同年，后凉
吕纂进攻北凉，秃发乌孤应北凉王
段业求援，命秃发利鹿孤率军救援。吕纂害怕，放火烧了氐池、张掖的谷麦而撤军。秃发乌孤任命秃发利鹿孤为凉州牧，镇守西平（今青海西宁）。
同年，
秃发乌孤因酒后坠马伤及肋骨，伤重而死，死前向臣下表示应当立年长新君，故由其弟秃发利鹿孤继位。秃发利鹿孤继位后，赦免境内犯死罪以下的罪犯，将都城迁至西平。派记室监麹梁明到段业那里通问修好。段业说：“贵主先王乌孤开创大业开启世运，功高于先世，理应为国家的太祖，他有儿子，为什么不继立？”麹梁明说：“先王有子羌奴，不让他继立是先王的遗命。”段业说：“从前
周成王年纪小，周公、
召公做宰辅；
汉昭帝八岁，
金日磾、
霍光辅弼。虽然继位的儿子年幼，但是两个叔叔善美，左右辅佐，不也可以吗？”麹梁明说：“
宋宣公能把国家让出来，《
春秋》中赞美他；
孙策把国事交给
孙权，终于开创了
吴国的大业。而且哥哥死后弟弟接替，这是殷汤的成法，也是圣人的格言，千秋万代的通则，为什么一定要儿子继承就对，弟弟接替哥哥就不对呢。”段业说：“说得好啊！使者的话有理。”
十二月，后凉国主吕光去世，秃发利鹿孤听到吕光的死讯，派将领
金树、苏翘率领五千骑兵屯驻昌松漠口。第二年，赦免境内，改年号为
建和。二千石长吏凡是清廉高尚有好的政绩教化的，都封亭侯、关内侯。吕纂前来攻打，秃发利鹿孤派其弟
秃发傉檀率军抵抗。吕纂士卒精锐，向前越过了三堆，秃发傉檀三军混乱恐惧。秃发傉檀下马，靠着
胡床坐下，兵众的心情才开始平静。和吕纂作战，将其打败并斩杀二千多人。吕纂往西攻打段业，秃发傉檀率领一万骑兵乘虚袭击姑臧。吕纂的弟弟
吕纬坚守南北城而自保。秃发傉檀在朱明门上设酒，擂响钟鼓来犒赏将士，在青阳门显示武力，俘虏了八千多户而回。西秦国主
乞伏乾归被后秦皇帝
姚兴打败，率领数百名骑兵来投奔，秃发利鹿孤把他安置在晋兴，以上宾的礼节来接待他。乞伏乾归派儿子乞伏谦等到西平作人质。镇北将军俱延对秃发利鹿孤说：“乞伏乾归本来是我们的属国，自立为王，走投无路才来归顺，并不是真心实意。如果他投奔东边的秦国，一定会领兵向西边侵犯，这对我们没有好处。应该把他们迁到乙弗部的中间，防止逃跑。”秃发利鹿孤说：“我正在弘扬信义以收天下人心，乞伏乾归向我投诚却把他迁走，四海的人都会说我不能以诚信相托。”不久乞伏乾归果然投奔姚兴。秃发利鹿孤对俱延说：“我没有采纳你的话，乞伏乾归果然叛逃了，你为我走一趟吧。”俱延追乞伏乾归到黄河，没有追上而返回。
建和二年（401年），南凉境内出现祥瑞，于是大臣都劝秃发利鹿孤称帝，秃发利鹿孤于同年称河西王。将领鍮勿仑上前说：“从前先君从边远的北方开始创业，披头散发，衣襟向左边开着，没有戴冠冕的法度，到处迁徙不定，没有建造城邑的制度，因而能够中分天下，威震邻国。现在建大号称王，确实顺应天意。但是居住在安乐之地，并不是留给子孙的好办法；储存在府库里的粮食丝绸，滋长敌人来抢掠的欲望。而且带头兴兵称王称帝的，一定不会成功，
陈胜、
项籍之事，这些前车之鉴不是太遥远。应该把晋人安置到各城里，勉励和督责农业生产，用来供给军队和国家的需用，我们就练习作战用以诛伐还没有归附的人。如果东边或西边的敌人对我们有什么举动，用长远的计策来牵制他们；如果敌人比我们强大，我们就迁移以躲避锋芒，不也很好吗？”图利鹿孤认为他的话很对。
于是率领军队攻打后凉吕隆，大败其军，擒获获后凉
右仆射杨桓。秃发傉檀对杨桓说：“安逸地处于危险之境，不想择主而事，年老以后当了囚虏，难道这叫做智吗？”杨桓说：“我受了吕氏的厚恩，让我惭愧地当到了
尚书省的官职，即使是洪水滔天，我还要救主俱死，实在耻于做叛臣来见明主。”秃发傉说：“你真是个忠臣！”任命他为左司马。
秃发利鹿孤对他的大臣们说：“我没有经国济世的才能，惭愧地继承了大业，自从我登上王位到今天，已经三年了。我虽然日夜操劳，考虑着弘扬道化，但刑罚和政令没有能够平允适中，风俗仍多衰败；战车多次驾驶，却没有开辟疆土的功绩；努力地引用贤士，但是民间还留有许多人才。难道是任用了没有才能的人，还是我不明察造成的？你们几位把话全都说出来，不要有忌讳，我准备考虑。”祠部郎中
史暠回答说：“古代的帝王，用兵以保全军队为上策，打败敌国其次，拯救水深火热中的人们，征讨东方时西方的百姓有怨愤。现在不把安定百姓为首务，仅致力于迁徙人户，人们愿意在本土安居，不愿轻易迁移，所以才会有背离反叛，这就是我们斩将取城，土地却没有扩展的原因。现在选拔人才，把骑马射箭放在首位，把才艺文章列为无用的条目，这不是招来远方还没归化的人们的不朽的好办法。孔子说：‘不学礼，无以立足。’应该建立学校，发展教育，挑选德高博学者来训教帝王和公卿贵族的子弟。”秃发利鹿孤认为这话很好，任命田玄冲、赵诞为博士祭酒，用以教育帝王公卿的子弟。
当时秃发利鹿孤虽然
僭位，但还向
后秦称臣。
杨桓的哥哥
杨经辅佐姚兴的父亲
姚苌，早死，姚兴听说杨桓德行声望都很好，就征召他。秃发利鹿孤在城东给杨桓饯行，对杨桓说：“本来期望和你共成大业，但是事情和我原来的考虑相违，分别的感伤之情，实在比古人还要深。但是鲲如果不是在溟海里，就无法转动身躯；
凤凰如果没有高大的梧桐，就无法展开翅膀。你有匡辅时世的才能，像夜光珠那样宝贵，应当在高耸的楼阁里出仕，显示出连城一样的价值，区区河西，不足以舒展你的才力。好好努力而
日新月异，用以成就大美。”杨桓哭泣着说：“我从前服事吕氏，没有建立起情义。陛下从俘虏之中宽免我，把我和贤良老臣一样来特别对待。我经常希望能够
攀龙附凤，建立一点小小的功业。龙门已经开启，但是我又离陛下而去，公衡那样的依恋，怎么能忘记！”秃发利鹿孤为之流泪。
后派秃发傉檀在显美又攻打吕隆的昌松太守孟祎，将其打败。秃发傉檀抓住了孟祎责骂说：“见机而行，这是奖赏所优先的；守迷不变，刑罚就要加到身上了。我正要在
玉门显耀神威，扫平秦、陇，你却死守困穷的城邑，阻滞王法，国家有制定的刑法，你难道想试一试吗？”孟祎说：“明公开辟河西，声威传遍宇内，用文德来安抚远方未归化的人，用武力来惩罚不恭敬的人。何况我小小的孟祎，岂敢和天命对抗！衅鼓之刑，正是我孟祎该受的。但忠于那边，也能忠于这边。我受了吕氏的厚恩，接受了保卫国家的重任，明公来到了我就归顺，恐怕会得罪您，由明公考虑怎么办。”秃发傉檀非常高兴，解开了绑在他身上的绳索，用对待客人的礼节来对待他。把显美、丽靬的二千多户迁了回来。秃发傉檀嘉许盂祎的忠烈，任他为左司马。孟祎请求说：“吕氏就要灭亡，圣朝吞并河西，已成定局。但我给吕氏守卫国土却没有守住，又愧在你们显赫的位置上，我心里不安。明公的恩情，让我孟祎在姑臧被杀，就是死了也将会不朽。”秃发褥檀认为他很有节义，准许了。
吕隆被
沮渠蒙逊攻打，派使者来请求救兵，秃发利鹿孤率领下臣们讨论此事。尚书左丞
婆衍仑说：“现在姑臧正闹饥荒，民生凋敝，一石粮食值万钱，野外连青草也没有，没有地方能得到粮食供给。沮渠蒙逊的军队从千里以外赶来，粮食的运输接连不上，让这二寇互相残杀，以待时机。如果沮渠蒙逊攻下姑臧，也守不住，正好能让我们攻取。我们不应该去援救。”秃发傉檀说：“婆衍仑只知其一，不知其二。姑臧现在虽然空虚
破敝，但是处在优越便利的位置上，是河西的一都之会，不能让沮渠蒙逊占了去，应该火速去救援。”秃发利鹿孤说：“车骑将军的话，正说出了我的心意。”于是派秃发傉檀率领一万骑兵去救援吕隆。到了昌松，沮渠蒙逊已经撤退，秃发傉檀把凉泽、段冢的五百多户迁徙而回。
建和三年（402年），秃发利鹿孤病重，命令说：“内外多忧患，国事繁多，命令车骑将军秃发傉檀继承大业，以成就先王的愿望。”秃发利鹿在位四年而死，安葬在西平东南，谥号康王。其弟秃发傉檀继位。
房玄龄《
晋书》：“鹿孤从史暠之言，建学而延胄子。遂能开疆河右，抗衡强国。道由人弘，抑此之谓！”