咸平元年（998年），孙何向
宋真宗献“任人唯贤”的《五议》，即皇帝应选派有胆略的文职大臣执掌兵权；世家子弟应送入太学接受教育，贫穷家庭的优秀书生应由州、县推荐任用；禁止花钱买官禄；恢复考试录用制度；推行乡饮的宾仪制度，尊重读书人；按才能任命官员，不应凭恩典照顾提拔升级。真宗对此深表赞同。
咸平二年（999年），孙何再次上奏，改革人事制度，裁汰冗馀官员；调整国家职能部门，把三司所辖的部门和机构归还给户部，逐步恢复
六部，各司其职。这些建议被真宗采纳。同年冬，孙何随同真宗巡视
大名府（汴京的门户，今河南、河北的交通要塞）。途中，宋真宗向孙何咨询边防局势和对策。孙何列举当时军队、政府腐败，将帅无能，守关统帅贪生怕死，边将守城轻敌等一系列弊病。真宗十分嘉许，并根据孙何建议，将守关边将
傅潜以抗敌畏缩不前和贻误军机的罪名给予惩处，流放
房州。
景德元年（1004年），孙何奉旨回京任太常礼院士，执堂三班院。又嘉升为
知制诰，赐金腰带、紫蟒袍。孙何因操劳过度，身染疾病，英年早逝，年仅四十四岁。
孙何一生笃古好学，著有《两晋名贤赞》《宋诗十二篇》《〈春秋〉意》《尊儒教仪》《驳〈史通〉》《西桓集》及《孙何文编》四十卷。有《读杜子美集》等存世。《
宋史》为其列了传。
柳永曾写拜谒诗《
观海潮》，拜见孙何：“千骑拥高牙，乘醉听箫鼓，吟赏烟霞。”