多重
PCR(multiplex PCR)，又
称多重引物PCR或复合PCR，它是在同一
PCR反应体系里加上二对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应，其反应原理，反应试剂和操作过程与一般PCR相同。一般PCR仅应用一对
引物，通过
PCR扩增产生一个核酸片段，主要用于单一
致病因子等的鉴定。
多重PCR的主要用于多种病原微生物的同时检测或鉴定某些
病原微生物、某些
遗传病及
癌基因的分型鉴定。
多种病原微生物的同时检测或鉴定，是在同一PCR反应管中同时加上多种病原微生物的
特异性引物，进行
PCR扩增.可用于同时检测多种病原体或鉴定出是那一型病原体感染，可系统组合的有:①肝炎病毒的感染，在同一病人或同一供血者体内，有时存在多种肝炎病毒
重叠感染，有时是甲乙
丙型肝炎病毒重叠;有时可能是甲
乙型肝炎病毒重叠;有时是乙丙型肝炎病毒重叠.②肠道致病性细菌的检测，如
伤寒，痢疾和
霍乱，有时具有较相同的肠道症状，有时
痢疾霍乱同存一病人并同时发病.③性病的检测，如
梅毒，
淋病及
艾滋病的诊断.④战伤细菌及
生物战剂细菌的检测，如
破伤风杆菌，
产气荚膜杆菌，
炭疽杆菌，
鼠疫杆菌等侦检.⑤需特殊培养的
无芽胞厌氧菌，如
脆弱类杆菌、艰难杆菌的鉴定等.
某些病原微生物，某些遗传病或
癌基因，型别较多，或突变或缺失存在多个好发部位，多重PCR可提高其
检出率并同时鉴定其型别及突变等可
系统应用的有:
乙型肝炎病毒的分型;
乳头瘤病毒的分型;
单纯疱疹病毒的分型;
杜氏肌营养不良症的分型及癌基因的检测等.
多种病原体在同一反应管内同时检出，将大大的节省时间，节省试剂，节约经费开支，为临床提供更多更准确的诊断信息.