南京农业大学具有较好的研究生培养条件和指导力量，现有8个国家级重点学科，7个江苏省重点学科，9个农业部重点学科；11个
博士后流动站，12个一级学科博士学位授权点、17个一级学科硕士学位授权点，62个博士学科专业，102个硕士学科专业，以及兽医博士、兽医硕士、
农业推广硕士、工程硕士、
风景园林硕士、
公共管理硕士（MPA）等六种专业
学位授予权。培养研究生的学科专业涉及哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学和管理学10个学科门类，有博士研究生指导教师180人，硕士研究生指导教师460人，有
国务院学位委员会学科评议组成员8名。1978年以来累计招收和培养了近9000名研究生，其中博士研究生近1500名。在校研究生5200多人，其中博士研究生1300多名、硕士研究生2900多名、专业学位研究生1000多名；博士后研究人员54人。经过几十年的发展，南京农业大学已成为我国培养高层次农科专门人才的重要基地。
有13个
国家重点学科，23个省（部）级重点学科。建有“作物遗传与种质创新”
国家重点实验室和国家大豆改良中心，34个省级所（中心、实验室），以及百余个校级研究所、研究室和
工程技术研究中心。
“十五”以来，
国家自然科学基金、科技部、教育部、农业部等各级、各类项目立项1581项，获立项经费5.28亿元，纵向到位科研经费以每年20%的速度递增，年获
国家自然科学基金项目经费超过1500万元，在全国高校中位居前列。获国家、部省级科技成果奖64项，其中国家级奖5项。李显春博士的一篇论文2002年10月在《Nature》上发表，是我国农业高校在《Nature》上发表的第二篇论文。我校有6篇博士学位论文被评为全国百篇优秀博士论文。《
南京农业大学学报》2005年度影响因子上升至0.596，2005年、2006年连续获得第四、第五届“百种中国杰出学术期刊奖”，2006年度获“首届
中国高校精品科技期刊奖”，2004年度获全国高校优秀期刊评比一等奖、第二届江苏期刊方阵“双十佳”期刊奖；2003年度获“第二届国家期刊奖重点期刊奖”、“
百种中国杰出学术期刊”。学校充分发挥自身学科及人才优势，主动为社会发展服务、为“三农”服务，创造了巨大的经济效益和社会效益，多次被评为国家和江苏省科教兴农、科技扶贫工作先进单位。
此外，还设有11个
博士后科研流动站；9个特聘教授岗位（植物遗传育种学、作物栽培与耕作学、植物病理学、农作物病虫监测与治理、园艺科学与应用、动物生产与畜产品加工、动物健康与卫生、农业经济与管理、农业资源利用与环境保护）。
研究生院（含党委研究生工作部）有专职管理干部19人，下设四个副处级机构：院长办公室、招生办公室、培养处、学位办公室。
全国兽医专业学位教育指导委员会秘书处、
华东地区农科研究生教育研究会、农业院校研究生英语教学研究会等机构挂靠研究生院。