1659年是一个平年，是农历己亥年，是猪年。年号：南明永历十三年。清顺治十六年。它的第一天在星期三开始。以下为本年发生大事。

1月，莫里哀创作《可哭的女才子》，辛辣地讽刺了资产者的附庸风雅，抨击了贵族社会所谓“典雅”生活的腐朽无聊，因而触怒了贵族势力，遭到禁演。

1月4日，当时的幕府官员稻叶伊予守正则，率领定火消（消防队名）4个队，在上野东照宫进行了第一次气势磅礴的消防演习，极大地鼓舞了当时在大火的焦土中痛苦绝望的百姓。以这件事为契机，定火消的“出初式”每年1月4日在上野东照宫举行，成为一件必须例行的公事。

2月2日，开普敦第一任总督赞·范里贝克采用自己园中的葡萄酿制出第一批葡萄酒。

2月11日，瑞典军队围攻哥本哈根，但没有夺下该城。

2月21日，平西王吴三桂及赵布泰、尚善等率清军与李定国部战于滇西磨盘山（今马龙县西北）。

3月15日，清立明崇祯帝碑，碑文由大学士金之俊撰写。碑文总结了明思宗崇祯朝失政的原因，指出，崇祯帝之所以失天下，并非由于他的失德所致，而是朝野内外文武事权在握者无一实心办事之人；并告诫后世之臣要悚然知所警戒，后世之君要慎于用人。总之，国君以安民为政务之本，而安民又要以知人为本，这实为“万世之常经”，永远成为为君为臣的“宝镜”。

4月，俄军在乌克兰包围波军一部，6月失利。

4月8日，北京紫禁城太和殿第二次改建竣工。

6月，郑成功称招讨大元帅，率十七万水路大军，在崇明岛登陆，开始北伐。

8月，俄军主力从基辅出发，在第聂伯河左岸地区告捷。

8月28日，明昭宗朱由榔由腾越(今云南腾冲县)逃往缅甸。

11月7日，西班牙和法国签订比利牛斯和约。法国路易十四与西班牙腓力四世签定比利牛斯条约，西班牙因没有得到哈布斯堡的支援，而决定割让边界领土给法国以和平结束战争。该协定还包括法国国王路易十四世和西班牙公主玛丽·泰蕾莎之间的婚约，公主的嫁妆为50万金埃居，分三笔付清。这婚约使路易成为欧洲权力最大的国王。

11月9日，顺治帝自南苑出西红门狩猎，至昌平，见明陵殿宇墙垣倾圯已甚，周围树木多被砍伐，命工部将残毁诸处尽行修葺，禁采树木，添设陵户，并令昌平道官不时严加巡查。（1660）十一月二十七日，他谕令礼部说：明崇祯帝励精图治十七年，考其生平，无甚失德，只因“寇乱国亡，身殉社稷”，“殊堪矜悯，宜加谥号，以昭实行”，特为崇祯加谥号曰庄烈愍皇帝。

12月11日，库尔兰正式宣称放弃新库尔兰。

12月19日，清廷制定了世职承袭例：除嫡子孙承袭外，有绝嗣者许亲兄弟及亲兄弟子孙承袭三世，三世之后停止承袭，且嗣养疏远宗族之子，不准承袭。次年（1660）十二月初五日，清廷又改定世职承袭例：凡系世职，有子有孙者仍照常袭替；原规定无子孙者除亲兄弟外，其他人不准袭替，改为无子孙者，有本生祖、父、亲伯、叔、兄、弟、侄男、侄孙概许袭替；其余嗣养疏远宗族之子仍不准袭替。

毛晋逝世，毛晋（1599－1659）。晋字子晋，原名凤苞，常熟人。建汲古阁目耕楼藏书，校刻《津逮秘书》、《六十种曲》等。

朱之瑜东渡日本

顺治十六年（1659）冬末，年逾花甲的朱之瑜在长崎登岸，开始了在日本二十余年的讲学、传艺和著述生涯。朱之瑜，字鲁玙，生于浙江绍兴府一个世宦之家。明崇祯十一年（1638），他曾赴京应礼部试，取恩贡生。弘光政权建立后，朱之瑜因不屑于与阉党马士英为伍，遭到通缉，被迫逃往舟山，为原江北总兵黄斌卿规划抗清战事。顺治十六年冬末，他孑然一身流寓日本后，以家乡水名取号舜水，广泛交结日本思想、教育、学术界朋友，并把中国古代工程设计、建筑技艺的许多经验带给了日本，其影响和成就是多方面的。例如，在朱之瑜的影响下，日本水户藩第二代藩主德川光国创立了水户学派，编纂《大日本史》，该学派对后来的明治维新产生了一定的影响。