明清至民国时期马村集为曹州北部四大集之一，马村集、临濮集、小留集、董家口（今鄄城董口）。

山东省菏泽市牡丹区与鄄城县交界处，隶属小留镇，南至小留镇政府驻地6公里，至菏泽市区20公里，东至S259省道3公里，北至鄄城约有25公里。

马村先祖为马飞兴，元末明初人。明太祖太医，后任青州知府。东汉伏波将军马援之四十代孙，父亲马良甫系山西洪洞县西二十五里马家大屯人氏。马飞兴公共有九子。原配张氏生四子：神宝、至宝、贵宝、通宝，原居于故乡。德配甘氏，生一子名汲，住曹州安陵集。在任时德配杜氏夫人，系阁老之女，生福宝、禄宝、祯宝、祥宝，后又收一义子荣宝。二世祖神宝公住开州（今濮阳马李集）守祖，二世祖至宝公迁居濮州（今鄄城）马关帝庙，二世祖贵宝公迁居曹州白虎集西北五里马庄，二世祖通宝公先迁定陶马店后又迁徐州府沛县马楼。这就是鲁西南马氏家族口耳相传的 “一马踏四州”。二世祖福宝公住青州（益都县），二世祖禄宝公住莱州（掖县），二世祖祯宝公住登州（蓬莱县），二世祖祥宝公住兖州，二世祖荣宝公住济宁州，所以又叫“一马踏九州”。

一世祖母张氏从山西故里领其四子赴青州一个时期，引起姐妹不和，后五公随官居住益都县矮槐树村守祖，明洪武年间，神至贵通四公扶母张氏西归，行至开州地界，适值元末明初革故鼎新，返晋不允，东去势急，遂止于开州（今河南濮阳）东南九十里马李集居住，一世祖母安葬于此（陵墓在黄河岸边濮阳市梨园乡马李集村）

二世祖三门贵宝公于洪武15年（1382年）徙居于曹州白虎集西北五里马庄。传谱记载，飞兴公三子贵宝公膝下生八子：世让、世隆、俊领、俊岐、俊公、彦忠、彦良、彦清八子。贵宝公仙逝后与焦氏夫人安葬于此地，五子俊公守祖。三子俊岭于永乐6年（1408年）迁居巨野县城市马街。四子俊岐于永乐14年（1416年）迁居嘉祥县南白马寺。二子世隆、六子彦忠、七子彦良于永乐2年迁居马常寨。长子世让、八子彦清于永乐2年迁居于马村。“奉命迁此建村，以姓名村。”三世祖世让、彦清安家建村---马村。

马村先民淳朴、厚道，诚信待人，人气汇拢。1441年即明正统六年，马村慢慢自发形成一小的集市，遂称作马村集。听老人讲，由于黄河水患曹州屡次被淹（州城曾迁到磐石镇），在新县城选址问题上曾考虑在马村集建立县城，马村集的棋盘式街道、标准的城墙、完整的护城河和城内完善的给排水系统，也都是按照当时县城的标准规划设计修建的，但后来因风水先生说在马村集不适宜建造监狱，而曹州作为州县政府又不能没有监狱，于是最初的迁城规划被丢弃， 1445年即明正统十年，转而在在的牡丹老城区建造乘氏县（今菏泽城）即延续的曹州。从明代到清朝初年，马村集渐渐发展成为方圆几十里远近闻名的乡镇集市。清代刘鹗的纪实文学小说《老残游记》和寒波的《老残遗恨》中，几次提到曹州北四五十里的马村集。抗日战争时期，日本兵也曾在集上小有驻扎。解放战争期间，刘邓大军在强渡黄河，激战鄄城，涉过黄泛区，挺进大别山的路上，刘伯承等也曾秘密地在马村集上居住过。

历史上马村集的集市时间从没有变更过。十天两集，农历每逢一、六成集。每逢集市，都会吸引几十里甚至更远的人们前来赶集贸易、游玩散心，农闲或年关有时会引来周围近百里的生意人，客店里常年住着南有定陶卖香油的油翁，安徽亳州经营中草药的老者，东有来自东湖（微山湖）的小贩，终日地叫卖着他们的荸荠、菱角和碱块，还有来自泰安的生姜和“泰山石敢挡”，以及从河西（因黄河屡次水患）逃荒过来、饥馑垢面的灾民。灾民逃荒到这儿时，村子里只要有人肯拿出半口袋黄豆或麦子，就能换下他们的女孩做媳妇。灾民自己也想这儿大户多，殷实富足，在集上亦可给自己的孩子找条活路，他们还可继续他们的逃生路。因此，甚至村里给地主扛活的那些佃户光棍汉们那时都能找到老婆。

　隅首东北角有一老旧戏楼，每逢大集、庙会或大户家有喜庆事，都会请艺人来唱戏。戏台上涂着花脸、身穿长袍皂靴的男演员，以及头顶花冠、面色桃红姣好的女演员，扭动着身体，舞动着兵器，迈着怪异的步子，不知要表达什么的动作语言，嗯嗯啊啊地唱着地方戏。农闲时节，戏院里有时会不分白天黑夜地连续唱几天的大戏，每次观众爆满，戏院周围的围墙上、房顶上、树上都爬满了人，直到周围方圆十几里的百姓都看过了，才离开马村集戏楼转赴另一地去。舞台上经常上演的戏曲品种大致有:两夹弦、枣梆、大平调、豫剧、大弦子戏、四平调等。　戏楼里表演武术的，台上激情的锣鼓家什一响，或赤身肉搏，或手持春秋大刀、长矛、三节棍、九节鞭、护手双刀等各色兵器的武人，喊叫着展开了一番番眼花缭乱的厮杀，现场观看的一个个都目瞪口呆，让人以为他们好像不是在表演，而是动真格的真的打起来了，起码也是武人一种情绪的极度宣泄。几个套路下来武人已是大汗淋漓、气喘吁吁。扬琴、洪拳和书法是一直是马村集上远近出名的传统项目，直到春节还会看到集中的展示。

马村集集市上的布局是这样的。东街上有蛋类、鸡、鸭、鹅和饲料、柴草、秧苗出售。北街上则卖布匹、粮食和骡马牛羊猪等牲畜。西街有床席，生肉、调料、水果和蔬菜。南街上物品最为丰富：靠近隅首有大笼包子、羊肉汤、丸子汤、胡辣汤、烧饼、妆馍、糕点等好吃的；朝南卖山里红的、卖糖人的、卖箩筐的、掌箩的、掌鞋的、修秤的、磨刀的、卖绳的、卖纸的；再朝南鞋帽、农具锅碗瓢盆等用的；寨门里关坑边还有专门来玩杂耍的、玩魔术的、耍猴的，他们表演完周围的看客会往他们艺人的小铜盆里丢上几枚硬币。周围方圆二三百里的物品都能在集上买到。

马村集建有寨墙。寨墙里地势高起，有六米宽的十字街道，十字街道与寨墙连接处建有东北西南蓝砖镶砌的四个厚重木门楼子（寨门楼子于1954年已全部拆除）。门楼外设有吊桥，天亮放下，天黑拉起，成为马村集的四个进出口，寨里的十字大街与正方形的回子形小街交叉，三纵三横，组成十六个规整的棋盘式聚居街区。隅首两侧店铺林立，商贾云集，寨墙高约一丈五尺，顶宽约八尺，上面设有掩体和望风口，栽种着带刺的木枣和国槐。寨墙里侧不远处有一环形的跑马趟子，以便外面一有情况村里随时可以补充迎战物资和舞枪弄棒的青壮小伙子进行抵抗，跑马趟子与街道之间生长着一片片的果树，不规则地分布着有枣、桃、杏、梨、山楂、石榴、柿子等树种。　东北西南寨楼门外都建有庙宇。东门外为天齐王泰山神庙，北门外为真武大帝庙，西门外为关公庙。南门外的庙宇建筑最为宏伟壮观，占地十八亩，里面分别有泰山娘娘、火神爷和阎王爷庙。村外的这四处庙宇均在1937年8月的那场大地震中遭到毁坏。后来南门外的庙宇建起了公社的储备粮仓库，解放后由于修庙属于封建迷信且耗资巨大，近七十年来一直没人提重修庙宇的事，直到2004年5月，东门外附近的乡亲他们自发组织捐款修建了一小东岳天齐庙，房子低矮小气，气势、规模怎么也不可与过去的天齐庙同日而语了。

六十年代中后期，村民曾自发地对寨墙做最后一次的加固，并在墙上植树。壕沟也进行了一次深挖疏浚，再现了当年河水顺壕沟全村环流，鸟、树、水、鱼、鹅与人恬静和谐相处的自然村寨景观。此后，村里人口逐年增多，年轻人都纷纷到寨墙外的宅基地里去盖新房，大多老年人依然选择留守在老村子里，所以现老村少了许多的活气。如今，寨墙与壕沟的功能早已丧失，墙土被移走挪作它用，树木被大多砍伐，壕沟渐渐被淤积填平，无人理睬。

中国解放后曾在马村集设立马村乡，辖马村集、宋庄村（宋庄、西常寨自然村）、耿庄村、王集村、郝庄村（史口、苏庄、郝庄自然村）、马常寨村、后王花园村、前王花园村（前王花园、马坊自然村）、后袁庄村、前袁庄村、郭吴朱村（郭吴朱、丁庄、关庄、晁庙自然村）2001年1月，马村乡与小留镇合并为小留镇。