未刻成书时病死，其父庄允诚心伤爱子之逝，旋即又延请许多饱学鸿儒，再加修订。参与修订有江浙名士
茅元铭、吴楚、严云起等十六人，
吴炎和
潘柽章因为对
明史很有研究，也在这十六位被邀的名士之列。
1661年，双目皆盲的浙江湖州富户庄廷龙出钱购买明末人朱国祯一部未完成的《明史》，然后延揽名士，增润删节，补写崇祯朝和南明史实，定名《明史辑略》，因此获罪，“重辟70余人，凌迟18人，已故庄廷龙，也被‘戳其尸’”。
雍正三年十二月的
汪景祺以《西征随笔》获罪，“着将汪景祺立斩枭示，其妻子发遗黑龙江给与穷披甲人为奴，其期服之亲兄弟亲侄俱革职，发遗宁古塔，其五服以内之族人现任及候选候补者，俱著查出，一一革职”。
文字狱是满清统治者树立权威、维护政权的一种手段，为了迫使全体臣民慑服，统治者“株连极广”，不仅九族须灭，所有撰稿者、作序者、校对者、抄写刻字者以及购书者，“一个也不能少”，“皆不免于难”。
浙江乌程（今吴兴）南浔镇富户
庄廷鑨，因病眼盲，想学习历史上同为盲人的
左丘明，著写一部史书。但又匮于自己所知不多，便去买得明朝天启大学士朱国祯的
明史遗稿，延揽江南一带有志于纂修明史的才子吴炎、
潘柽章等十六人加以编辑。书中仍奉尊明朝年号，不承认清朝的正统，还提到了明末建州女真的事，并增补明末崇祯一朝事，直呼努尔哈赤为“奴酋”、清兵为“建夷”，全都是清朝所忌讳的。
该书定名为《明书》，书凡一百余卷，作为自己的著作，并请
李令皙作序，题
茅元铭、吴之铭、吴之熔、李涛、茅次莱、吴楚、唐元楼、严云起、蒋麟征、韦金佑、韦一围、张篙、董二酉、吴炎、潘柽章、陆圻、查继佐、范骧等十八人于其上，“卷端罗列诸名士，盖欲借以自重。故老相传，二百余人中，多半不与编纂之役。”又说明此书是根据朱氏（即朱国祯）的原稿增删而成。
书成不久，顺治十二年（1655年）庄廷鑨病死。其父庄允诚于顺治十七年冬（1660）将书刻成，即行刊书《明史辑略》（《明书辑略》）。顺治十八年（1661）为归安知县
吴之荣告发，湖州知府陈永命接受了庄允城数千金的贿赂，拒不审理。庄允城也不向吴之荣行贿。不料吴之荣敲诈不成，再度告发，事情越闹越大，最后惊动朝廷中的辅政大臣
鳌拜等人。
当时康熙年幼尚未亲政，鳌拜责令刑部满官罗多等到湖州彻查，并严厉处置涉案的相关人士。吴之荣对南浔富人
朱佑明怀恨在心，诬告“朱氏原稿”即朱佑明本人。庄允城被逮捕上京，后来不堪虐待死于狱中，庄廷鑨被掘墓开棺焚骨。
康熙二年（1663）凡作序者、
校阅者及刻书、卖书、藏书者均被处死，刻字工汤达甫、印刷工李祥甫，书店老板王云蛟、陆德儒惨遭屠戮。庄廷鑨之弟庄廷钺也被凌迟处死，全族获罪；李令皙及其子李礽焘等4人、朱佑明及其子朱念绍、朱彦绍、朱克绍和侄子朱绎先后被斩杀，妻子徐氏吞金自尽，李令皙的幼子十六岁，法司命他减供一岁，得免死充军。少年不肯，最后一并处斩；董二酉当时已死，尸体被从棺材中挖出，肢解成36块，子董与沂，也被诛杀。湖州府学教授赵君宋本是告发者之一，亦以“私藏逆书久不上缴”罪名被处斩。苏州浒墅关主事李继白因买书被杀。学政胡尚衡、松江提督梁化凤、守道张武烈等人以重金行贿得免。范骧、查继佐、陆圻三人因
吴三桂手下红人
吴六奇之助，无罪开释。告发者吴之荣得到庄允城、朱佑明两家大量财产。
康熙二年（1663）五月二十六日庄廷鑨明史案正式结案，此案先后因此狱牵连千余人，所有被羁押的犯人在杭州虎林军营被集中宣判执行，囚犯集中在弼教坊广场上等候发落。被杀者共七十余人，其中庄廷钺、李令皙、茅元铭、蒋麟征、张寯、韦元介、潘柽章、吴炎、吴之镕、吴之铭等十四人凌迟处死；杭州将军松奎，浙江巡抚
朱昌祚以下所有官员，革职查办，撺掇松奎收贿的程维藩被诛。归安，乌程的两名学官处斩。
湖州原任知府陈永命于康熙元年（1662）罢官，至山东
台儿庄，自缢于旅馆。棺材被运回杭州，开棺磔尸。其弟江甯县知县陈永赖，也同时被斩。归安县学新任训导王兆祯、推官李焕、湖州新任知府谭希闵（到任只半月）等人处绞。妻子被发配东北沈阳附近的
宁古塔者几百人。顾炎武在山西汾阳闻知惨事，悲愤万状，作《
书潘吴二子事》及《祭吴潘二节士诗》。