中国科学院上海药物研究所前身是国立北平研究院药物研究所，创建于1932年，次年迁至上海，2003年搬迁至浦东张江高科技园区，是中国历史最悠久的综合性创新药物研究机构。

1932年，由国立北平研究院和北平中法大学合作创建国立北平研究院药物研究所。

1933年，国立北平研究院药物研究所迁至上海。

1950年3月，并入中国科学院有机化学研究所，为药物化学研究室。

1953年，成立中国科学院药物研究所。

1955年，开始研究生培养工作。

1970年，中国科学院药物研究所改名为上海药物研究所。

1978年，上海药物研究所更名为中国科学院上海药物研究所。

1981年，被国务院批准为全国首批博士和硕士学位授予单位。

1994年，被国务院学位委员会批准为“开展自行审定、审批博士生指导教师”的试点单位。

1998年，被中国科学院批准为博士生重点培养基地。

2003年，中国科学院上海药物研究所搬迁至浦东张江高科技园区。

2004年9月，中国科学院上海药物研究所与华东理工大学合作共建的华东理工大学药学院成立。

2014年1月16日，以上海药物所为主体成立的中国科学院大学药学院揭牌暨落户上海国际医学园区签约仪式在上海举行。

截至2014年底，上海药物所共有在职职工778人，其中科技人员548人、科技支撑人员116人，包括中国科学院院士3人、中国工程院院士3人、研究员及正高级工程技术人员101人、副研究员及高级工程技术人员126人，共有万人计划1人，“新世纪百千万人才工程” 11人，国家杰出青年科学基金获得者21人， “优青”7人。

中国科学院院士：谢毓元、陈凯先、金国章

中国工程院院士：池志强、唐希灿、丁健

万人计划入选者：南发俊

国家杰出青年科学基金获得者：

截至2014年底，上海药物所共有4个国家级研究中心，6个研究室，11个技术平台研究中心。

国家级研究中心：新药研究国家重点实验室、国家新药筛选中心、中药标准化技术国家工程实验室、国家化合物样品库

研究室：药物化学研究室、天然药物化学研究室、药理学第一、第二、第三研究室、中国科学院受体结构与功能重点实验室

技术平台研究中心：药物发现与设计中心、药效评价研究中心、上海药物代谢研究中心、药物安全评价研究中心、药物释放系统研究中心、中药现代化研究中心、药物质量控制与固体化学研究中心、化学蛋白质组学研究中心、药物靶标结构及功能研究中心、神经药理国际科学家工作站、蛋白质折叠国际科学家工作站

截至2015年8月，中国科学院上海药物研究所信息中心年订购和交换的外文现刊保持在200多种，可提供全文的外文电子期刊5800多种、中文电子期刊8000多种。拥有专业数据库90多个，形成覆盖药物设计与发现、临床前研究、临床研究、中试生产、注册上市、安全监管等药物研发各阶段，以药物化学、天然产物化学、药理学、毒理学、分子生物学、细胞生物学及相关专业文献为主的资源体系。

根据2016年4月研究所官网显示，上海药物所公共技术服务中心管理的仪器设备有45台，原值近7302万元。

根据2016年3月研究所官网显示，研究所与法国 Servier 公司的合作 在药物筛选及治疗糖尿病新药发现方面进行合作研究。2007年9月双方签署了共建药物所-施维雅联合研发中心的协议，在中枢神经系统新型靶点和功能确认、先导化合物发现以及神经精神、肿瘤、糖尿病等疾病的新药研究领域积极开展项目合作。2012年2月，共建“早期药物代谢和毒性评价”联合实验室。

1999年9月，药物所与瑞士爱泰隆（Actelion）公司共建了联合室，在中国首次运用遥测（Telemetry）技术开展实验研究。2010年7月，建成了全新应用遥测技术的安全药理实验室，在基于抗肿瘤药物新靶点的创新药物研究领域开展合作研究。

2007年3月，药物所与全球大型制药企业阿斯利康（AstraZeneca）公司签署了为期十年的“药物安全评价战略联盟”合作协议。2010年7月，双方合作的“药物安全评价战略联盟”实验设施完成建设并投入使用。

2008年4月，由国家新药筛选中心、上海张江生物医药基地开发有限公司、世界卫生组织和诺和诺德公司共建包含天然产物及合成化合物在内占地6000多平方米的化合物样品库。2012年建成国家化合物样品库，是亚洲国家非盈利机构拥有的最大化合物库之一。

2014年，研究所有在研国际合作项目28项，新签国际合作项目协议4个，国际合作项目到位经费4500万元，其中：药物所－施维雅早期联合实验室共建立早期药物代谢评价体系，与比利时UCB 公司开展计算生物学合作项目，加入由美国GPCR 数据共享联盟，全年接待来访团组40个180 多人次，其中特别接待葡萄牙共和国总统卡瓦科、泰国公主朱拉蓬等外国政要访问，全年共邀请50场中外专家学术报告，组织和承办7场国际学术会议，提升了药物所的国际知名度和影响力。

2021年11月17日，先声药业宣布与中国科学院上海药物研究所（上海药物所）等就抗新型冠状病毒（SARS CoV 2）新药开发达成项目合作。

2022年12月26日，SIM0417为先声药业与中国科学院上海药物研究所、武汉病毒研究所联合开发的3CL靶点新冠治疗口服药，于2022年3月28日通过特别审批程序获得国家药监局临床批件，并被纳入国务院联防联控机制科研攻关重点目录。

根据2016年3月研究所官网显示，建所80年来，药物所共获得各类科研成果奖170余项，其中国家三大奖20项，全国科学大会奖等奖励21项，省部级奖90项。

根据2016年3月研究所官网显示，1998年以来，研究所累计发表论文3500余篇，其中SCI论文2811篇，2006年以来，影响因子大于3的累计660篇。发表的SCI论文和引用率连续七年保持全国科研机构前15名，位列全国药学院校和科研机构首位。

2014年，上海药物所全年共发表sci论文540篇，影响因子（if） 总数2310.889，总被引频次691次，（其中通讯作者272篇，影响因子总数1167.62，总被引频次294次），平均影响因子4.279，篇均被引频次1.28次/ 篇，影响因子5，以上的论文121篇、3以上的论文已达317篇，在GPCR、化学蛋白质组学研究、分析动力学模拟、新型结构、新技术研究方面取得重要突破，首次解析P2Y12与激动剂和拮抗剂复合物的晶体结构，为新型抗血栓药物的研发提供了重要基础，两篇论文于2014年5月1日同期在Nature刊出后即被新华社、路透社等国内外媒体报道。

2014年，上海药物研究所共有在研项目425项，其中承担国家重大科技专项课题44项，主持（或承担） 国家重点基础研究发展计划（973计划） 和国家重大科学研究计划项目15项、承担（ 或参加） 课题8项，主持（或承担） 国家高技术研究发展计划（863计划） 项目5项，主持（或承担） 国家自然科学基金重点项目6项、面上项目73项、国家杰出青年科学基金项目8项、国家自然科学基金重大研究计划重点项目2项，主持（或承担） 中国科学院战略性先导科技专项课题1项，主持（或承担） 院重点部署项目2项，承担重点国际合作项目2项。

2014年，上海药物所共申请专利98项，共获专利授权40项，其中有国内专利33项，国外专利7项，获商标注册1项。

《Acta pharmacologica Sinica》（《中国药理学报》）创刊于2000年，月刊， 被PubMed收录， 被SCI收录，其研究领域为：药理学。是中国药理学及药学领域唯一被收录至科学引文索引（SCI） 的学术期刊，其影响因子（if） 为2.468。

《Asian Journal of Andrology》（《亚洲男科学杂志》）创刊年于1999年，是中国重要的洲际学会国际性会刊，影响因子为2.530，在国际男科学领域期刊排名第三，在国内临床医学领域SCI期刊榜排名第一。

此外，研究所还主办科普杂志《家庭用药》。

根据2016年3月研究所官网显示，中国科学院上海药物研究所研究生培养工作开始于1955年，是中国科学院研究生培养工作开展最早的单位之一。1981年被国务院学位委员会批准为首批有机化学专业、药理学专业硕士、博士学位及微生物学专业硕士学位授予单位。1994年被国务院学位委员会批准为“开展自行审定、审批博士生指导教师”的试点单位。1996年，在国务院学位委员会组织的全国有机化学专业博士学位论文抽查评比中，研究所名列第二。1998年被中国科学院批准为博士生重点培养基地。2000年经国务院学位委员会批准，获得药学一级学科博士学位授予点。

截至2014年底，上海药物所共有一级学科博士研究生培养点1个，一级学科硕士研究生培养点1个，博士后流动站2个。

博士后流动站：化学、药学

一级学科博士研究生培养点：药学

一级学科硕士研究生培养点：药学

截至2014年底，上海药物所共有在站博士后37人，在读研究生458人，博士研究生237名，硕士研究生221名。数十年来研究所已招收研究生共1500多名，已有1100多名研究生毕业并获得学位，其中获得博士学位的700多名，硕士学位的400多名。

中国科学院上海药物研究所标识如右图所示：

释义：1.标识以象征生命的绿色为基础，以药物研究所化学、生物学两大学科以及实验技术为要素，以中国书法的用笔为表现形态，主要含义：

2.构图两侧呈环形运动状，象征在药物研究领域化学与生物学的不断发展与融合。

3.环形两叶互补，叠化出烧杯形状，并在中央形成水滴状，代表了实验技术，寓意药物研究有效成分的发现与研究。

4.用中国书法的流畅与动感构成图案，象征中国传统中药与现代科学技术的结合以及提高中国自主知识产权的创新药物研究的信心与能力。

5.以抽象的构图，赋予标识丰富的内涵与想象，与药物所悠久的历史相呼应，且简洁而富有时代感，具有较强的个性。

2015年2月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第四届全国文明单位”荣誉称号。

2021年12月15日，全国科技系统抗击新冠肺炎疫情表彰工作领导小组办公室公示中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室、中国科学院上海药物研究所抗新冠肺炎应急药物研发攻关团队为全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体拟表彰对象。