1622年（明天启二年），黄宗昌中壬戌科
进士，授
雄县令。当时，宦官
魏忠贤的党羽猖獗，黄宗昌到任后，立即将雄县境内横行不法的
阉党一一正法。后调任
清苑县（今河北省清苑县）令，这时，京城附近各县的官吏，纷纷为魏忠贤建造
生祠，独黄宗昌辖治的清苑县不建。
崇祯时，黄宗昌官授
御史，曾上《纠矫伪疏》，弹劾魏忠贤余孽
黄克缵、
范济世等61人。上《纠无行词臣疏》，弹劾
周延儒等“淫嬉无度，欺罔擅行，受贿卖官，贪赃枉法”数罪，适逢国有大庆，周延儒只被罚俸半年了事。明崇祯二年，黄宗昌奉旨
巡按湖广。时
岷王朱禋洪被校尉彭侍圣和善化王的长子
朱企鋀等杀死。参政龚承荐等不具实上覆，迟迟未能结案。黄宗昌到任后，很快查明案情，惩办了凶手，同时上疏弹劾龚承荐等玩忽职守罪。后来，黄宗昌因受排挤被降职，随即回乡闲居。
1642年（明崇祯十五年），即墨遭清兵围困。黄宗昌变卖家产作军饷，率众护城。交战中，次子黄基被清兵射死，黄宗昌忍痛指挥士民继续战斗，即墨得以保全。而次子基中矢死，其妻及三妾殉之，时人谓之一门五烈。
1644年（明崇祯十七年），黄大夏、郭尔标等人倡众起义，围困即墨城，即墨县令仓惶逃走。黄宗昌纠合即墨士绅进行抵抗。起义军围城40多天，城不能破。后来，黄宗昌派
杨遇吉率20余骑闯出城外，引来清兵，里外夹击，起义军遭镇压而失败。