1989年由胡佛等以
台湾社会科学界为主的20余名高级知识分子发起的组织。该组织主张通过和平改良的道路实现台湾政治体制的变革。透过民主制度的运作，全面改选中央
民意代表，废止
动员戡乱时期临时条款，修改宪法。
1989年4月18日成立。由
胡佛等20余人发起，以台湾社会科学界部分高级知识分子为主。主要成员有
文崇一、
萧新煌、瞿海源、张存武、李永炽、
李鸿禧、林正弘、
胡佛、
陈师孟、张晓春、
黄光国、
黄荣村、
杨国枢、
徐正光、
林俊义、
韦政通等。他们大都具有“自由主义与
改良主义”思想色彩，标榜以“超然独立的立场”进行“论政、议政而不参政”。主张通过和平改良的道路实现台湾政治体制的变革，“透过民主制度的运作”，“全面改选中央
民意代表”，废止“
动员戡乱时期临时条款”，“修改宪法”。
澄社成立之前，1960年代末期，许多标诸自由主义学者留学返回台湾，参与《思与言》、《大学杂志》等刊物编务、撰文。1970年代后，又相继于《
联合报》、《
中国时报》、《自立早报》撰文评论时政，于1980年代达于高峰，面对台湾解除戒严的政治局势，希冀藉由舆论推动
政治改革，因而逐渐聚集。于是由
胡佛、
杨国枢、
文崇一、
李鸿禧、
韦政通、
何怀硕和张忠栋等七人为创社发起人，邀集李永炽、林正弘、
徐正光、张清溪、张存武、张晓春、
张春兴、
陈师孟、
黄光国、
黄武雄、
黄荣村、
叶启政、蔡墩铭、
萧新煌、瞿海源共十六位学者参与，正式创社，推选
杨国枢为第一任社长。
成立後，由杨国枢发表创社声明〈我们为什么要组织澄社〉，声明中对当时
国民党主政下的政治、社会局势提出批判，要求废止《
动员戡乱时期临时条款》、实践《
中华民国宪法》、回归
宪政；而对特权垄断、资源独占、族群冲突问题也有所诉求。创社成员讨论声明内容时，已经隐约浮现台湾统独议题。
国民党主政期间，澄社与民进党等在野势力合作，批判国民党，共同推展不少政治改革，发起相关议题，许多成员与民进党来往密切。随著台湾政治局势变迁，部分成员投入参政，出任党政职务退出。而族群、统独议题对立升高，于澄社中亦有争论，许多成员因而离去。如建国党中部份成员即原属澄社社员。
2000年，
陈水扁当选台湾地区领导人，台湾首度政党轮替。澄社曾对民进党政府的人事，提出声明。反对
陈唐山出任
行政院国家科学委员会主任委员及赖国洲出任台视董事长。
2000年7月31日，台湾地区发生
八掌溪事件，舆论喧腾，澄社发表万言书，对执政满三个月的民进党政府提出批判。万言书由瞿海源、陈东升、许松、王业立共同执笔，征询社员意见后正式提出。对「新政府的历史定位」、「宪政体制与运作」、「政府效能」，与扫除
黑金、财经、社会福利、环境、媒体政策、灾后重建等重大政策多所诉求。2002年，面见台湾地区领导人陈水扁递交「国是诤言」，2004年发表〈检验民进党执政四年的改革成效〉万言书。