十一年，擢学士，充日讲官，教习庶吉士，编纂太祖、太宗圣训副总裁，
经筵讲官。明将
孙可望诣经略洪承畴军降，封义王，命麻勒吉为使，学士胡兆龙、奇彻伯副之，赍敕印授之，即偕诣京师。麻勒吉初与直隶总督
张玄锡同官学士，使还，玄锡迎于
顺德，麻勒吉诃辱之，玄锡愤，自刭不殊。巡抚董天机以玄锡手书遗疏上闻，上遣学士折库纳、侍郎霍达往按。玄锡复疏言：“麻勒吉于迎候时面斥失仪，又责以前此南行不出迎，且云：‘在南方洪经略日有馈遗，何等尽礼！’奇彻伯又索臣骡驼。臣因贿赂干禁，不与。”上责麻勒吉等逼迫大臣，任意妄行，下九卿会勘。玄锡，直隶清苑人，明庶吉士。顺治初授原官，自检讨累迁至学士。上称其勤敏，擢
宣大总督，移督直隶、河南、山东。至是，以听勘诣京师，居僧寺，自缢。九卿议麻勒吉等当夺官籍没，上宽之，削加级、夺诰敕而已。
十六年，以云南初定，发帑金三十万，命麻勒吉偕尚书伊图、
左都御史能图往赈，并按大将军贝勒尚善纵兵扰民状，麻勒吉为奏辨。寻安亲王
岳乐覆勘，尚善兵入永昌掠民妇事实，麻勒吉坐徇庇，夺官。十八年，命以原衔入直。上
大渐，召麻勒吉与学士王熙撰拟遗诏，付内廷侍卫贾卜嘉进奏。上命麻勒吉怀诏草，俟上更衣毕，与贾卜嘉奏知皇太后，宣示诸王贝勒。是夕上崩，麻勒吉遵旨将事，旋授秘书院学士。
康熙五年，擢刑部侍郎。七年，授江南江西总督。时苏州、松江频遭水患，布政使
慕天颜议濬
吴淞江、刘河口，麻勒吉因与巡抚
玛祜疏请以各府漕折银十四万充工费。淮、扬被水坍没田地，请永免岁赋。诏并允行。镇江驻防兵讦将军李显贵、知府刘元辅侵冒钱粮，遣学士折尔肯等往按得实，麻勒吉坐不先举发，并械系至京听勘。给事中
姚文然疏言麻勒吉罪状未定，宜宽锁系，上然之。寻命复任。十二年，大计，左迁兵部督捕理事官。
吴三桂反，定南王
孔有德壻
孙延龄及
提督马雄以广西叛应之。十六年，命赴简亲王
喇布军，招抚延龄。比至
桂林，延龄已为三桂所杀，其部将刘彦明等率众降。十八年，诏麻勒吉赴广西护诸军，时雄已死，其子承荫降，授招义将军，封伯爵。已，部兵以饷匮哗，麻勒吉上言：“承荫与黄明、叶秉忠皆贼帅归诚，今承荫授高爵，而明、秉忠未授官，故阴嗾兵士为变。秉忠年老无异志，惟明强悍，为
柳州官兵所慑服，若不调用他所，终恐为害。”乃授明
总兵官。明复叛，诏麻勒吉与
偏沅巡抚韩世琦会剿，寻报为苗人所杀。十九年，巡抚
傅弘烈剿贼至
柳州，承荫复叛，弘烈遇害，命麻勒吉兼摄巡抚事。时
柳州再变，民多逃窜，田荒赋淆，麻勒吉招抚流亡，令归故业，葺学宫，振兴文教，颇著治绩。二十一年，撤故定南王所部，分隶
八旗汉军，麻勒吉率以还京。