初平四年（193年），公孙瓒杀害刘虞，鲜于辅、
鲜于银、
齐周等人集结率领州中的军队，要一同为刘虞报仇。燕国人
阎柔因平素威信较高，被推举为乌桓司马。阎柔召引胡人、汉人，有数万之多，与公孙瓒委任的渔阳郡太守
邹丹在潞县以北大战，阎柔获胜，斩杀邹丹及其部下四千余人。乌桓峭王率领乌桓人及鲜卑人，共七千余骑兵，随鲜于辅南下迎接刘虞的儿子
刘和，与
袁绍部将
麴义联合，共计十万兵马，进攻公孙瓒。诸军在鲍丘大破公孙瓒，斩杀两万余人。于是，代郡、广阳郡、上谷郡与右北平郡纷纷起兵，杀死公孙瓒所委任的官员，又与鲜于辅、刘和的队伍会师。公孙瓒军队屡战屡败。
公孙瓒败亡后，鲜于辅为属下官民所推重，代行太守之事，他与
田豫素来关系很好，任命田豫为太守府长史。当时群雄并起，鲜于辅不知依从谁好。田豫对鲜于辅说：“最终能够安定天下的，一定是曹操。应该赶紧投奔他，不要等着以后遭祸。”鲜于辅听从了他的建议，率领部下归附朝廷，
曹操任命鲜于辅为建忠将军，都督幽州六郡军务。
建安五年（200年），官渡之战爆发，鲜于辅到前线拜见曹操，被拜为左度辽将军，封亭侯，遣他回去镇抚本州。曹操大败袁绍后，高兴的对鲜于辅说：“之前袁绍把公孙瓒的头送来，我看自己也很快被他消灭。如今却打败他，既是天意，也是你们的功劳。”
建安十年（205年）正月，曹操攻破南皮，阎柔带着部众来到曹操军中，并将鲜卑名马献给军队，鲜于辅也率
幽州的军队正式投降。这一年，三郡乌桓出兵犷平，攻打鲜于辅，八月，曹操出兵救鲜于辅，击退乌桓。
建安十八年（213年），鲜于辅与
荀攸等人共劝曹操进位魏公（此处记载鲜于辅为“建忠将军、昌乡亭侯”）。
魏国建立后，法令禁止酗酒，但
徐邈常私下痛饮以至于酩酊大醉。校事
赵达询问政事，徐邈称他是“中圣人”。赵达把这话传给曹操，曹操很是恼怒。度辽将军鲜于辅劝说道：“平常喝醉酒的人称清酒为圣人，浊酒为贤人。徐邈性情谨慎，这不过是酒醉胡言乱语罢了。”结果没有被判刑。
延康元年（220年），鲜于辅与魏国公卿共劝魏王
曹丕即帝位。（即《魏公卿上尊号奏》中的“虎牙将军南昌亭侯臣辅”。）
后来，鲜于辅迁为辅国将军。
轲比能因兼并各部的战争多次遭到田豫等的干预，由此心怀反叛之心，并给辅国将军鲜于辅写信说：“胡人不识文字，故校尉阎柔为我向天子保举。我与素利为仇，往年派兵攻讨，但是田豫却协助素利。我在阵地上派琐奴前往，听说您来，马上撤回军队。步度根处处抢掠，又杀死我弟弟，反诬蔑我为强盗。我们落后，不知礼义，但我们接受天子印绶，牛马尚且知道水草为美，何况我还有人心。将军应替我向天子讲明情况。”鲜于辅得到书信后，上报朝廷，曹丕又派田豫招纳安慰。
曹操：“前岁袁本初送公孙瓒头来，孤自视忽然耳，而今克之。此既天意，亦二三子之力。”
根据《三国志·公孙瓒传》，公孙瓒败亡后，鲜于辅率众奉王命，被任命为建忠将军。建安五年（200年）官渡之战时，鲜于辅被任命为左度辽将军。又按《三国志·徐邈传》记载，魏国建立后，鲜于辅仍是度辽将军。