中国科学院上海有机化学研究所（英文：Shanghai institute of Organic Chemistry,Chinese Academy of Sciences），简称上海有机所，是一个集基础研究、应用研究和高技术创新研究为一体的综合性化学研究所。有机所创建于1950年6月，是中国科学院首批成立的15个研究所之一，前身是建立于1928年7月的前中央研究院化学研究所。1998年上海有机所首批进入中国科学院知识创新工程。

1950年5月，在前中央研究院化学研究所、前北平研究院化学研究所和药物研究所得基础上合并成立了中国科学院有机化学研究所，庄长恭为首任所长；同年6月20日，中国科学院竺可桢副院长在中国科学院第一次扩大院务会议上宣布有机所等首批15个研究机构成立，该所定名为中国科学院有机化学研究所。

1952年中国科学院生理生化研究所的有机化学组调入。

1953年1月中国科学院院长会议议决，将有机所的药物研究室划出，扩充建立中国科学院药物研究所，并任命原室主任赵承嘏为所长。此后，长春物理化学和应用化学研究所部分研究人员调入成立物理化学组。

1956年，高分子化学组和高分子物理组从该所调出。

1970年有机所由国防科委交回中国科学院，实行地方为主与中国科学院双重领导，更名为中国科学院上海有机化学研究所。1978年，上海有机所重新归属中国科学院。

1998年，上海有机所首批进入中国科学院知识创新工程。

2015年11月，上海有机所与德国拜耳集团签署新的战略研究合作协议。

截至2018年8月，有机所有职工798人，其中中科院院士7人，973国家重点研发计划首席科学家7人，国家杰出青年科学基金获得者27人，中国科学院“百人计划”入选者36人，在岗导师87人（含海外和沪港导师）。

中国科学院院士：陆熙炎、陈庆云、戴立信、林国强、麻生明、丁奎岭、唐勇

国家杰出青年科学基金获得者：陈耀峰、邓亮、丁奎岭、侯雪龙、胡金波、黄晓宇、黄正、姜标、李昂、李超忠、刘国生、刘文、刘元红、吕龙、麻生明、马大为、卿凤翎、沈其龙、施敏、汤文军、唐功利、唐勇、王任小、伍贻康、游书力、俞飚、张新刚、赵刚、赵新

截至2018年8月，上海有机所有2个国家重点实验室，4个中国科学院重点实验室，以及设有中科院生物与化学交叉研究中心。

国家重点实验室（2个）：生命有机化学国家重点实验室、金属有机化学国家重点实验室

中国科学院重点实验室（4个）：中国科学院氟化学重点实验室、中国科学院天然产物有机合成化学重点实验室、中科院有机功能分子合成与组装化学重点实验室、中科院能量调控材料重点实验室

中科院研究中心（1个）：中科院生物与化学交叉研究中心

质谱组：付里叶变换质谱仪FTMS-7，0、液相-质谱联用仪1100-MSD、飞行时间质谱仪GCT、付里叶变换质谱仪FTMS-7，0、基质辅助激光解离飞行时间质谱仪、，付里叶变换质谱仪IonSpec4，7T、气/质联用仪Agilent7890A/5973N、气相色谱/质/质谱联用仪VARIAN 4000、高分辨气/质联用仪Premier CAB088。

色谱组：可进行有机化合物定量分析、手性化合物拆分、无机阴离子定量分析。

光谱组：主要从事化合物的红外光谱，分子结构鉴定，成分剖析，微量测试及有关测试新技术的研究适用范围。

核磁组：核磁共振仪器（Varian 400MR、DRX 400、Bruker AV500）。

元素组：元素分析仪、超微量电子天平微量电子天平、Prodigy全谱直读ICP发射光谱仪、原子吸收光谱分析仪、实用型库仑法卡氏水分测定仪、扩展型容量法水分测定仪、熔点仪，另有粘度、pH计、折光率及其他物化参数测定的设备等。

据2019年2月该所官网显示，有机所图书馆馆藏书刊15余万册，馆舍面积约1500平方米，收藏有完整的有机化学核心期刊，光谱文献是该馆的特藏，几乎全部馆藏了世界主要国家化学会（如：美国化学会、英国皇家化学会等）的出版物，收藏文献最早可追溯至1832年，增订了网络版全文期刊数据库，并购买了如：SciFinder， Beilstein CrossFire， CA on CD， CCI， CCD， Pharmprojects， ACD等一系列光盘和数据库产品，范围涉及文献检索、化学反应、化合物、事实数据、市场信息等。

2004年12月14日，上海有机化学研究所姜标所长与日本名古屋大学Shin-ichi Hirano校长，在上海有机所共同签署了双方的学术交流和合作协议。

2012年4月16日，第一届Organic & Biomolecular Chemistry（OBC）国际研讨会在上海有机化学研究所举行。

2013年9月8-13日，由中国科学院上海有机化学研究所主办的第24届杂环化学国际研讨会（The 24th International Society of Heterocyclic Chemistry Congress，ISHC-24）在上海国际会议中心召开，上海有机所生命有机化学国家重点实验室俞飚研究员任大会主席，李昂研究员任秘书长。

2014年11月19日-20日，上海有机所申办的第512次香山科学会议“手性科学与技术”在北京香山饭店召开。

2017年4月2日-6日，“第一届曼城-沪-港化学前沿学术研讨会”在上海有机所举行。

2017年10月22日-24日，分子合成前沿ACS全球科技研讨会在上海有机所召开。

2018年9月16-19日，第八届国际均相催化论坛在上海有机所召开。

截至2018年3月，有机所共获得各种科研成果奖354项，包括国家三大奖73项，其中国家自然科学一等奖3项（合作2项）、二等奖19项（合作1项）；国家创造发明奖3项（合作1项）、国家发明二等奖4项（合作3项）；国家科技进步奖特等奖3项（合作）、一等奖1项（合作）、二等奖11项（合作5项）；中国科学院科技成果奖145项，其中一等奖28项；上海市科技成果奖86项，其中一等奖19项；获授权专利595项（其中PCT18项），共发表学术论文10466余篇。

2017年1月5日，高效不对称碳-碳键构筑若干新方法的研究项目荣获2016年度自然科学二等奖。

《化学学报》（Acta Chimica Sinica）是中国创刊最早的一本综合性化学学术期刊（始于1933年），也是第一个被SCI收录的中国化学领域期刊。《化学学报》由中国化学会和中国科学院上海有机化学研究所主办，刊载化学各学科领域基础和应用基础研究的原始性、首创性研究成果。1998年《化学学报》重新被美国科学引文索引（SCI）核心版全文收录。《化学学报》还被检索系统CA，俄罗斯文摘杂志和日本科技文献速报等收录。《化学学报》连续多年获得国家自然科学基金重点学术期刊专项基金、中国科协精品科技期刊工程、中国科学院出版基金（一等）资助。《化学学报》还曾荣获首届国家期刊奖，中国政府出版奖-提名奖，被评为“中国百强报刊”，入选中国期刊方阵“双高期刊”，获得“中国精品科技期刊”称号等荣誉称号。

《有机化学》创刊于1980年，主要刊登有机化学领域基础研究和应用基础研究的原始性研究成果，该刊所刊论文被美国《科学引文索引》（SCI）网络版、美国《化学文摘》（CA）、《俄罗斯文摘杂志》、《中国学术期刊文摘》、《中文科技期刊数据库》、《中国期刊全文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科技论文统计源期刊》、《中国核心期刊（遴选）数据库》、《中国化学化工文摘》等收录，该刊是中国自然科学核心期刊之一，于2001年入围科技期刊方阵双效期刊。

《中国化学》（Chinese Journal of Chemistry）创刊于1983年，原名为《化学学报》英文版，1990年更名为中国化学杂志，期刊的内容包括英文版的全文、短文、通讯。

上海有机所1985年7月被批准建立有机化学博士后科研流动站，拥有1个一级学科博士点，2个一级学科硕士点，3个专业硕士点。学科方向主要有生命有机化学、金属有机化学、有机氟化学、有机合成化学、物理有机化学和计算机化学。

一级学科博士点：有机化学

一级学科硕士点：高分子化学与物理、有机化学

专业硕士点：材料工程、化学工程、生物工程

截至2018年8月，自1999年开始评选全国优秀博士学位论文以来，上海有机所入选10篇；自2004年开始评选中国科学院优秀博士学位论文以来，上海有机所入选24篇；自1989年启动的中国科学院院长奖学金评选，上海有机所共有24名研究生获院长奖学金特别奖，86名研究生获院长奖学金优秀奖。

截至2016年4月，上海有机所自1978年恢复研究生招生以来，共招收2208名研究生。其中博士研究生944名，硕士研究生1264名。已授博士学位695人，硕士学位466人。有在学研究生446人。其中博士生184人；硕士生262人。

所徽

1．有机所标识是由三个三角形构成一个立体的四面体、中文全称和英文名称的首字母、建所年份以及一个圆圈组合而成。

2．四面体是有机化学中最简单、最基本的化合物——甲烷分子的立体构型。以甲烷分子立体构型作为有机所的标识中最基本的图案，反应出了有机所的属性特征。

3．三个三角形象征了有机所发展战略所确定的“人口与健康”、“资源与环境”、“新材料”三大重点领域；三角形构成的三角锥型象征了有机所在这三大领域将有所作为，勇攀科学高峰。

4．三个三角形需要设计精准、配合精确、组合精细才能构成一个立体的三角锥型，是有机所长期以来形成的“严格”、“严密”、“严肃”的三严优良学风的体现。

5．蓝色象征浩瀚的天空。采用宝兰色作为所的标志色，象征了有机所在科学的浩瀚宇宙中探索真知，追求真理。

6．一个外圈象征了地球，表示出有机所发展战略的目标——建设国际一流的科研机构。

上海有机所学风：“严格”、“严密”、“严肃”

中国科学院传统：科学、民主、爱国、奉献

中国科学院院风：唯实、求真、协力、创新

2017年11月，中国科学院上海有机化学研究所获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。

2021年10月，被授予“2021年上海市五一劳动奖状”称号。