基督教发端于公元1世纪罗马帝国统治下巴勒斯坦地区的犹太团体。历史上的耶稣出生于犹太的伯利恒，成长于加利利的拿撒勒城，为马利亚所生，受洗于施洗约翰，在犹太人中间传播基督教的信仰，后来受到迫害，被钉死在十字架上。耶稣在宣道的过程中招收12个门徒（十二门徒），日后大都成为使徒，为教会的奠基人。根据使徒及其他门徒的见证，耶稣死后第三天复活，复活后第四十天升天，于第五十天差遣圣灵降临。

早期基督教在希腊罗马文化区域的传播是用希腊语进行的，福音书和其他的布道讲稿和书信都是用希腊文写的。这些文献是《新约》的文本来源。这与原本为犹太圣经的《旧约》不同，原初的《旧约》文本主要是希伯来文本。基督教在希腊罗马文化区域传播的过程中也注意吸收希腊罗马的文化，这为基督教后来成为罗马帝国的国教创造了条件。

起初，基督教主要在贫民和奴隶中传布，并受到罗马帝国的敌视。在尼禄、戴克里先等罗马皇帝当政期间，基督徒数度遭受迫害，许多信徒殉教献身。直至313年，君士坦丁一世颁布米兰诏书（米兰敕令），基督教才成为罗马帝国所允许的宗教。罗马皇帝狄奥多西一世于391年宣布它为国教。从此，基督教在罗马帝国全境广泛传播，整个地中海沿岸地区都很快基督教化了。

罗马帝国分为说希腊语的东部地区和说拉丁语的西部地区。在说希腊语的东部地区的基督教教会的神学家被称为希腊教父，在说拉丁语的西部地区的基督教教会的神学家被称为拉丁教父。330年君士坦丁大帝决定把罗马帝国的首都从意大利的罗马迁往地中海东岸的“新罗马”，即君士坦丁堡（现今土耳其的伊斯坦布尔）。君士坦丁堡成为罗马帝国的新的政治和文化中心。那时，基督教的神学思想的中心是在东部的君士坦丁堡、亚历山大里亚和安提阿。4世纪和5世纪基督教内部有关教义的争论和信经的拟定都是在东部进行的。不过，西部教会则称彼得系教会在罗马的创始人，罗马教会的主教是彼得的传承人。由于各地教会尊重彼得，加之罗马主教不断扩大其影响，罗马教会获得了西部教会的首席权。罗马教会从这种首席权中发展出教宗（教皇）集中领导的制度，西部地区各地教会的主教由教宗任免。这种教宗制度没有得到东部教会的承认。另外，在西部地区出了一位重要的拉丁教父奥古斯丁，他的神学思想几乎支配了西部教会1000年，并对后来的基督教新教产生重大影响。

简言之，从1—5世纪是基督教创立并从以色列传向希腊罗马文化区域的时期，是基督教发展的早期阶段，是使徒和早期教父建立基督教基本教义和神学学说的时期。这一时期常被称为基督教发展史上的第一个阶段。

到了476年，罗马帝国在内部的矛盾和外族的入侵下分裂为以意大利的罗马城为中心的西罗马和以君士坦丁堡为首都的东罗马。随着东西罗马的分裂，基督教也开始分裂为罗马天主教和东正教。

在罗马帝国的东北边境外分布着日耳曼部落和从蒙古和西伯利亚来的匈奴等部落，称为“蛮族”。5世纪中期，“蛮族”大举入侵意大利，并在现在的德国、法国、西班牙和北非等地建立他们自己的国家。他们不仅攻打罗马人，而且也互相厮杀，造成极大破坏。这时唯一起着稳定社会秩序的机制是基督教的教会。西部天主教的教会在这时救济难民，进行道德规劝，对入侵者传教，说服他们信仰基督教，并要求他们放弃本族的语言而使用拉丁语。移居法国和西班牙的外族人不仅基督教化了，而且也拉丁化了。这时罗马教宗是西罗马权力的中心，各地君王贵族由他加冕封爵。法兰克国王矮子丕平将罗马梵蒂冈一带的土地赠予教宗为教廷使用，至此西部教会的中心建立于梵蒂冈。教宗在主张其“彼得之首席权”的同时亦提出“两把宝剑说”，认为教权高于王权并可制约王权，因此与世俗君主之间经常发生冲突，但总的来说，教会的势力大，教宗能左右王权和军事的领袖。

东罗马帝国挡住日耳曼等部族的入侵，并把它的政权一直保持到1453年土耳其人攻克君士坦丁堡为止。在此期间，西部教会和东部教会之间的差别越来越大。东部教会不执行教宗制，而形成以不同民族、不同地域、不同语言为背景的各自相对独立的牧首制，其中君士坦丁堡牧首在各正教会中保留荣誉上的首席地位。东部教会与民族国家的关系密切，有着较浓厚的神秘主义色彩，讲究礼拜的仪式，保留希腊的文化传统。东部教会和西部教会在向斯拉夫人传教的过程中也发生冲突。总的来说，斯拉夫地区置于东部教会的影响之下，俄罗斯人和塞尔维亚人成为东部教会的信徒，但西部教会也在波兰等地站住脚。

随着在君士坦丁堡的罗马帝国的皇帝的影响力的减弱，日耳曼部落王国的加固，教宗利奥三世于800年加冕查理曼大帝，宣告了一个独立的“德意志神圣罗马帝国”诞生。1054年东部教会和西部教会因为“和子句”发生纠纷，互相开除教籍，史称“第一次大分裂”。从此西部的罗马天主教和东部的正教分道扬镳，直到梵二会议期间（1965年第二次梵蒂冈大公会议），相互主动撤销绝罚，走上了教会合一的道路。

自从7世纪起，伊斯兰教在阿拉伯地区兴起。在西亚和北非的许多原来属于东罗马基督教教会的地区被伊斯兰征服者占领。耶路撒冷落入穆斯林的控制下，这意味着耶稣诞生和活动过的基督教圣地落入异教徒的手中。西罗马地区的教会和国家产生一种强烈的反应，宣称解放耶路撒冷圣地是上帝的旨意，于是组织十字军东征，自1095年起先后八次远征，给征战沿途的人民带来浩劫。但在征战的同时，西方的基督徒接触了当时领先于西欧的伊斯兰文化，也重新发现和整理了被翻译成阿拉伯文字的已经失传于西欧的古希腊哲学著作，特别是某些亚里士多德的著作。上述发现为西方的基督教注入了新的动力。同时，与伊斯兰教等其他宗教的接触激发了西欧神学家的护教动机。上述因素融汇交合，促成了12世纪基督教神学与西欧文化的大繁荣。

原先拉丁的哲理神学以柏拉图的哲学为哲理基础，柏拉图主义或新柏拉图主义占主导地位。12世纪开始，亚里士多德主义开始盛行，着重逻辑推理的经院哲学和神学诞生。原先神学家通常把信仰与理性对立起来，排斥理性，拥护信仰。此后神学家尽管仍然主张信仰高于理性，但寻求把信仰与理性协调起来。安瑟伦的座右铭是“信以致知”。他以人的理性思想为基础建构了著名的上帝存在的本体论的论证。托马斯·阿奎那在他的《神学大全》和《反异教大全》中力图把建立在人的自然理性的基础上的自然神学与建立在上帝的启示基础上的启示神学结合起来。尽管经院哲学家和神学家所提出的上帝存在的证明和自然神学的体系在现代人的检验下在逻辑上仍然存在问题，但他们毕竟肯定了人的理性的相应地位，这为此后基督教文化的进一步发展打下了基础。中世纪并非完全黑暗一片。基督教会在推动欧洲学校、图书馆的建立方面起了重大作用。这促进了基督教文化教育、文学艺术、逻辑推理乃至科学技术的发展，并为大学在欧洲的兴起做了准备。

从476年罗马帝国分裂至1453年东罗马帝国在信伊斯兰教的土耳其人的进攻下灭亡，史称中世纪。这是基督教发展史上的第二个阶段。这一阶段是欧洲基督教化的时期，是基督教分裂为罗马天主教和东正教的时期，是基督教文化与穆斯林文化既冲突又交流的时期，同时也被史学家认为是整个西欧的精神整合时期，被认为是日后西欧“民族性”的精神渊源。日耳曼人基督教化的过程是从3—13世纪，斯拉夫人基督教化的过程是从7—15世纪。

在14—16世纪间，基督教史上出现两件新的大事：文艺复兴和宗教改革运动。文艺复兴是指14—16世纪在欧洲发生的人文主义思想文化运动。它发轫于1300年左右的意大利，后迅速波及德国、法国等欧洲其他国家。它通过复兴希腊罗马的古典文化冲破中世纪的思想禁锢，为近代的到来鸣锣开道。它首先恢复对欧洲古代人文学科（语法、修辞、伦理学、历史、诗学、辩证法和讲演术）的研究，然后把渗透在这些学科中的人文主义的精神推广到绘画、音乐、建筑风格等艺术领域中去。在科学研究方面它表现为突破中世纪的以信仰为中心的宇宙观，恢复古希腊的科学精神，把经验观测、数学的计算、逻辑的推理作为评判科学理论真伪的标准。哥白尼创建“日心说”，布鲁诺为坚持日心说等真理而被异端裁判所判处死刑而献身，象征着文艺复兴时人的不屈不挠地追求真理的精神。在哲学和神学方面，它表现为以人为中心的人本主义，认为上帝把人置于宇宙的中心，人是衡量一切事物的尺度，人有自由决断的能力。任红衣主教的德意志哲学家和神学家尼古拉（库萨的）反对死气沉沉的中世纪的经院哲学，主张宗教的真理不是通过烦琐的理论所能达到的，人们只能在自己的生活经验中，在与自然界和社会交往中，领悟到“神在万物中，万物在神中”。他的哲学和神学通过复兴希腊思想中的辩证法，为德国后来的启蒙运动和思辨的唯心主义理论开辟了道路。

宗教改革运动发生于16世纪欧洲的德国、瑞士、荷兰、北欧和英国等地，它导致产生脱离天主教会的基督教新教教会。这场运动的起因是复杂的。在政治上，当时民族国家正在形成，它们力图摆脱罗马教廷的控制，争取独立自主和维护自身的民族国家的利益。在经济和社会关系方面，随着技术的发展和商贸的扩大，出现了欣欣向荣的工商城市和主张社会改革的市民阶级（中产阶级）；农民由于遭受封建领主和教会的双重剥削，正孕育起义的浪潮。在思想上，由于受文艺复兴运动的影响，基督教的人本主义从意大利传布至中欧和北欧；普通教徒得益于印刷术的发展已有可能得到《圣经》，他们不满于教会神职人员对解释《圣经》的专断，希望通过自己阅读《圣经》来领会它的意义；教会中也出现了一些富有创新意识的神职人员，敢于打破教条，建立新的教义教规。另一方面，从天主教内部讲，自从14世纪末期起，由于教宗与国王的争权，发生教宗的阿维尼翁之囚（1309—1377），随后又发生了持续40年的天主教会的大分裂，其间出现两个教宗乃至三个教宗对峙的局面，罗马教廷的威信和对各地的控制力大为降低，并且教会在当时也常流传出腐败的丑闻。

宗教改革运动的直接的导火线是教宗利奥十世以修建罗马圣彼得大教堂为名，于1517年派多明我会修士台彻尔到德国去兜售赎罪券，此事激起极大反感，据传马丁·路德于同年10月31日在维滕贝格教堂门前张贴反对兜售赎罪券的《九十五条论纲》，揭开这场宗教改革运动的序幕。路德提出“唯靠圣经、唯靠恩典、唯靠信仰”的改教口号。以上口号为以后的改教者所继承和追随。改教浪潮波及西欧全境，在教廷势力薄弱的地区引起一场又一场改教运动。瑞士的苏黎世发生了茨温利领导的改革运动，在日内瓦以加尔文为首的激进派建立市民阶级共和式的长老制教会，由此产生新教加尔文派（即归正宗或改革宗）。英国在亨利八世国王推动下自上而下进行改革，建立了独立于罗马教廷的英国国教会（圣公会）。瑞典、挪威、芬兰、丹麦等国自上而下地改革，相继以路德派教会代替天主教为国教。

中欧和北欧的宗教改革运动导致建立许多独立于罗马的本地教会。第一个本地教会的信仰纲要是于1530年在奥格斯堡召开的神圣罗马帝国会议上宣读的信纲，即《奥格斯堡信纲》。该信纲在马丁·路德指导下由梅兰希顿起草，共28条，内容包括路德派强调的“因信称义”，反对教宗的最高权威，主张废除豪华仪式，简化教士等级，准许神职人员结婚，在圣餐中信徒与教士同样领受饼和酒，取消修士、修女发愿等。虽然在这次会议上，该信纲由于受到天主教人士和查理五世皇帝的反对而没有被通过，但马丁·路德坚持它，并用德文和拉丁文同时公布，成为路德宗的信仰纲要。在经历了近30年的新教诸侯国与天主教诸侯国的冲突和战争后，路德派的这个信纲在1555年的奥格斯堡和约会议上得到德意志帝国范围内的法律上的承认，而路德宗也就成为德国的合法宗教。

基督教新教其他各派也有它们各自的信纲。其中1563年发布的《海德堡问答》在德国和荷兰的改革宗中影响最大，并随移民从荷兰横渡大西洋，成为美国长老会信徒（Presbyterian）所尊奉的信纲。尽管新教派别在许多细节问题上有分歧，如在对基督教圣餐礼仪的解释上，茨温利持“象征说”，路德持“同体说”，但他们有基本的共同点：他们都主张《圣经》为基督教真理的最高准则，每个基督徒都有阅读《圣经》的权利，都可以凭借上帝的恩宠和自己的信与圣灵交感，领悟启示的真理。他们反对修会的教牧人员高于平信徒的陈见，主张基督徒在《圣经》面前一律平等。基督教在近代随着欧洲政治势力的扩张而向外迅速传播。随着哥伦布发现美洲新大陆，西班牙、葡萄牙等南欧天主教国家把天主教传到南美洲，英国等位于欧洲北部的新教国家把新教传到北美洲。欧洲列强在瓜分非洲和亚洲殖民地的时候，也把它们各自的宗教派别带入其殖民地。基督教的这些在殖民地的传教工作，从眼光来看，该受责难的远远多于该受称颂的，他们往往用强制的方式迫使殖民地的人民信教，摧毁本地的传统文化，某些传教士甚至为屠杀部落居民制造借口，如说印第安人没有灵魂，杀没有灵魂的人不算杀人。但也有不少传教士受到穷苦人民的爱戴，他们在文化交流、医疗卫生、救济难民方面做了许多可歌可泣的工作。

进入近代以后，基督教受到现代理性主义、经验实证主义与世俗主义的接连冲击，导致基督教，尤其是新教阵营产生分化。自由主义神学主张适时回应现代社会，重解古典基督教教义，重视社会正义与社会实践。而保守派（以北美基要派为代表）则越发强调《圣经》字句无误，同时加强宣教以夺回被世俗的现代主义势力夺走的社会领地。这种基本立场的分歧造成当今新教版图两大阵营对立的局面：以世界基督教会联合会为代表的对现代与后现代社会持开放容纳态度的各新教主流教会，和以基要派、部分新福音派为代表的持保守立场的教会。

近几十年来，基督教意识到教会本地化的重要性，与当地的文化相结合，使用本民族的语言，由本地人担任本地重要的教牧工作。这与殖民地的独立相呼应，第三世界国家的教会越来越多地依靠自己的力量生存发展。在美国，黑人牧师注意到要把宣教与维护黑人的权利结合起来；遭到谋杀的牧师马丁·路德·金是著名的美国黑人民权运动领袖。与此同时，欧美国家的教会意识到“对话”和“普世教会运动”的重要性，他们寻求通过对话，消解基督教各教派间的分歧，争取教会的再合一。他们也希望通过对话，寻求与其他宗教（犹太教、伊斯兰教、佛教等）的沟通，为维护世界和平作出贡献。

罗马天主教在1962—1965年召开第二届梵蒂冈公会议，确立了“开放”、“现代化”、“对话”、“普世主义”的路线。这次历史性会议的倡导者和最初的主持者教宗约翰二十三世提出“跟上时代”的口号，迈出天主教革新的重要一步。1966年教廷宣布取消《禁书目录》。1978年波兰红衣主教卡罗尔·沃伊蒂瓦当选为教宗即约翰·保罗二世，从而结束自1522年以来教宗之位一直为意大利人担任的局面。罗马教廷于1979年宣布撤销1633年对伽利略的谴责，约翰·保罗二世于1992年正式为伽利略平反。为调整其对科学的态度，梵蒂冈于1936年成立罗马教廷科学院，1994年成立教廷社会科学研究院。

总部设在日内瓦的世界基督教会联合会，简称“世基联”，是最大的倡导普世教会运动的基督教国际组织，原以北美和欧洲的新教教会为主体，后第三世界国家的新教教会和东欧的正教教会也纷纷加入。据1992年统计，成员包括102个国家和地区的322个教会组织，罗马天主教廷虽没有正式加入该组织，但在某些方面与该组织合作，如双方在日内瓦共同设立“社会发展与和平委员会”。总而言之，虽然基督教各派间及其内部的分歧和分派仍在继续进行，但在世界范围内掀起了一场基督教普世运动，许多基督教的团体在寻求促进世界各派基督教的联合方面取得共识。

福音派教会因其基要派起源而被认为倾向保守。但在随后的发展中，福音派的信仰立场有明显的调整，趋向缓和。普世福音派的总论坛“洛桑大会”在1974年发表洛桑宣言，指出福音派的宣教工作需要对本地文化予以尊重，并且强调宣教与社会服务同为福音工作的左右手。同时福音派教会也积极同天主教和“自由派”主流教会在社会服务的领域里展开合作。这表明福音派在日后的发展中逐渐淡化教条主义的立场，趋向与其他新教教会、罗马天主教，甚至教外对话与合作。