初平三年（192年）， 董卓被
王允、
吕布等定计诛杀，他的旧部
李傕、
郭汜等人向王允求赦不被允许，便听从
贾诩之计反攻长安，沿途收罗散兵。抵达长安后，已有十多万的部队。李、郭二人与樊稠、
李蒙、
王方等人会合，围攻长安八日，因城墙高陡无法攻下。
六月一日，吕布军中有益州兵在叛变，叛军接应李傕、樊稠军入城。于是城破，樊稠等与吕布展开巷战，吕布败走，李傕等人在城内纵兵劫掠，百姓、官员死伤不计其数，太常
种拂、太仆
鲁旭、大鸿胪
周奂、城门校尉
崔烈、越骑校尉
王颀战死。王允带着汉献帝到宣平城门楼上，对着李傕等人问道：“臣子无作威作福，而放兵纵横，这是想干什么？”李傕回复：“董卓忠于陛下，而无故被吕布杀害。臣等为董卓报仇，不敢作逆。等事情结束后，我们自会前往廷尉处受罚。”于是大赦天下，拜李傕为扬武将军，郭汜为扬烈将军，樊稠等人皆为中郎将。李傕等人围住门楼，共表请王允出来，又问：“太师何罪？”王允无奈，只得下楼，数日后遇害。
李傕等人将董卓埋葬在郿县，并把董氏族人的骨灰聚起来放到一个棺材里。传说在下葬之日，出现狂风骤雨，冢墓被雷电劈开，水土流进墓里，棺材也被积水漂起来。李傕重新埋葬，之后又爆发风雨，水溢进棺椁里，这样的事反复出现了三四次，冢中堆积了一半的雨水。樊稠等人共同把棺材埋下，而风雨越来越猛烈，埋葬后，大风再次刮破冢墓。
兴平元年（194年），屯于郿城的
征西将军马腾因有私事求于李傕未得应允，于是率兵相攻。汉献帝派使者劝解，没有成功，随后屯于金城的镇西将军
韩遂率兵从金城来调解纠纷，结果又与马腾联合。侍中
马宇、左中郎将
刘范、中郎将
杜禀策划让马腾进袭长安，自己为内应，来诛灭李傕等。不久，马腾、韩遂率军进驻长平观，内应计划泄露，马宇、杜禀从长安出逃到槐里，刘范则逃到马腾营中。
李傕派樊稠、郭汜及自己的侄子
李利进攻马腾、韩遂，马腾军大败，死伤一万多人，刘范与故凉州刺史
种邵战死。韩遂、马腾逃回凉州，樊稠又与李利率数万兵马围攻槐里，在夜间架梯登城，攻破城池，斩杀马宇、杜禀。
樊稠进攻马腾、韩遂时，李利作战不力，樊稠斥责他说：“人家要来砍你叔父的头，你还胆敢如此松懈，难道我不能杀你吗！”马腾、韩遂退走凉州时，樊稠率军追到陈仓，韩遂对樊稠说：“天下之事反覆无常难以预料，你我同乡，今天虽有些小摩擦，恐怕还会走到一起的，想和你谈一谈。邂逅万一不如意，以后还可以相见嘛！”二人于是并马拉着手臂，说笑了很久。
在回师后，李利告诉李傕说： “樊稠、韩遂并马说笑，不知说的什么，但看着关系很亲密。”李傕因此怀疑樊稠私下与韩遂讲和而有异心。但李傕还是让朝廷加二人
开府，与
三公合为六府，都参与选拔举荐官吏。李傕等人都要任用自己推荐的人，如果一有违背，就大发脾气。有关部门无法应付，只好依照次序任用他们所推荐的人选，先从李傕推荐的开始，其次是郭汜，再次是樊稠，三公所推举的人才，根本没有被任用的机会。
当时长安城中盗贼横行，竟在白日抢劫，李傕、郭汜、樊稠于是把城中分成三份，各守其地，但还是不能控制，他们的子弟横行不法，侵害百姓。当时谷米一斛五十万钱，豆麦二十万，城中人吃人，白骨堆积，污秽满路。献帝放太仓的米豆做成粥来赈济，百姓才得以生存下来。接着李傕等人又任由军队掠夺百姓，造成更严重的饥荒，关中百万以上的人口，各自饿死逃窜，纷纷南迁至
刘表、
刘焉、
张鲁等人的领地。
同年八月，
冯翊地区的羌人进攻冯翊治下各县，郭汜、樊稠率军将其击败，斩首数万级（一作数千级）。
兴平二年（195年），樊稠准备率军东出函谷关，催促李傕增加他的部队。李傕顾忌樊稠勇猛而得人心，又因李利所言之事，于是设宴邀请樊稠过来参加会议。二月乙亥日（公历3月2日），李傕让自己的外甥骑都尉
胡封在会上趁樊稠喝醉时用杖将其击杀。
樊稠在董卓死后，与凉州系的其他将领
李傕、
郭汜、
张济等人合众十余万反扑长安，败吕布、杀王允，一度把持朝政；并打败了来攻的马腾、韩遂。
朱儁：“傕、汜小竖，樊稠庸儿，无他远略，又势力相敌，变难必作。”
在小说《
三国演义》中，樊稠是大军阀董卓手下干将之一。在
十八路诸侯讨董之际，随董卓、吕布等镇守
虎牢关，董卓迁都长安之后，又同李傕、郭汜、张济一同镇守郿坞。势力小于李傕、郭汜。董卓死后，樊稠等人逃往陕地，得不到赦免，于是采用
贾诩之谋，杀入长安，挟持献帝。又击败前来勤王的马腾、韩遂军。后在权力之争中，被李傕以“交通韩遂、欲谋造反”为名杀死。樊稠与李、郭等同属董卓余孽，但在反面人物中却处在配角地位。