昌吉回族自治州人民政府（The People's Government of Hui Autonomous Prefecture of Changji），是新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州的国家行政管理机关，是昌吉回族自治州人民代表大会的执行机关，对昌吉回族自治州人民代表大会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作，在昌吉回族自治州人民代表大会闭会期间，对昌吉回族自治州人民代表大会常务委员会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作，依法行使行政职权。

昌吉回族自治州人民政府办公室

昌吉回族自治州文化体育广播电视和旅游局

昌吉回族自治州国防动员办公室

昌吉回族自治州乡村振兴局

昌吉回族自治州公积金管理中心

昌吉回族自治州供销社

昌吉回族自治州政务服务和公共资源交易管理局

昌吉回族自治州金融办公室

中国人民银行昌吉回族自治州支行

国家税务局昌吉回族自治州税务局

昌吉回族自治州气象局

昌吉回族自治州无线电管理局

昌吉回族自治州消防支队

昌吉回族自治州残疾人联合会

州长：郑敏

副州长：陆晶、谭军、加林·哈萨克拜、吐尔逊江·艾拜多拉、潘全胜、李丹、吴良、朱红涛

秘书长：周晓元