻首先在白水起兵，以西北护法军总司令名义，宣布独立，打响了反段驱陈斗争的第一枪。12月10日，耿直率部在西安起义。同时，驻防凤翔的
郭坚率部开赴户县与耿直会合，在
周至召开会议，发布护法讨陈檄文，宣布成立陕西靖国军，郭坚任总司令，耿直任副总司令，下设8个支队。1918年1月25日，陕西靖国军攻克白水，撤退时，耿直中弹牺牲。同时，
胡景翼部之
张义安在三原起兵成功，举陕西靖国军旗帜，胡景翼为右翼军总司令，
曹世英为左翼军总司令。并于2月2日发出讨陈檄文。经西安、渭北、关山等战役后，陕西靖国军日益强大，占领了渭北等地。1918年7月，
于右任奉孙中山之命回到三原，经各部代表商讨，决定组成陕西靖国军总司令部，公推于右任为总司令，
张钫为副总司令。总司令部设于三原，改编各部为六路。此时，全国形势处于南北对峙状态，但对陕西都势在必争，南北双方各派援军相继入陕。援于之滇军、鄂军、川军，援陈之奉军、直军、镇嵩军、段系川军，双方约计20余万，兵连祸结，使陕西人民处于水深火热之中。
1919年4月南北议和后，陕西靖国军统辖的地区只有渭北之三原、泾阳、高陵等8个县的全部或一部，隔渭水与陈树藩南北对峙。1921年秋，北洋政府派
阎相文、
冯玉祥相继督陕，靖国军大部被收编。1921年9月19日，胡景翼在三原召开“国民代表会议”，9月25日通电取消陕西靖国军。在陕西靖国军各路相继接受奉军、直军改编过程中，唯有第三路第一支队司令
杨虎城始终反对收编，要求恢复陕西靖国军司令部。1922年3月23日， 杨虎城派人迎接于右任进驻武功，复设陕西靖国军司令部于凤翔，于右任为总司令，李夺为第一路司令， 杨虎城为第三路司令。此时
直奉战争又起，冯玉祥率部出关，
刘镇华代署陕督。在刘镇华部围攻下，于右任于1922年5月出走上海， 杨虎城败退陕北，余部被刘镇华收编。至此，陕西靖国军结束。