云南，是直属清朝中央政府的一级行政区，下辖迤西道、迤东道、迤南道、临安开广道等。

沿明制，为省。省治云南府。

顺治十六年(1659)设经略，寻改总督，云南、贵州两省互驻；康熙元年(1662)分置云南总督驻曲靖府，贵州总督驻安顺府；三年(1663)并为云贵总督，驻贵阳府；十二年（1672）又分设总督，寻又合并；二十六年(1686)移驻云南府；雍正十年(1732)兼辖广西；十二年(1734)停兼辖广西；乾隆元年(1736)又分设，并以贵州总督兼巡抚；十二年(1747)复为云贵总督；光绪三十一年(1905)兼云南巡抚事。

顺治元年(1644)设云南巡抚，驻云南府；雍正四年(1726)兼总督事；十年(1732)升总督，兼巡抚事；乾隆元年(1736)仍以云南总督兼巡抚事；十二年(1747)复设巡抚；光绪二十四年(1898)裁，同年复设；三十年(1904)复裁。

初沿明制，设云南布政司左、右布政使，驻云南；雍正六年(1667)只设布政使。云南按察司：初沿明制，设云南按察司，驻云南府；宣统二年(1910)改设云南提法司。

乾隆三十一年(1766)置粮储道兼云武道，驻云南府，领云南府、武定府/武定州。

康熙九年(1670)置永昌道，驻大理府；雍正八年(1730)更名迤西道， 领大理府、鹤庆府、丽江府、永北府/永北厅、永昌府、顺宁府、楚雄府、姚安府、景东府/景东厅、蒙化府/蒙化厅；乾隆三十五年(1770)鹤庆府降，姚安府裁；光绪二十八年(1902)移驻腾越厅。

雍正八年(1730)置迤东道，驻曲靖府，领云南府、武定府、普洱府、曲靖府、昭通府、澂江府、广南府、东川府、开化府、广西府/广西州、临安府、元江府、镇沅府；乾隆三十一年(1766)云南府、武定府、镇沅府、元江府、临安府、普洱府另属；光绪十三年(1887)开化府、广南府另属；三十四年(1908)增领镇雄州。

乾隆三十一年(1766)置迤南道，驻普洱府，领普洱府、镇沅府/镇沅厅、元江府/元江州、临安府；光绪十三年(1887)临安府另属；十四年(1888)增领镇边厅。

光绪十三年(1887)置临安开广道，驻蒙自县，领临安府、开化府、广南府。