徐仁寿于1919年成立“华仁
书院”，他原本任教于
圣若瑟书院。华仁是香港第一所由华人管理的英文中学。随着学生人数大增，
香港岛校舍不敷应用，遂于1924年12月1日在
九龙旺角
砵兰街七十号成位分部；学校最初只有24名学生，是为九龙华仁书院的前身。
奶路臣街校舍为书院第一幢自行购地建校的校舍，地点位于现时
旺角电脑中心。1928年6月24日，新址启用，由当时
教育司伍德（A.E. Wood）及徐仁寿主持启用典礼。根据当日《
南华早报》报道，新校“楼高三层而每层均有班房”，周围有“广阔的空地”，整所建筑“空气流通”及“光线充足”，并称华仁是香港最大的学校，有学生500人。
徐仁寿有感学生需要更多精神上的指导，于是渐渐将管理交与当时寻找本地教育
施设的耶稣会教士。耶稣会本来希望在香港兴办天主教大学。随着香港大学于1911年成立，耶稣会的神父转为提供宿舍予大学生，即现今的利玛窦堂。1932年9月，5位耶稣会的司铎加入华仁为教职员。12月25日华仁正式移交耶稣会。徐仁寿后离港在
英属马来亚从事橡胶种植，1980年离世。
在伍德的协助下，九龙华仁被纳入政府的资助名单；虽然有新设施，高年级学生依然需要渡过
维多利亚港到
香港华仁书院上
实验课。学生人数日益增加，校舍设施不足，遂有在九龙设立分校的必要。
1941年9月8日，
柯士甸道103号的校舍正式成为华仁的分校。高班的学级迁到分校上课，由嘉利华神父（Rev. Fr. Richard. W. Gallagher, S. J.）主理。由当时校长林海澜主理的低班学级则维持在华仁的奶路臣街校舍上课。同年12月8日，日本开始进攻香港。
新界及九龙沦陷后，英军撤出九龙，九龙陷入
无政府状态。柯士甸道和奶路臣街的校舍在战时遭到抢掠，学校档案散失不全，只有林海澜和另一位校长周清霖填写之学校日志得以保存。战后该校址改为天主教小学
德信学校。
1941年12月，日军进入九龙，耶稣会教士协助居民撤退到香港岛，九龙华仁被迫
封校。后期困难情况下华仁继续授课；直至1945年7月1日，日军着华仁停办。是年8月，日本战败投降；9月，华仁复课。由于桌椅战时已
被作为燃料，学生要自备凳桌上课。
1946年、1947年间，九龙华仁在学生人数增加下寻找新校址。迁入
何文田山道十五号一
地皮的提议遭政府否决，另一说法为政府态度不置可否，致使迁校一事不了了之。
至1949年，学校与香港政府商讨后，政府同意让九龙华仁使用何文田一已遗弃的稻田及附近土地。1952年，九龙华仁搬到窝打路道56号现址。此地早年称为
火棚，政府一直以临时
特别许可证的方式租用给农民。除早期之农田外，原本亦作晒
染料、
豆豉、布料之用，为附近
旺角的
通菜街、
西洋菜街、
花园街、
豉油街、烟厂街、
洗衣街、染布房街、黑布街、白布街等街名的由来。
新校舍于1952年9月竣工，礼堂也于1955年开幕，圣堂则于1959年落成；现今的游泳池也在1988年落成。
罗定邦楼新翼在1991年开幕。据1999年
香港教育署之
视学报告，全校共有31个课室、四个实验室、12个特别室、两个篮球场、四个网球场及礼堂、图书馆、一个草地足球场、一个硬地足球场、泳池和举重健身室各一。新翼校舍于2006年启用，物理及
化学实验室迁入。
九龙华仁书院的学习气氛自由，着重自学精神，即所谓“华仁精神”（同时亦包含自主、自重、自强；不卑不亢、和而不同）。与香港其他传统名校多录取富有家庭子女有所不同，九龙华仁取录的学生不少来自社会中下阶层。
据《五十六号的星光——九龙华仁书院创校八十周年纪念册》（
ISBN 962672403X）所载，九龙华仁是第一所用绿色作校褛的学校（而香港华仁则为
宝蓝色）。相传，当时大部分神父来自
爱尔兰，传统上，绿色代表爱尔兰。身在香港的神父为纪念祖国，遂将校褛的颜色定为绿色。
九龙华仁书院学生会于一九六六年一月三十一日正式成立，第一任会长便是当年的总学长、现时
香港中文大学历史系教授郭少棠校友，而当时的学生会一共只有九位内阁成员。学生会会长一向都是由总学长兼任。但自一九七一年开始，学生会的要职包括会长、副会长及秘书，不再由学校委派，而是由来自各班的学生评议会成员选出。到了一九七六年，学生会选举
投票权扩展到所有中三或以上同学，使九龙华仁书院学生会更具代性和认受性。
九龙华仁书院学生会的制度成熟，学生会宪章列明学生会功能及架构，由执行委员会及学生评议会分别负责行政及立法工作。在行政方面，执行委员会以下设有十个小组，
分掌不同范围的工作，而各小组就由一名执行委员担任主席。而在监察方面，设有学生评议会。成员来自各班两至四名代表，负责监察学生会，审核各项计划、
财政预算及财政报告，亦包括修改宪章、选举执行委员会成员。
刘汉铨：中国人民政治协商会议全国委员会常务委员、前
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