燕京神学院（Yanjing Theological Seminary）成立于1986年，地处北京大专院校集中区
海淀区清河镇内，是中国基督教唯一建在首都北京的神学院。燕京神学院属非营利办学，实行理事会和监事会管理制度，面向华北、西北十省、自治区、直辖市基督教会招生。
燕京神学院与历史上北京各
基督神学校有着久远的承继关系。原为
燕京大学宗教学院，1950年独立成为燕京宗教学院。1953年后，
华北地区多家神学院并入，改名为“
燕京协和神学院”，文革时期一度停办。1983年恢复，改名“北京神学院”。1986年定名燕京神学院。1992年在北京海淀区清河镇附近建设新址。
学院为四年制
神学本科院校。课程既体现宗教院校的教学特色，又与社会主义社会相适应。学院不断提高办学规范化水平，基本建立起衔接神学教育传统的
圣经神学、
系统神学、
历史神学及
实践神学四大学科体系。
燕京神学院与历史上北京各基督神学校有着久远的承继关系。1949年时， 北京共有五所公会联合或单独开设的神学院校，即：燕京宗教学院；北京神学院；远东宣教会；
圣经神学院； 真理学院及
香山灵修院。
燕京宗教学院是北京基督教历史最重要的也是最高级的神学教育学府。 它的历史要追溯到十九世纪，是北京基督教历史上最早的神学院校之一。1925年燕京大学神科改名为 “燕京大学宗教学院”，招收大学本科毕业生读神学研究课程，该学院可以授予学士学位。 1926年宗教学院随燕京大学迁入海淀新校址，燕京大学宗教学原历任院长是：
刘廷芳（1921—1926）， 李荣芳（1927），赵紫宸（1928-1941，1946-1950）
1950年2月燕京大学宗教学院与大学部分开， 改名为燕京宗教学院，在教育部立案，成为独立的院校。1953年4月，北京神学院，华北联合女子圣道学院， 北平圣经神学院并入燕京宗教学院，联合成了
燕京协和神学院。1953年9月又有
沈阳东北神学院， 河南
开封浸会华内神学院，圣洁教会圣经学院加入燕京协和神学院。其后又有湖北
滠口信义会神学院， 湖南
长沙圣经学院，
神召会真理学院，北京香山灵修院等先后加入了燕京协和神学院。1961年， 按照中国基督教第二届全国会议的决定，燕京协和神学院与南京金陵协和神学院合并， 燕京协和神学院部分过往南京，留京部分教职员工组成了金陵协和神学院北京研究室。
1983年春，
北京基督教开办了北京神学院。1984年，天津
基督教会开办了天津神学院。1986年6月，北京、 天津、河北、山西、
内蒙古、陕西、甘肃、
宁夏、
青海、新疆十省、市、自治区基督教三自爱国运动委员 会联合合办了燕京神学院，北京神学院和天津神学院并入，并于同年9月招收了首届专科生，院址暂设于北京市
东单北大街43号。1992年秋，经多方面协商决定，在北京海淀区清河镇附近为燕京神学院另择新址建院，新址占地30亩，已完成修缮的建筑面积3600平方米，为我院东单北大街43号原址的2257平放牧建筑相比，在
使用面积，房屋质量，学生
活动场地等方面都有较大改善。1997年9月，学员完成了搬迁工作。2002年9月 由全国政协市委赵展岳夫妇捐资三百万元
人民币，修建学生宿舍楼已经竣工入住。
我院按照政府有关法律，法规和《燕京神学院章程》的规定，贯彻学院办学宗旨，努力培养在政治上拥护中国共产党的领导， 热爱社会主义祖国，坚持中国教会“三自”方针，坚持
社会主义道路，维护祖国统一和
民族团结，蒙召清楚， 立志风险，在神学上有较高造诣，品德优良，身心健康的青年传道人。燕京由上述地区两会推荐组成的燕京 神学院董事会，1986年以来，召开了五届董事会，历任董事会董事长为：殷继增牧师（1986-1988），刘清芬牧师（1988-1997）和石泽生牧师（1997-2001），现任董事长为
孔约翰牧师（2001—）。历任院长为：刘清芬牧师（1986-1988），殷继增牧师（1988-2001年7月），现任院长为石泽生牧师（2001年9月-），常务副院长 为于新粒牧师，副院长为张士充先生，齐铁英牧师。
自1986年恢复以来，已有十三届本科班和两届专科班 以及五届义工培训班毕业，毕业生总计约400人，其中绝大多数
均已回到各地教会
事工岗位，成为教会工作的 骨干，也有的人还当选为各级人大代表，政协委员。2002-2003学年由四个年级，在校学生73名。
2010年后，学院进一步明确提出建造“双基地”的任务：一是“建设神学教育基地”，充分优化和整合学院教学、科研和图书馆三大教育资源，为华北、西北地区教会提供服务；二是“建设神学思想建设基地”，推动华北、西北地区教会开展神学思想建设。
燕京神学院自会恢复以来重视同中国各地教会的联系和同世界各地
主内肢体交往，曾经接待了基督教世界性组织及 来自世界各地教会的友好人士和团体，通过访问，座谈及进行
学术交流加深了互相了解，增京了彼此间友好 关系的发展。
燕京神学院设有编辑室，负责《
燕京神学志》和《燕京神学志副刊—福杯满溢》的编辑， 出版，发行。上述出版物受到了社会和各地教会众肢体的普遍欢迎。