湖南南山国家公园管理局为公益一类事业单位，由湖南省人民政府垂直管理，试点期间内暂时委托邵阳市人民政府代管。暂不确定机构级别。 为湖南省级全额财政拨款事业单位。是湖南省成立的第一个国家公园管理机构。

湖南南山国家公园管理局主要职责是贯彻执行中央和湖南省委、省政府关于国家公园体制试点有关方针政策，组织起草湖南南山国家公园的有关规章制度；负责国家公园内自然资源资产的保护、管理和运营；负责公园范围内基础设施、公共服务设施的建设、管理和维护；负责公园范围内的各类保护地以及生物多样性保护；负责协调公园生态保护和建设重大事项，建立生态保护、建设引导机制和考核评价体系；组织实施国家公园特殊允许经营；组织开展公园科研监测、社会参与和宣传推介工作；承担国家、湖南省委、省政府、邵阳市委、市政府交办的其他事项。

2016年7月，国家发改委正式批复同意设立湖南南山国家公园体制试点，湖南南山国家公园体制试点成为全国十个之一，湖南省第一个的国家公园体制试点。

2017年3月，湖南南山国家公园体制试点筹备委员会挂牌成立。

2017年10月13日，时任湖南省委常委、常务副省长、湖南南山国家公园体制试点领导小组组长陈向群为湖南南山国家公园管理局授牌。这标志着湖南南山国家公园管理局正式挂牌成立，也标志着湖南南山国家公园体制试点工作取得实质突破。湖南省发改委党组书记、主任胡伟林，邵阳市委书记、市人大常委会主任龚文密出席授牌仪式。邵阳市委副书记、市长刘事青主持授牌仪式。

将原湖南南山风景名胜区管理处、金童山国家级自然保护区管理处、城步白云湖国家湿地公园管理处、两江峡谷国家森林公园管理处四个管理机构承担的管理职责整合划入湖南南山国家公园管理局。

2022年3月1日，毛伟明省长、王一鸥副省长专题听取南山国家公园建设范围的情况汇报，湖南省政府专题会议有关南山国家公园由“湖南省政府直管，邵阳市代管”调整为“湖南省政府直管，具体由湖南省林业局管理”的要求，明确了南山管理局的主要负责人由省林业局派出。

2022年4月12日上午，湖南南山国家公园管理局举行机关整体迁驻邵阳市区揭牌仪式并召开南山国家公园建设座谈会。南山国家公园管理局局机关及其内设机构从城步驻地整体迁驻邵阳。

根据湖南省编委湘编复字【2017】5号文件，湖南南山国家公园管理局为公益一类事业单位，编制人数116人，其中：

局长1名（副厅级）

副局长2名（正处长）

机构设置如图

内设机构

四个内设机构（综合处，规划发展处、生态保护处、自然资源管理处）副处级领导职数4人

综合处

组织、协调单位日常工作，承办文秘、公文处理、文书档案、信息、会议督查等工作；组织起草南山国家公园的有关规章制度；统筹对外接待工作；负责基建、总务及后勤保障工作；负责单位的计划生育工作；承办党务、党建工作；承办组织人事、机构编制、劳动工资等工作；负责教育培训、文明创建、制度考核、社会治安等工作；组织开展公园科研监测、社会参与和宣传推介工作；负责单位财务、统计工作；编制预决算，负责资金使用过程的监督管理，规范财经管理，防止资产流失，合理调度使用资金；负责单位财产、物资和材料的监管工作。

规划发展处

贯彻执行国家和省委、省政府关于国家公园体制试点有关方针政策；负责编制公园的长期发展规划和年度发展计划并组织实施，研究拟定森林、草地、湿地生态环境和旅游规划建设，编制森林、草地和湿地资源保护和国土绿化的方针、政策及发展规划；制定有关管理的办法和细则。

生态保护处

负责编制生态保护规划；负责公园范围内基础设施、公共服务设施的建设、管理和维护；负责公园范围内的各类保护地以及生物多样性的保护；组织实施保护区内自然资源的调查、监测和保护工作，救护和处理送交的野生动植物及其产品；组织开展森林、草地和湿地保护科学研究工作，参与国内、国际学术交流和技术合作；组织开展森林、草地和湿地保护知识的宣传教育；监督执行有关森林、草地和湿地生态环境建设、国土绿化等方面的政策，组织开展林业普法教育。

自然资源管理处

负责国家公园内自然资源资产的保护、管理和运营；组织实施国家公园特许经营；组织、指导野生动植物资源的保护和合理开发利用；组织指导森林、草地和湿地资源管理；负责森林、草地和湿地资源的调查、动态监测的统计；监督管理自然保护区，组织开展生态状况评估、生物多样性保护、生物遗传资源保护工作；指导生态示范创建；协调和监督野生动植物保护、森林、草地和湿地环境保护、荒漠化防治工作；监督生物技术环境安全；组织环境保护科技攻关和技术示范工程。

南山牧场风景名胜区管理处

该机构现职责：贯彻执行国家、省、市、县有关风景名胜区及旅游景区资源保护的法律、法规和规定，对境内的所有风景名胜区旅游资源行使管理权；依据国家的法律、法规协助有关部门查处对违反风景名胜区保护、管理、利用的案件；坚持科学规划、统一管理、严格保护、永续利用的管理原则，负责风景名胜区内各旅游景点的建设、保护和开发利用、招商引资、旅游市场开拓等工作；负责编制风景名胜区总体规划和景区详细规划，依程序报批并实施；组织开展风景名胜区内的科学考察和研究工作；负责销售风景名胜区门票；承办南山国家公园管理局及上级部门交办的其他工作。

内设3个职能科（室）：办公室、旅游管理科、规划科。

2018年4月28日上午，湖南南山国家公园南山牧场风景名胜区管理处揭牌仪式在南山举行。湖南南山国家公园管理局党委副书记、常务副局长余勋伟，党委委员、副局长苏海出席揭牌仪式。

金童山自然保护区管理处

该机构为原湖南金童山国家级自然保护区管理处。

主要负责贯彻落实国家及省有关自然保护区的方针、政策、法律和规范；

组织、制定、实施本保护区的近期、远期发展规划，制定、实施本保护区的各项管理制度、规定和措施；

调查自然资源并建立档案，组织环境监测，组织或者协助有关部门开展自然保护区的科学研究工作；

全面负责保护和管理好保护区的自然资源（包括土地、森林、草地、水域、动物、植物、矿产等）、自然环境和历史文化遗迹。

2018年并入并隶属于湖南南山国家公园管理局（2018年2月26日发文）

该机构现职责：贯彻执行国家自然保护区的法律、法规和方针、政策；组织实施自然保护区的规划；制定自然保护区的各项管理制度，统一管理自然保护区；组织自然保护区自然资源管理的设置，协调自然保护区的林政，防火、野生动植物保护工作；调查自然资源并建立档案，组织环境监测，保护自然保护区内的自然环境，自然资源和历史文化遗迹；组织或者协助有关部门开展自然保护区的科研工作；开展自然保护知识宣传教育，积极开展社区共管共建；依法开展自然保护区的国内外交流合作；协助查处保护区内违反野生动植物资源管理政策、法规的各类案件；完成南山国家公园管理局及上级部门交办的其他事项。

内设3个股室：办公室、保护管理股，科研管理股。

白云湖湿地公园管理处

该机构原为湖南城步白云湖国家湿地公园管理处，是2015年7月份成立的全额事业拨款单位。

主要负责贯彻宣传国家关于湿地管理的方针政策与法律法规，开展湿地保护宣传教育，负责湿地资源的保护，依法查处并组织、协调相关职能部门打击违反湿地保护法律法规的行为。

负责园内湿地资源的调查、监测与评估工作，参与湿地资源保护相关的学术交流与科研合作。

组织编制并实施公园总体规划和年度计划，实施公园项目建设，对园内旅游经营进行管理监督，引导旅游市场健康发展。

完成城步县委、县政府及上级主管部门交办的其他事项。

2018年白云湖湿地公园并入湖南南山国家公园，白云湖湿地公园管理处为湖南南山国家公园管理局所属二级机构。

该机构现职责：贯彻宣传国家关于湿地管理的方针政策与法律法规，开展湿地保护宣传教育，负责湿地资源的保护，协助相关职能部门违反湿地保护法律法规的行为。组织编制并实施公园总体规划和年度计划，实施公园项目建设。负责公园内湿地资源的调查、监测与评估工作，参与湿地资源保护相关的学术交流与科研合作。负责湿地公园内有关事务的协调工作。完成南山国家公园管理局及上级部门交办的其他工作。

内设3个股室：办公室、科研保护股、安全管理股。

两江峡谷森林公园管理处

该机构为2009年12月邵阳市编发[2009]115号批复设置的湖南两江峡谷国家森林公园管理处，在并入湖南南山国家公园管理局前为副处级事业机构，财政全额预算，原隶属城步苗族自治县人民政府管理。2018年并入湖南南山国家公园管理局。

该机构现职责：贯彻执行国家关于国家公园管理的法律、法规和行业标准，对湖南南山国家公园管理局两江峡谷森林公园辖区实施全面管理，在公园保护建设中负责协调、组织等工作；根据南山国家公园的总体规划和年度发展计划对管理和保护范围制订有关的管理办法和细则，并组织实施，行使管理权；根据规定的功能区进行生态保护和监测，突出保护优先；负责辖区内的野生动植物保护和生态保护；繁育和栽培推广珍稀树种，打造特色珍稀植物园；完成南山国家公园管理局及上级部门交办的各项工作任务。

内设3个职能科（室）：办公室、科研保护科、生态监护科。

综合执法支队

下设一个执法支队（湖南南山国家公园管理局综合执法支队）

在湖南南山国家公园区域范围内开展相对集中行政处罚权工作，具体行使以下职权：

（1）、行使国家公园以及国家级风景名胜区、国家级自然保护区、国家湿地公园、国家森林公园管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（2）、行使旅游管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（3）、行使林业管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（4）、行使农业管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（5）、行使环境保护管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（6）、行使水利管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（7）、行使国土管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（8）、行使交通运输管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（9）、行使规划建设管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（10）、行使文物保护管理方面法律、法规、规章规定的行政处罚权。

（11）、履行湖南省人民政府、邵阳市人民政府和城步苗族自治县人民政府依法规定的其他职责。

内设机构：综合科、法规科。

设置4个直属机构：南山综合行政执法大队、金童山综合行政执法大队、白云湖综合行政执法大队、两江峡谷综合行政执法大队。

湖南南山国家公园管理局党委书记、局长：

湖南南山国家公园管理局党委委员、副局长：苏海

湖南南山国家公园管理局副局长：戴求兵

2020年10月12日，湖南南山国家公园管理局南山风景名胜区管理处被湖南省侨联确认为“湖南省华侨文化交流基地”。

管理局本部

地址：湖南省邵阳市城步苗族自治县儒林大道(城步汽车北站北侧约250米)

南山风景名胜区管理处

地址：湖南省邵阳市城步苗族自治县南山牧场大坪(城步恒丰大酒店西北侧约150米)

金童山自然保护区管理处

地址：湖南省邵阳市城步苗族自治县儒林大道与双井路交叉路口往东约50米(城步苗族自治县妇幼保健院东北侧约150米)