翼元帅府，始设于龙凤元年（1355年）六月三日，共设立了27个，龙凤十年（1364年）三月六日悉数改为卫指挥使司。

龙凤元年（1355年）六月三日，朱元璋率军攻克集庆路（今南京）上游门户重镇太平路，改地方政区的「路」为「府」，以儒士李习为太平府知府。与之同时，朱元璋设立了地方军队领导机构「翼元帅府」这一军事机构形态。

第一个翼元帅府，是龙凤元年（1355年）六月三日设立于太平府的「太平兴国翼元帅府」。

将「翼」这一概念运用于军事建制，是直接取法于蒙元。在铁木真尚未统一蒙古之前即有所谓「十三翼」部落兵，史载：「…札木合以为怨，遂与泰赤乌诸部合谋，以众三万来战。帝时驻军答阑版朱思之野，闻变大集诸部兵，分十有三翼以俟。」蒙元南下灭亡中国后，神州陆沉，1285年，忽必烈下令改江淮、江西元帅府、招讨司为上中下三万户府，编组成三十三翼。根据徐元瑞的训释「翼，辅佐武备之司曰翼，犹左右护卫也」。虽然「翼」和「元帅府」都是源于元制，但是把「翼」与「元帅府」连起来使用却是朱元璋的发明。

龙凤十年（1364年）正月，朱元璋即吴王位，建置百官，初步整合了军事与行政制度系统。三月六日，将翼元帅府悉数改成卫指挥使司，置武德、龙骧、豹韬、飞熊、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、晓骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林十七卫亲军指挥使司。

自龙凤元年（1355年）六月设立第一个「太平兴国翼元帅府」以后，凡攻克重要城池，皆照例设置翼元帅府，命将设官镇守，「以统诸道兵」。到龙凤十年（1364年）改定官制为止，共设立了27个翼元帅府。

安庆翼统兵元帅府设于龙凤六年（1360年）闰五月，不久被陈友谅占领，到龙凤七年（1361年）为朱元璋的军队收复后，八月十二日改安庆府为宁江府，立宁江翼元帅府。

诸翼元帅府的名称不是完全统一的，绝大多数称「元帅府」，少数则称「大元帅府」、「行军元帅府」、「统兵元帅府」。

诸翼元帅府的性质，可以分为两类：一类是具有中央性质的军事领导机构，一类是具有地方性质的军事领导机构。

朱元璋建立的第一个翼元帅府是「太平兴国翼元帅府」，朱元璋为大元帅，并置有僚属，以李善长为帅府都事、汪广洋为令史、陶安参幕府事，负责处理日常公务、文牍，参谋军事机务，一应文移用宋龙凤年号，旗帜及将士战衣皆尚赤用红色。

龙凤二年（1356年）三月定鼎金陵（今南京），设置「天兴建康翼统军大元帅府」，取代了「太平兴国翼元帅府」，成为最高军事机构，「太平兴国翼元帅府」也因此降为地方性质的军事领导机构。七月，韩宋封朱元璋为吴国公，置江南行中书省、江南行枢密院，由于朱元璋名义上是接受韩宋领导的，故而朱元璋此后所建的诸多军政机构皆冠带「行」字。至此，江南行中书省便成为吴国公的最高行政机构；江南行枢密院取代了刚刚设立的天兴建康翼统军大元帅府而成为最高军事领导机构了。

在置江南行中书省、行枢密院的同时，朱元璋又置左右前后中五翼元帅府等机构。此五翼元帅府具有中央侍卫军的管理机构的性质与功能，是明代京营的起源与雏形。

除却以上六翼元帅府外，分散于各地的二十一翼元帅府就成为具有地方性质的军事领导机构。其中「秦准翼元帅府」是水军管理机构，最高长官由精通水战的将领充当。

诸翼元帅府最高军事长官或曰「大元帅」，或曰「总兵都元帅」，或曰「统军元帅」，或曰「元帅」，名号各异，极不统一；且无定员，或一员，或数员。有的翼元帅府仅置元帅系统军职，有的翼元帅府不仅设置元帅系统军职，还设有枢密院系统军职。同时设立两个系统军职的翼元帅府，是具有重要战略地位的毗邻翼、星源翼、金斗翼、安南翼和永平翼五翼。

龙凤十年（1364年）正月，朱元璋在李善长、徐达等文官武将的再三翊戴下即吴王位，建置百官，对现行军事、行政制度系统进行了初步整合。

三月四日，朱元璋定诸衙门机构官制时规定：元帅为正三品、同知元帅从三品、元帅副使正四品，元帅府经历正七品、知事从八品、照磨正九品。定制前诸翼元帅府的元帅品秩情况，由于文献阙载则不甚明。又，蒙元定制后的元帅、副元帅品秩皆为正三品。据此推测，诸翼元帅府下元帅、副元帅品秩很可能就是正三品，龙凤十年（1364年）是予以制度上的确立而已。

三月六日，置武德、龙骧、豹韬、飞熊、威武、广武、兴武、英武、鹰扬、晓骑、神武、雄武、凤翔、天策、振武、宣武、羽林十七卫亲军指挥使司。先是，所得江左州郡置各翼统军元帅府，至是乃悉罢诸翼，而设卫。

此十七卫亲军指挥使司是有明一代「设亲军卫之始」。值得注意的是，此十七卫并不完全是由诸翼元帅府直接对应改制而来的；而是在此之前己有一部分翼元帅府改制为其他形态的军事机构，如毗陵翼元帅于龙凤四年（1358年）三月改成卫指挥使司，淮海翼元帅府于龙凤六年（1360年）改成江南等处分枢密院，不过这些改制行为皆属零星行为。

龙凤十年（1364年）改制后，所置诸翼元帅府基本上就皆改成卫指挥使司了。譬如，改长安州为长兴州，永兴翼元帅府为长兴卫指挥使司；雄峰翼元帅府改为兴安卫，旋即改为徽州卫：金华翼元帅府改为金华卫、归安卫；等等。卫指挥使司，一般设指挥使、指挥副使、佥事以及镇抚等职官。

由于诸翼元帅府改制成卫指挥使司，翼元帅府系统的军职也随之改授为卫指挥使司系统的军职，如统军元帅郭子兴改为鹰扬卫指挥使，永兴翼都元帅耿炳文改为长兴卫指挥使，龙虎翼元帅府元帅葛俊为骁骑卫指挥使，左翼副元帅金朝兴为龙骧卫指挥同知，淮兴镇江翼右副元帅王志为飞熊卫指挥使。

同时，改各门总管府为千户所，革去统军元帅府、万户府、金吾侍卫亲军都护府等军事机构。

应当注意的是，军事改制并非一蹴而就，而是有一个逐渐完成的过程，到洪武初卫指挥使司便顺理成章演变成卫都指挥使司。