三十七年，师征金川，大学士
温福出西路，总督
桂林出南路，授秉恬钦差大臣，督西路粮运。寻以南路径僻站长，挽运尤艰，命改赴南路。秉恬以西路需饷急，请暂留料理，上韪之。又奏：“南路运粮，人俱畏其难。臣非敢言易，然天下无必不可办之事。”上谕令勉为之。寻奏：“师自甲尔木进攻小金川，道路险阻，唯羊可陟。乃招蛮民贩羊至军，以六羊当米一石。”又奏：“师攻克僧格宗，距达乌围六十馀里。臣往勘，拟於策尔丹色木设站。其地有喇嘛寺，粮至即贮寺，以蔽风雨。”旋赴美诺督运。上嘉秉恬不辞劳瘁，赐孔雀翎，授四川总督，仍留美诺督运。
三十八年，师克小金川，温福督兵进攻昔岭。上命秉恬将美卧沟、曾头沟两路酌量形势，分别驻守，赴木果木及功噶尔拉两地察勘。秉恬奏至，与上谕正合，深嘉之，谕谓：“勤劳军务，与统兵督战无异。命交部照军功议叙。”秉恬途中得绰斯甲布土司遣头人投禀，讦绰斯甲布与金川亲暱，虽从征未尝尽力，并请归金川所侵噶尔玛六宗诸地。秉恬谕：“师讨金川，断不中止。噶尔玛六宗诸地，事平后当有公断。尔土司从征未得一地，且纵金川人在境内为盗，所谓尽力者安在？”头人语塞，奉檄而去。疏闻，上嘉秉恬甚合机宜。秉恬至木果木，复奏：“臣自崇德抵功噶尔拉，地气极寒，四山皆雪，甫经设站，以篾席支棚，使人畜暂有栖止。至簇拉角克为布朗郭宗运粮要道，两口东西相距六七十里，开修土路，通至木波，即合帛噶尔角克碉及布朗郭宗大道。又自功噶尔拉至木果木，路陡雪滑，已饬修路凿冰，不致少误粮道。”报闻，加太子少保。木果木师溃，以提督
董天弼失守底木达、布朗郭宗责秉恬不先奏劾，夺官，予按察使衔留军。旋并削衔，命佐按察使郝硕督西路运粮。
三十九年，奏面视米易取携，已由四川采办十数万斤；又奏修整楸坻至日尔拉萨拉驿道，并与总督
富勒浑议以北路军饷归西路递运：上并嘉纳。四十年，以督运无误，授兵部郎中，仍赐孔雀翎，以钦差关防督饷。未几，擢吏部侍郎。以母病召还京师，旋丁忧。未几，起署
陕西巡抚。四十五年，召入觐，调署云南巡抚。四十六年，署云贵总督。安南国王以内地人民出边居住，胁制土民欠税，且动称内地差委，徵索租赋，大为民扰，咨请防禁。秉恬拟照会，略谓：“内地百姓缘尔国需用货物，特准开关通市，为尔国利赖。本非在外垦田种地，无应纳租赋，焉有胁制土民欠税之理？如滋生事端，惟有责令尔国察出送回内地究治。”奏闻，上嘉其得体，仍令军机大臣删改，寄秉恬具答。累年以运铜妥速，议叙。