中国科学院西北高原生物研究所是以从事青藏高原生物科学研究（包括基础理论、应用基础和应用开发研究）为主的公益性综合研究所，其前身是中国科学院青海分院生物研究所。

1959年1月15日，青海省人民委员会决定成立中国科学院青海分院；2月，中国科学院通告确认了青海分院成立；10月，开始筹建生物、化学、物理等研究所。

1961年3月25日，经上级批准中国科学院青海分院生物研究所和化学研究所正式成立，于4月1日启用新印章；8月，将两个研究所移交给青海省科委，随之于11月合并为青海省生物研究所。

1962年1月13日，将研究所调整为西北高原生物研究所由中国科学院西北分院管理；4月25日，西北高原生物研究所向中国科学院西北分院上报《关于确定研究所名称的报告》拟改名为“中国科学院西北高原生物研究所”；9月18日，中国科学院西北高原生物研究所正式成立。

1965年，中国科学院将中国科学院动物研究所动物生态室和昆虫生态室、中国科学院华北生物研究所动物研究室和植物研究室整体迁入西宁与西北高原生物研究所合并，并以中国科学院植物研究所植物生态研究室、中国科学院西北水土保持生物土壤研究所调少数研究人员到西北高原所。

1970年7月15日，中国科学院《关于体制调整的通知》对中国科学院现有科研单位进行大规模调整，将中国科学院各大区分院撤销。中国科学院西北高原生物研究所下放给青海省领导。

1971年12月10日，原中国科学院西北高原生物研究所改名为青海省革命委员会科学技术委员会生物研究所，隶属青海省科委领导。

1979年7月19日，经中国科学院同意，中华人民共和国国务院批准，中国科学院发文将研究所更名为中国科学院西北高原生物研究所，由中国科学院和所在省双重领导，并以中国科学院为主。

1980年8月11日，中国科学院通知西北高原所划归中国科学院兰州分院领导，并指出研究所现有领导体制不变。

2018年9月14日，中国科学院三江源国家公园研究院揭牌仪式在中国科学院西北高原生物研究所举行，与西北高原所按照“一个机构、两块牌子”的方式运行。

2023年7月20日，中国科学院西北高原生物研究所司法鉴定所揭牌，标志着青海省首家动植物损害鉴定机构正式成立。

截至2023年9月，中国科学院西北高原生物研究所拥有在职人员202人（含特别研究助理24人），其中，科研人员130人，支撑人员42人，管理人员30人。有专业技术人员178人，正高级39人、副高级74人、中初级65人；具有博士学位96人、硕士学位57人。

中国科学院院士（专职）：印象初

国务院政府特殊津贴专家获得者：魏立新、印象初

国务院有突出贡献的科学家：印象初

青海省优秀专家：印象初、陈世龙

截至2023年9月，中国科学院西北高原生物研究所下设3个研究中心、2个中国科学院重点实验室、6个青海省重点实验室、1个工程研究中心、4个野外台站。

所属研究中心：高原生态学研究中心、特色生物资源研究中心、高原生态农业研究中心

中国科学院重点实验室：中国科学院高原生物适应与进化重点实验室、中国科学院藏药研究重点实验室

青海省重点实验室：青海省寒区恢复生态学重点实验室、青海省青藏高原特色生物资源研究重点实验室、青海省藏药药理学和安全性评价研究重点实验室、青海省作物分子育种重点实验室、青海省藏药研究重点实验室、青海省动物生态基因组学重点实验室

工程技术研究中心：青藏高原特色生物资源工程研究中心

所属野外台站：青海海北高寒草地生态系统国家野外科学观测研究站、青海三江源草地生态系统国家野外科学观测研究站、海东生态农业试验站、武威绿洲现代农业科学研究试验站

据2023年10月公共技术中心官网数据，中国科学院西北高原生物研究所公共技术中心拥有仪器274台套，主要包括气相色谱-质谱联用仪、液相色谱三重四级杆质谱仪、场发射扫描电子显微镜、高分辨电感耦合等离子体质谱仪、电感耦合等离子体质谱仪、流式细胞仪、傅里叶变换红外近红外-拉曼光谱联用仪、稳定同位素质谱仪、激光光谱元素分析仪、生物型原子力显微镜等大型设备。

据2023年10月实验室官网数据，中国科学院西北高原生物研究所下属的中国科学院高原生物适应与进化重点实验室所拥有的研究设备包括细胞生物学研究平台、分子生物学研究平台、野外实验观察基地、青藏高原生物标本馆等。主要仪器设备有激光共聚焦显微镜、DNA测序仪、荧光显微镜、石蜡切片机、冰冻切片机、细胞培养箱、体视显微镜、程序冻存仪、PCR仪、毛细管电泳分析系统、成套电泳系统、紫外成像系统、核酸-蛋白质分析仪、紫外分光光光度计、荧光分光光度计、核酸快速提取系统、超纯水系统、组织研磨器、低温高速离心机、超低温冰箱、灭菌锅、大型运算苹果计算机及各种DNA序列数据分析软件等。

据2023年10月实验室官网数据，中国科学院西北高原生物研究所下属的中国科学院藏药研究重点实验室拥有在线超临界萃取-超临界色谱制备系统、多功能酶标仪、液相色谱与原子荧光联用仪、荧光显微镜、流式细胞分选仪、DMA-80直接测汞仪、蛋白质纯化仪、离子电导显微成像等科研设备。

截至2023年9月，中国科学院西北高原生物研究所标本馆生物标本收藏量已达55万多份。其中植物标本（蕨类植物、裸子植物、被子植物）34万号，副份标本4万号；动物标本16.25万号，包括昆虫11万号，兽类0.7万号，鸟类1万号，两栖爬行类约0.85万尾，鱼类2.7万尾。还收藏有许多珍稀、濒危、独特甚至已近灭绝的物种的标本及大约300个生物学新分类群的模式标本。

2021年9月14日，中国科学院西北高原生物研究所与烟台大学在西北高原所举行科教战略及研究生联合培养合作协议签署仪式。

2023年8月29日，玉树藏族自治州与中国科学院西北高原生物研究所签署战略合作协议。

2019年11月26日，中国科学院西北高原生物研究所入选2019年度国家中小企业公共服务示范平台名单。

2022年3月，中国科学院西北高原生物研究所入选2021-2025年第一批全国科普教育基地。

中国科学院西北高原生物研究所的重点研究领域和研究方向为青藏高原生态与环境、藏药现代化与特色生物资源持续利用和高值生态农牧业，以及高寒草地对全球气候变化的响应、高寒草地的健康与生物安全、高原生物的适应与进化、区域可持续发展、藏药现代化、特色生物资源持续利用、特色生物资源高值利用、高原作物与牧草品种选育和高原农业资源高效利用等。

截至2023年9月，中国科学院西北高原生物研究所共取得科研成果586项，其中153项获国家、院和省部级奖励；发表论文6650篇；出版科研专著215部；培育农作物新品种63个；申请专利752项，授权专利435项；制定国家标准8项、地方标准79项；部分技术与产品已转让企业。

《兽类学报》是由中国科学院西北高原生物研究所和中国动物学会兽类学分会主办的兽类（哺乳动物）学综合性学术刊物。该刊创刊于1981年。主要刊发野生哺乳动物的各研究领域学术论文，同时也重视对珍稀、濒危兽类的保护，以及对有害兽类的防治等研究成果的报道。主要栏目为研究论文、综述、研究简报、资料、问题讨论、实验方法、书刊评介和学术动态。为中国科技核心期刊。被Scopus、《生物学文摘》( BA )、《动物学记录》( ZR )、 俄罗斯《文摘杂志》、日本的《科技文献速报》等中国国外数据库和中国科技期刊引文数据库（CSCD）、中文核心期刊要目总览、CNKI、中国科技论文统计源期刊等中国国内数据库收录。

截至2023年9月，中国科学院西北高原生物研究所拥有2个一级学科博士学位授予点；3个一级学科硕士学位授予点，并设有2个一级学科博士后流动站。

一级学科博士后科研流动站：生物学、生态学

一级学科博士研究生培养点：生物学、生态学

一级学科硕士研究生培养点：生物学、生态学、中药学

截至2023年9月，中国科学院西北高原生物研究所拥有博士生指导教师27人，硕士生指导教师51人。在站博士后10人，在学博士研究生68人，硕士研究生89人。

研究所与美国、德国、日本、墨西哥、丹麦、瑞典等国家的院校和科研机构建立了合作和交流关系，并联合培养研究生。自2013年起与青海大学签订协议共建“高原生物学”菁英班，联合培养本科生。

中国科学院西北高原生物研究所所徽由高原（Plateau）和生物科学（Biology）英文两个主题词的第一个大写字母P、B构成。 所徽上半部表示自然领域，寓意为：代表地球第三极、青藏高原三江源；代表生物所在青藏高原的三个研究方向。 所徽下半部表示人文部分，寓意为：象征中国科学院西北高原生物研究所的牦牛精神和科学创新精神；象征用双手对上半部份自然领域进行保护、维持、支撑、托起的科学创新精神。

忍处恶劣的条件，啃食低矮的青草，提供浓郁的乳汁，充当高原的船舶，不畏艰苦，忍辱负重，不计报酬，但求贡献——原中国科学院西北高原生物研究所所长夏武平

2021年6月10日，中国科学院西北高原生物研究所工会举办了“奋斗百年路奋进新征程”2021年健步走活动。