中国科学院武汉病毒研究所始建于1956年，是专业从事病毒学基础研究及相关技术创新的综合性研究机构，同时拥有中国唯一一个P4（生物安全最高等级）生物实验室，入选中国科学院知识创新工程，为湖北省暨武汉微生物学会和中国免疫学会青年工作委员会的挂靠单位。

1956年，中国科学院武汉微生物研究室设立。

1961年11月，中国科学院武汉微生物研究室改名为中南微生物研究所。

1962年10月，中南微生物研究所改名为武汉微生物研究所。

1966年，中国科学院的地方分院撤消后归属湖北省领导。

1970年，改名为湖北微生物研究所。

1978年，科技大会前回归中国科学院，改名为中国科学院武汉病毒研究所。

2002年，进入中国科学院知识创新工程序列。

2003年，进行一三五规划。

2004年11月，经国家科技部批准立项建设病毒学国家重点实验室（武汉大学、中国科学院武汉病毒研究所）；实验室主管部门为国家教育部，依托单位为武汉大学和中国科学院武汉病毒研究所。

2012年1月，研究所中国病毒资源中心获得中国质量认证中心批准，获得了ISO9001：2008质量管理体系认证书、ISO14001：2004环境管理体系认证证书、GB/T28001-2001职业健康安全管理体系认证证书。6月，中国科学院武汉病毒研究所郑店科研园区动物实验中心投入运行。

2012年，成立武汉病毒所公共技术服务中心，由分析测试中心、BSL-3实验室、实验动物中心、放射性同位素实验室、网络信息中心组成。

2014年，开展大科学中心率先行动计划。

2015年1月，中国首个生物安全防护等级最高的实验室——中国科学院武汉国家生物安全实验室（即武汉BSL-4实验室）建成。12月，被评为湖北省文明单位。

2018年1月，武汉国家生物安全四级实验室（BSL-4实验室）通过国家验收

2016年7月，武汉病毒所举行病毒学与生物安全综合实验研究基地奠基仪式。

2022年3月28日，武汉病毒研究所与先声药业、中国科学院上海药物研究所联合开发的3CL靶点新冠治疗口服药SIM0417通过特别审批程序获得国家药监局临床批件，并被纳入国务院联防联控机制科研攻关重点目录。12月16日，该项目Ⅲ期临床已完成全部1208例患者入组，进度处于国内3CL靶点药物第一位，预计最快于2023年2月上市。

　武汉病毒所拥有一支以中青年为主体的高水平研究队伍。现有在职职工近300人，“万人计划”百千万领军人才、“万人计划”青年拔尖人才、百千万工程、“国家杰出青年基金”获得者、科技部“中青年科技领军人才”、享受“国务院政府特殊津贴”、中科院“特聘研究员”、中科院“青年创新促进会”优秀会员等一批德才兼备的学科带头人脱颖而出，在国际学术舞台崭露头角。

中国科学院百人计划入选者：关武祥、杨荣阁、李朝阳、肖庚富、张波、陈绪林、陈新文、罗敏华、周宁一、胡志红、胡勤学、唐宏、龚鹏、崔杰、彭珂

国家杰出青年基金获得者：王华林、胡志红、唐宏、王延轶、陈新文

国家“跨世纪百千万工程”人选：王延轶、唐宏等

据2016年12月研究所官网显示，研究所设有5个研究中心；与武汉大学共建有1个国家重点实验室，拥有1个联合开放实验室，设有HIV初筛实验室等研究技术平台。同时，武汉病毒研究所还是湖北省暨武汉微生物学会和中国免疫学会青年工作委员会的挂靠单位。

研究所研究中心：分子病毒学研究中心、分析微生物学与纳米生物学研究中心、微生物菌毒种资源与应用中心、病毒病理研究中心、新发传染病研究中心

国家重点实验室：病毒学国家重点实验室（武汉大学、中国科学院武汉病毒研究所）

联合开放实验室：中-荷-法无脊椎动物病毒学联合开放实验室

中国科学院重点实验室：中国科学院农业环境微生物学重点实验室

湖北省工程技术研究中心：湖北省病毒疾病工程技术研究中心

据2016年12月研究所官网显示，研究所直接管理仪器有：200千伏冷冻透射电子显微镜、100千伏透射电子显微镜、场发射扫描电子显微镜、双碟片活细胞荧光共聚焦显微镜、活体（小动物）成像系统、超高分辨率荧光显微系统、分选流式细胞仪、生物分子相互作用仪、分析型超高速离心机、双光子超分辨点扫描共聚焦显微镜、数字切片扫描分析系统、超速冷冻离心机、荧光定量PCR仪等。

研究所委托管理仪器有蛋白质单晶衍射仪、洗板机、声波微量移液系统、脉冲场电泳仪、去卷积倒置荧光显微镜、全自动倒置荧光显微镜、膜片钳显微操作仪、高内涵细胞分析仪、倒置荧光显微镜、正置荧光微分干涉显微镜、微生物鉴定仪、全自动微生物生长曲线分析仪、生化分析仪、流式细胞仪（个人型）、病毒计数仪、高压均质机、高速落地冷冻离心机、落地式离心机、全自动压盖冷冻干燥机、药物筛选样品处理工作站、蛋白质纯化系统、结晶机器人、多功能酶标仪、酶联斑点检测仪、光栅式多标记微孔板分析仪、多标记分析仪、高通量快速基因分析系统、核酸浓度分析仪、荧光定量PCR仪、荧光定量PCR仪、气相色谱质谱联用仪、液相色谱质谱联用仪、差示扫描量热仪、停流圆二光色谱仪、超微量紫外可见光分光光度计、化学发光凝胶成像系统、化学发光成像系统等。

据2016年12月研究所官网显示，研究所中国病毒资源与信息中心拥有亚洲最大的病毒保藏库，保藏有各类病毒1300余株。

中国科学院武汉病毒研究所科学数字图书馆自购全文数据库有ScienceDirect、Cell Press、ASM、Elsevier回溯、Nature+NSJ、Science Online、Wiley-Blacwell、F1000 Prime等；国科图提供数据库有ISI Web of Knowledge、Ei Engineering Village、ISI Derwent Innovations Index（DII）、CSA、SpringerLink、Nature回溯、PNAS 、ProQuest、Cold Spring Harbor Laboratory、Bentham Science、Taylor & Francis、NRC Research Press、CNKI数据库、Royal Society of Medicine、Encyclopedia Britannica、维普 、方正年鉴工具书、American Society of Neuroradiology、Myilibrary图书、PubMed、HighWire Press、DOAJ等。

据2016年12月研究所官网显示，研究所拥有的中国病毒资源基础数据库有：病毒性病原调查基础数据库、病毒编目数据库、病毒敏感细胞数据库、病毒遗传资源数据库、野生动物病原宿主组织数据库、动物疫病病原综合应用数据库、自然疫原性病毒综合应用数据库、昆虫病毒综合应用数据库、流感综合应用数据库、肝炎综合应用数据库、病毒性病原历史疫情数据库、高通量病原检测数据库、病毒性病原本底数据库、病毒性病原遗传资源数据库等。

据2016年12月研究所官网显示，研究所拥有的重要病毒性病原检测数据库有：病毒核酸检测分析数据库、病毒血清学检测分析数据库、病毒细胞培养技术标准（SOP）数据库、特异病毒快速检测诊断数据库、基于Solexa的随机高通量测序检测数据库等。

据2016年12月研究所官网显示，中国科学院生命科学与生物技术局和中国科学院武汉病毒研究所主办的人口健康与医药创新基地重大传染病和生物安全网络研究中心拥有病毒资源数据库、细菌和真菌等微生物病原数据库、病原遗传资源数据库、野生动物病原宿主组织数据库、病毒敏感细胞库、病毒编目数据库、病毒核酸检测数据库、病毒免疫学检测数据库、流感病毒综合应用数据库、肝炎病毒综合应用数据库、昆虫病毒综合应用数据库、自然疫源性病毒综合应用数据库、人畜共患病毒综合应用数据库等数据库资源。

中国科学院武汉病毒研究所微生物菌毒种保藏中心始建于1979年，现保藏着1500多株各类病毒的分离株，各类病毒资源达11.7万份，保藏资源涵盖人类医学病毒、人畜共患病毒、动物病毒、昆虫病毒、植物病毒、噬菌体、环境微生物、病毒敏感细胞库和病毒遗传资源库等，在国家安全、生命科学研究、人口健康和病毒学研究领域发挥着重要的科技支撑作用。

2008年，研究所共有在研项目236项，其中国家“973”项目14项，国家“863”项目13项，科技支撑计划3项；国家自然科学基金项目35项，国际合作项目15项；共发表SCI学术论文85篇（其中Top 15%以上28篇），比2007年增加60.4%。

据2016年12月研究所官网显示，研究所共有科技成果230项，获奖成果92项（其中国家级奖励13项、中国科学院奖24项、省部委级奖37项）；申请专利145件，获得得授权专利83项。

2023年8月，武汉大学病毒学国家重点实验室赵海艳团队和中国科学院武汉病毒研究所邓增钦团队合作在Nature Communications上发表题为Structural and functional insights into the modulation of T cell costimulation by monkeypox virus protein M2的研究论文。该研究解析了首个痘病毒M2蛋白与人源B7.1（hB7.1）和B7.2（hB7.2）的复合物结构，揭示了猴痘病毒（MPXV）M2蛋白通过结合B7.1/2共刺激分子从而拮抗CD28/CTLA4-B7.1/2信号通路，抑制T细胞激活的免疫逃逸新机制，为痘病毒的防御提供了新的思路。

《中国病毒学》（《Virologica Sinica》），创刊于1986年，2007年出版语种变更为英文，由中国科学院武汉病毒研究所和中国微生物学会共同主办，并自2008年起，通过德国施普林格出版社进行全球出版发行。为中国生物学医学核心期刊，且被Science Citation Index（SCI）、Journal Citation Report（JCR）、PubMed/Medline、Scopus、BIOSIS Previews、EMBASE、Chemical Abstracts Service、Biological Abstracts、Google Scholar，和中国科学引文数据库（CSCD）、中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）等重要数据库摘引和收录。

《中国病毒学》栏目包括：研究论文、综述、短讯和观点等多种类型，定期反映病毒学及分支领域的最新研究进展，内容涉及新病毒发现，病毒致病机理、病毒-宿主相互作用、疫苗开发、抗病毒药物和疗法、病毒相关生物技术等多个生物医学相关领域。

《中国病毒学》继2012年获得中国科学技术协会颁发的“优秀国际科技期刊”奖后，又于2013年、2014年连续两年获得中国学术文献国际评价中心颁发的“中国最具国际影响力学术期刊”。

武汉病毒所现设有生物学、基础医学2个一级学科研究生培养点，生物化学与分子生物学、微生物学、免疫学、病原生物学、生物与医药5个二级学科研究生培养点，并设有生物学和基础医学2个博士后科研流动站。拥有在学研究生300余人。

博士后科研流动站：生物学、基础医学

一级学科博士点：生物学、基础医学

二级学科博士点（一级学科覆盖）：微生物学、生物化学与分子生物学、免疫学、病原生物学

一级学科硕士点：生物学、基础医学

二级学科硕士点（一级学科覆盖）：微生物学、生物化学与分子生物学、免疫学、病原生物学

专业学位硕士点：生物与医药

据2016年12月研究所官网显示，研究所拥有在读研究生253人，其中博士生124人，硕士生129人。

中国科学院武汉病毒研究所研究生可申请的奖学金有：中国科学院院长奖学金、中国科学院地奥奖学金、中国科学院保罗生物奖学金、中国科学院朱李月华优秀博士研究生奖、中国科学院优秀学生、中国科学院优秀博士论文奖、湖北省优秀博士硕士论文奖、中国科学院武汉分院院长奖学金、中国科学院武汉教育基地优秀毕业生、中国科学院武汉病毒研究所等级奖学金、中国科学院武汉病毒研究所专项奖学金、教育部国家奖学金等。

硕博连读方式招收的研究生，包括硕士阶段在内修读年限一般为5年，最长修读年限（含休学）不得超过8年。研究所学术型研究生均按照硕博连读方式培养；全日制专业学位硕士研究生不得进行硕博连读，但可以在毕业时作为应届硕士毕业生参加博士研究生的普通招考。

直博生从获得推荐免试资格的优秀应届本科毕业生中遴选，直接录取为博士学位研究生，基本学制一般为5年，最长修读年限（含休学）不得超过8年。直博生一入学即为博士研究生学籍，第一年完成硕博连读所有学分，并通过博士资格认定考核后，即可开始博士论文研究。

博士生基本学制一般为3年，最长修读年限（含休学）不得超过6年；通过硕博连读方式招收的博士生，包括硕士阶段在内修读年限一般为5年，最长修读年限（含休学）不得超过8年。

研究所所徽是由其英文名称中W、I、V的艺术图案构成，主色调为绿色，中间部分为紫色。

图案上方是1956为研究所的建立时间。

所风：求真务实、团结协作、勇于创新、追求卓越

2021年12月15日，全国科技系统抗击新冠肺炎疫情表彰工作领导小组办公室公示中国科学院武汉病毒研究所新发传染病中心、中国科学院武汉病毒研究所武汉国家生物安全实验室、中国科学院武汉病毒研究所应急科技攻关团队为全国科技系统抗击新冠肺炎疫情先进集体拟表彰对象。