1912年4月28日在西安成立，并于6月23日正式开学。三秦公学是辛亥革命以后陕西仿日本公学体制成立的一所介于高等教育和中等教育之间并以理工教育和留学教育为主的新式学校。在陕西近代高等教育的起源中占有重要地位，与西北大学早期的发展也有密切关系。1914年初袁世凯派其亲信陆建章入陕，下令解散了革命党人创办的三秦公学，将其中学班归入省立三中（今西安市第四十一中学），其余则归入西北大学。

1911年10月22日，陕西与湖南作为首先响应武昌起义的两个省份，爆发了辛亥革命。陕西辛亥革命中投笔从戎的留日返陕学生、陕西各学堂师生和进步的政界、文化界人士，痛切地感触到：“百废待举，教育特一端耳 夫国力视物质为强弱，物质随人智为为发达，人智以教育为先导。”战事历经5月有余，稍事安定不过月余，即开始筹建陕西近代两所最为著名的学校：一为西北大学；二即为三秦公学。

三秦公学体制仿日本公学体制而成。学校为公立民助性质，开办费除“由发起人筹备外，更承当道诸公热心赞成，分任巨款。”陕西地方政府亦有一定补助，之后又多次添拨银两。从其之后的支出和收入来看，三秦公学的经费运转是相当成功的。

三秦公学的发起人主要有刘定球，田种玉、宋向辰、王来庭、焦子静等。赞成人主要有张凤翙、高幼尼、马青山、康继尧、张云山、郭希仁。

学校的行政体制为董事会领导下的校长负责制。董事会会长为吴希真(一度任庶务长兼柔术教员)、张聚庭;干事为于海沧；评议委员有薛卜五、常明卿、杨松轩、王岐山、郑云章、王友卿、李约之、王伟齐等。

其董事长吴希真(1886～1924)曾留学日本，为陕西辛亥革命中的著名将领，曾任秦复汉军西路司令，1915年任讨袁西路司令，1917年又任西北靖国军左路第一支队司令等。张聚庭为督府东路筹饷大使。

董事会“以维持三秦公学永远公立为宗旨”，职责主要有：“决议公学章程、检查公学之预算决算、关于公学经费之筹助、协同公学职员议决一切扩充改良事件、公学职员之进退、办理公学发生之特别事项”等等。凡热心学务、品学兼优，并赞助百金以上者均可加入董事会。会长总理本会一切事务。董事会会议分为例会(每学期一次)、职员会(无定期)、临时会三种。其中临时会议是遇特别重大事件时，由会长提议，或由会员5人、公学职员3人以上提议即可举行。学校具体校务由职员会议议决，“凡一切事件，除各部分应得专行者外，若关校内兴革事概由各职员会议共同决定”。诸如学生班次、学校章程、校服、南北设校等问题，均曾在职员会议议决。

在校政设置方面，公学设有校长、教务长、庶务长、学监、舍监、书记、会计、桑园经理等。田种玉任校长，张允耀任教务长，湖北方言学校肄业的湖南永顺人董明铭任庶务长、陕西高等学校肄业的澄城人韩声平和北京实业学校肄业的富平人周元璐共任学监，中国公学肄业的商县人张绪籍任舍监，陕西高等学校预科毕业的商县人于炳瀛任书记，日本经纬学校毕业的蒲城人李鼎馨任会计，浙江蚕桑学校毕业的蓝田人赵丕翊任桑园经理兼蚕桑科教员。著名水利工程专家、蒲城人李仪祉曾任该校教务长兼德文、物理教员，因留学德国而离校;渭南人严敬斋曾任教务长兼英文教员，因留学英国而离校;蒲城人、日文教员李子逸因升任本省教育司长而离校。

在公学教职员中，懂英、德、日文者达20位，这占常年在校的30余位教职员的60%以上，如与先后在职的教师总数56人计，也占36%左右。数学、物理学、化学、博物学、地学、蚕桑等科学技术方面的教职员先后达19位，占前后在职教职员总数的40%左右。这从一个角度，表明了三秦公学以传授西学为主，以留学预备教育为主和以传授科学技术知识为主的办学特色。