顺治七年（1650），由
拔贡生授江南
无为州知州。顺治十二年（1655），迁
直隶大名府知府。顺治十六年（1659），迁广东南韶道。顺治十七年（1660），调陕西延绥靖边道。
康熙二年（1663），改补江南淮海道。康熙三年（1664），迁安徽
按察使。康熙十三年（1674），迁江西
布政使。时逆藩
吴三桂、
耿精忠相继叛乱，贼兵分犯江西，会巡抚
白色纯卒，大将军、安亲王
岳乐奏佟国正甚得民心，特擢
江西巡抚。
康熙十五年（1676）正月，大将军、简亲王
喇布言
赣州为江西门户，投诚将士杂处，弹压需人，诏佟国正赴赣州驻守。十一月，加入叛军的
广东提督严自明、
总兵张星耀等纠众直逼
南康，佟国正遣
副将许盛等剿贼于库镇铺，破其营十七，追七十余里，斩获甚众，贼遁走。
南安逆党黄士标、王割耳等犯
信丰，佟国正遣
守备杨以松与
副将周球，分三路击之，斩首二千余，贼溃窜
南雄。十二月，遣许盛等剿
上犹贼，复其城，又遣周球等击败伪将郭应辅于黄土关，斩贼五千，复
龙泉县。遣随征官马贽招降伪副将罗复彪、
都司张元仁、总兵刘永琪等，佟国正闻大兵克复
汀州，恐贼窜入赣州，密饬营汛严守，并分遣参将刘体君及周球等由间道相机恢剿。
康熙十六年（1677）正月，大破贼于五里排，复
会昌县，伪总兵杨梦月降。寻复
瑞金县，先后招抚伪总兵赖鼎球等百五十二人、兵万六千。五月，复
崇义县，招降伪总兵赖荣等十七人、兵万余。逆贼
韩大任自
宁都败窜万安，佟国正虑逸入楚境，密调兵赴良口、大王庙、黄塘，截其归路，别遣将绕出
兴国县田村大江口断贼粮道，贼窘甚，窜突。复遣游击杨以松等四路追剿。十二月击贼于鸬鷀寨。
康熙十七年（1678）正月，追至老虎洞大败之，韩大任穷蹙，走汀州，诣康亲王
爱新觉罗·杰书军门降。江西平，佟国正还省城。八月，叙功，加
兵部右侍郎衔。十月，加
兵部尚书衔，授正一品阶。
康熙十八年（1679）正月，
左副都御史杨雍建弹劾佟国正
江右为冲繁要地，莅任数载，治绩无闻。京察循例自陈，降二级调用。