中央研究院（Academia Sinica），简称“中研院”，成立于1928年。1927年4月17日，国民政府定都江苏南京前夕，在南京举行的国民党中央政治会议第74次会议中，李石曾首次提出设立中央研究院案，决议推李石曾、蔡元培、张静江共同起草中研院组织法，随后展开筹备工作。1928年4月，国民政府任命蔡元培为中央研究院首任院长。同年6月9日，在上海东亚酒楼（今上海东亚饭店）召开中央研究院第1次院务会议，标志中央研究院正式成立。

1927年4月17日，中国国民党中央政治会议第七十四次会议在首都南京举行，李石曾提出设立中央研究院案，决议推李石曾（煜瀛）、蔡元培（孑民）、张人杰（静江）共同起草中研院组织法。同年5月9日中央政治会议第九十次会议议决设立中研院筹备处，并推定蔡元培、李煜瀛、张人杰、褚民谊、许崇清、金湘帆为筹备委员。

1927年7月4日，《中华民国大学院组织条例》公布，改列筹设中的中央研究院为中华民国大学院的附属机关之一。10月，大学院成立。11月9日，《中央研究院组织法》公布，明定“国立中央研究院直隶于中华民国国民政府，为中华民国最高学术研究机关”，设立：物理、化学、工程、地质、天文、气象、历史语言、国文学、考古学、心理学、教育、社会科学、动物、植物等十四个研究所。

11月20日，大学院院长蔡元培聘请学术界人士王季同、张乃燕、杨杏佛等30人在南京的大学院召开中研院筹备会及各专门委员会联合成立大会，讨论中研院组织大纲及筹备会进行方法。议决先筹设各研究单位，计有：理化实业研究所、地质调查所、社会科学研究所、观象台四个研究机构，并推定各所常务筹备委员，积极展开筹备工作，并通过《中华民国大学院中央研究院组织条例》。

1928年4月10日，颁布《修正国立中央研究院组织条例》，规定国立中央研究院“为中华民国最高科学研究机关”。宗旨为“实行科学研究，并指导、联络、奖励全国研究事业，以谋科学之进步，人类之光明”。

研究范围包括数学、天文学与气象学、物理学、化学、地质与地理学、生物科学、人类学与考古学、社会科学、工程学、农林学、医学等11组科学。条例还对组织、基金、名誉会员等作了规定。中研院改为不属于大学院的独立机关。4月20日，国民政府委员会第五十六次会议任命蔡元培为院长。4月23日，特任蔡元培为院长。5月，启用印信。

1928年6月9日，中央研究院第一次院务会议在上海东亚酒楼召开，蔡元培主持宣告该机构正式成立。创办中央研究院的主要成员是中国科学社社员，中央研究院成立后接收了中国科学社在国际上作为中国科学界官方代表的地位。11月，国民政府公布《国立中央研究院组织法》11条。规定：中央研究院直隶国民政府，为全国最高学术研究机关。主要职责为实行科学研究，指导、联络、奖励学术研究。行政管理机构总办事处设在南京，由两个组（秘书组、总务组）、三个室（会计室、统计室、诊疗室）组成；在上海设驻沪办事处。

在首任院长蔡元培任内，中央研究院陆续在南京、上海等地设立十个研究所，系由理化实业、社会科学、历史语言三研究所，以及地质调查所、观象台与自然历史博物馆演展而来。抗战期间中央研究院西迁湖南、广西、云南、四川时，设过长沙工作站及南岳分站，在桂林、昆明、重庆设过办事处或总办事处，各研究所分设于重庆、北碚、李庄、昆明四区，抗战胜利后方复还宁、沪。

1940年3月5日蔡元培去世，9月18日蒋介石最终颁令朱家骅代理院长。

中央研究院设有学术评议会，为民国最高学术评议机构。1948年3月25日至27日第二届评议会第五届年会中，选出中央研究院院士，共81人。9月23日第一次院士会议举行，中研院之体制始告完成。

理化实业研究所

1927年11月筹设，下有物理组、化学组、工程组。

1928年7月分立为中央研究院物理研究所、中央研究院化学研究所、中央研究院工程研究所，均在上海。

地质调查所

1927年11月筹设，1928年7月成立地质研究所，在上海。

1927年11月筹设，1928年5月正式成立，下有法制组、民族组、经济组、社会组，前两组在南京，后两组在上海。1934年7月，中华教育文化基金董事会之北平社会调查所并入该所，1945年改称社会研究所。

观象台

1927年11月更名，下有天文组、气象组。1928年2月分立为国立中央研究院天文研究所、气象研究所，均在南京。

中央研究院语言历史研究所

1927年夏设于广州国立中山大学，1928年3月在中山大学筹设中央研究院历史语言研究所，10月22日迁入广州柏园正式成立，后迁北平。

体质人类学研究所

1944年由史语所第四组中抽出另设，抗战胜利复员后因限于经费，又由史语所收回接办。

国立中央研究院自然历史博物馆

1929年1月筹备，1930年1月成立于南京。为符合《国立中央研究院组织法》，自然历史博物馆于1934年7月1日更名为“动植物研究所”。1944年5月分立动物研究所、植物研究所。

1928年11月决定设立，1929年1月筹备，1929年5月正式成立，在北平。

中央研究院数学研究所

1941年筹备，1947年正式成立，在上海。

医学研究所

1944年筹备，初设重庆国立上海医学院内。抗战胜利后，医学研究所筹备处迁到上海。

近代物理（即原子能）研究所

1945年秋筹设，嗣因仓促迁台，未能完成。

1945年9月，中央研究院部分研究所迁沪，并接办日本政府所设立的上海自然科学研究所（1931年4月成立）。

1948年11月起，中央研究院部分人员设备迁往上海、广州和台湾。

1949年，国民党当局迁台。12月，历史语言研究所的全部以及数学研究所的部分共二千多箱重要图书、文物、仪器、设备运往台湾，迁至台北的台湾大学，暂存在桃园县杨梅镇（今桃园市杨梅区）火车站仓库；其余研究所皆留置于中国大陆，并发展为后来中国科学院之主体（中国科学院早期的外文译名亦一直沿用Academia Sinica，现多采用英语Chinese Academy of Sciences，但仍有部分研究所沿用拉丁文译法）。

由于多数院士及中央研究院第一届院士会议所选出之第三届评议员32人亦都留在大陆或留置国外，在台者仅有吴大猷、朱家骅、凌鸿勋、李先闻、吴敬恒、胡适、傅斯年、李济、董作宾、王世杰、王宠惠等人，不足法定人数，两会无法召集并行使职权，台“中研院”陷入半停顿状态。

1954年，经朱家骅多方奔走，在台北市南港区现址营建院区。植物研究所在台“复所”。

1955年，成立中央研究院近代史研究所及中央研究院近民族研究所筹备处。

1957年，多方讨论出“以报到登记人数为实有全体人数”之办法并呈奉台湾当局领导人令准，于4月2日在台举行第二次院士会议，4月3日举行第三届评议会首次会议。同年12月，胡适继朱家骅之后担任院长，次年正式就职。化学研究所在台“复所”。

1958年，举行第三次院士会议。

1959年，举行第四次院士会议。同年动物研究所在台“复所”。

1962年，举行第五次院士会议，王世杰担任院长。成立“经济研究所”筹备处，“物理研究所”在台“复所”。

1970年，钱思亮继王世杰之后担任院长。成立生物化学研究所。

1974年，举行第十一次院士会议。成立美国文化研究所。

1975年，三民主义研究所成立。

1976年，成立地球研究所筹备处，次年成立资讯研究所筹备处。

1978年，举行第十三次院士会议。

1980年，举行第一次国际汉学会议。

1981年，成立生物医学科学研究所、原子与分子科学研究所筹备处。

1983年，吴大猷接任院长。

1986年，举行第二次国际汉学会议。

1989年，成立中国文哲研究所筹备处。

1991年，ICSU在台首次学术研讨会。成立欧美研究所。

1993年，成立天文研究所、台湾史研究所筹备处。

1994年，旅美科学家李远哲赴台接任院长。

1995年，成立社会学研究所筹备处。

1997年，成立语言学研究所筹备处。

1998年，成立生物农业研究所筹备处。

2002年，成立政治学研究所筹备处。

2004年，成立社会学研究所、法律学研究所筹备处。

2005年，动物研究所、植物研究所更名为细胞与个体生物学研究所、植物暨微生物学研究所。

2006年10月，翁启惠接任院长。

2008年，举行第二十八次院士会议。

2010年，举行第二十九次院士会议。

2012年，举行第三十次院士会议。

2014年，举行第三十一次院士会议。

2016年，举行第三十二次院士会议。

2018年，举行第三十三次院士会议。

2022年7月4日，举行第三十四次院士会议。

院长遴选办法规定，院长任期届满时，由院评议会就院士中选举院长候选人三人，呈请台湾当局领导人遴选并任命。院长任期五年，连选得连任一次。

中央研究院院士仅为荣誉，平常并无任何职务或实质酬劳，而两年一次的院士会议，则为院士需要出席的活动。虽然院士并不担任“中研院”任何职务，但许多院士是在“中央研究院”担任研究员时当选，或是当选后兼任研究员或通信研究员。所以院士同时担任研究员的比率相当高。

“中央研究院”院士系由院士会议选举选出，每二年选出一次，共分为数理科学、生命科学与人文及社会科学三组，每次新任院士名额至多30位，每组至多十位。院士候选人可以由各大学院校、学会、研究机关、“中研院”院士或评议员提名，之后经过评议会以通信方式无记名投票进入“初步名单”。之后评议会会再于会中投票，决定正式的院士候选人，并于院士会议中投票选举。

“中央研究院”从1948年开始选举中央研究院院士，第一届选举后，受到国共内战的影响，“中央研究院”少部分院士至台湾，1958年选出第二任院士。第一任院士中，部分随国民党当局迁至台湾。

1948年，在南京公布的“中央研究院第一届院士”名单中，随便哪个名字，都是当时中国学术界的出色人才。而这份名单的最终确立，要归功于那场耗时一年半的公开选举。中央研究院第一届院士共入选81人，其中数理组院士28人，生物组院士25人，人文组院士28人。

“首届评议员主要由学者组成，代表了当时学术界的最高水平，官僚在其间并不占据重要位置，这样他们的决策可以真正代表学术界，不至于仅仅成为政府的传声筒。”上海社会科学院张剑分析道。

1948年9月23日上午10时，“国立中央研究院成立第二十周年纪念会暨第一次院士会议”在南京鸡鸣寺中研院礼堂开幕，至少49名院士出席了开幕式。

“中研院”曾经比较多地学习了西方学术建设的传统，院士制度是其中的一个环节。如今，这批在战火硝烟中产生的院士已经淡出人们的视野，但是回顾这次选举，依然能感受到“我们至今仍该尊重和坚守的原则”。

严格依章行事，尊重学术自主和学术自由，这是科学发展的普遍法则。

1948年3月27日，“中研院”评议会已在南京先后五次投票选出了八十一位院士，因政见而为国民党当局所不悦的郭沫若、马寅初也在其中。后世对此颇有好评，也可见这次院士评选之公正、像样。

每两年由院士会议从台湾学术界成绩卓著人士中新选一批。台“中央研究院”院士为终身名誉职，分为数理科学、生命科学及人文社会科学三组。职权如下：选举院士及名誉院士；选举评议员；筹议台湾地区学术研究方针；受台湾当局及有关单位之委托，办理学术设计、调查、审查及研究事项。

台“中研院”现有院士计240人，其中数理科学组100人、生命科学组75人、人文及社会科学组56人。

淹水事件

1977年9月，附近山洪暴发，台“中研院”各馆大约有一半进水，其中包括历史语言研究所考古馆，傅斯年图书馆、胡适纪念馆、近代史研究所等，但损失不大。

1984年，六三水灾造成四分溪（当时尚未命名）暴涨，导致台“中研院”院区严重淹水。台北市政府因而拟以“截弯取直”方式，整治四分溪。

2001年9月17日，纳莉台风所挟带豪雨再次造成四分溪暴涨，台“中研院”邻近四分溪之七个研究所地下楼层，首当其冲，直接遭受大水侵袭，粗估此次水患硬件受损新台币二亿元左右，多年来的研究成果损失无法估计。其损失项目，如地球科学研究所、生物化学研究所的昂贵仪器与稀有样本，以及欧美研究所图书馆的部分藏书等。

通讯地址：台湾省台北市南港区研究院路二段128号。

2022年1月20日的新闻发布会上，台湾卫生部门、台湾中央疫情指挥中心（CECC）的负责人陈时中宣布，将对“中央研究院”处以15万台币的罚款，因为在2021年底，该机构基因组研究中心的一名研究助理在2021年底在实验中有新型冠状病毒感染。

2023年10月，台湾“中央研究院”研究小组上线一款所谓“自主研发”的语言人工智能（AI）模型，用户发现模型回答提问时显示国籍为中国。台国民党“立委”万美玲12日在台“立法院教育及文化委员会”上质疑该模型抄袭大陆研究成果。台“中研院”院长廖俊智对此辩称，这起事件源于一名研究员“求快心切”，他也是“事后才知”。对此有岛内网民表示，台“教育部”、台“中研院”，都说事后才知，烂透了。