弘治十七年（1504），新庙建，规制逾旧，明孝宗遣
大学士李东阳祭告，御制碑文勒石。
正德三年（1508），孔闻韶上奏朝廷：孔氏税粮，在
成化年间曾恩免三分之一，今
圣裔贫困者甚多，乞尽
蠲免。获准。同年，又以
尼山、
洙泗书院及
邹县子思书院，每年各有祀事，无人主持，奏请其弟孔闻礼主之。后授孔闻礼
五经博士，专主子思书院祀事。奏准尼山、洙泗两书院各设
学录一人，推荐孔族中贤者充任。
正德五年（1510），入贺，妻子生病，命太医诊治，赐上尊珍馔。夫人以
归宁卒于
京邸，诏遣官
谕祭，驿归其丧，赙给甚厚。明武宗两次视学，皆
驿召孔闻韶观礼，而常赐外加赐金织麒麟绯服一袭及冠带各一，以示优异。每值
万寿圣节，奉表入贺，即使患疾，也强撑病体前来。