司的长官，
隋初称为
侍郎，以
员外郎为佐官。
隋炀帝时改为
郎与
承务郎各一人。
唐制以
郎中、
员外郎为正副长官。
水部郎中一人，
从五品上；
员外郎一人，从六品上，掌渡口、船舻、桥梁、堤堰、沟滩、渔捕、运漕等事宜。所属有
主事二人、
令史四人、
书令史九人、
掌固四人。
宋初水部司置判司事一人，以无职事朝官充任，凡川渎、陂池、沟洫、河渠的政令，先是掌于
三司河渠案，后来领于
都水监，本司无职掌。
元丰改制，始以
郎中、
员外郎管理本司事务。司内分六案，置吏十三人。
南宋时
都水监并入水部司。金元
六部不分司，故无水部司。
明清改
都水清吏司。