南京六部是明成祖朱棣迁都北京后，仍然在南京保留的吏、户、礼、兵、刑、工六部。每部只设一个尚书，两个侍郎。南京六部衙门行文时要署名“南京X部”字样。

南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮（此四地所交税粮几乎占了明帝国的一半），同时还负责漕运、全国盐引勘合（明朝从始至终，南京户部一直负责这一事务，其中只有2年南京户部不负责这个事务：正德三年，刘瑾变法，由北京户部负责，“南京引板，俱令销毁”，但在正德五年，刘瑾被诛后户部奏请“刷印盐引，仍隶南京户部”，获得批准。此后一直未变）及全国黄册的收藏和管理（存于今南京玄武湖）。南京户部侍郎因此经常兼任总理粮储。

南京兵部负责南京地区的守备，南京地区的49个卫，都隶属南京兵部尚书指挥。南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务。

南京吏部负责南京地区官员六年一度的京察考功，北京吏部不得干涉。

南京刑部负责南京诸司、公侯伯府、京卫所的刑名，明史上刘瑾就曾经因为南京刑部尚书吴洪依法断案不合其意而矫诏令其致仕。可见南京刑部也有司法权力。

南京工部的职责与北京中央的工部相仿，只是管辖地区限于南京及附近各省。此外，南京工部也负责部分南方的税收（名义上叫“竹木抽分”，明朝工部、兵部都有收税权，并非户部独有）。另外，南京户部刷印盐引勘合的铜版要由南京工部负责铸造。

南京礼部没有太多职权，因为皇帝鲜少来南京，礼仪祭祀活动并不多。

永乐十九年，明成祖朱棣诏令“六部政悉移而北”，正式以北平（朱棣继位后于永乐元年改北平为北京）为都。明成祖迁都北京后，出于种种原因，仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央机构。

南京和北京一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和北京相同。北京所在为顺天府，南京所在为应天府，合称二京府。

虽然南京六部的权力远不如北京六部，但是南京六部也有一定职权。主要是因为南京所在的南直隶地区辖十五个府又三个直隶州，相当于今江苏、安徽两省及上海之地，却不设布政司、按察司、都指挥司三司，原来三司执行的职权便由南京六部负责，其中又以南京户部、南京兵部的权力最重。