福建高等法院金门分院是中国台湾地区的二级法院之一，管辖现由台湾当局控制的福建省金门、马祖地区，属于普通法院，因台湾当局现没有设置福建高等法院主院，因此行政直属台湾“司法院”，并受“司法院”的监督；而审判事务则以台湾“最高法院”为上级审判法院。该院位于福建省金门县金城镇，通常被简称为“金门高分院”，并在马祖地区设有巡回法庭。

福建高等法院金门分院的前身为福建高等法院厦门分院，原设于福建省厦门市。福建高等法院厦门分院原名福建高等法院第一分院（简称高一分院），是从福建高等审判厅第一分厅（一度改设为省控诉法院厦门分庭）演变过来的。

民国12年（1923年）2月，福建高等审判厅在思明县设立福建高等审判厅第一分厅，不设厅长，由监督推事任主管，内部机构则只设刑庭、民庭和书记室。

福建高等审判厅第一分厅审理内乱、外患和依法由它作第一审的案件，以及不服地方审判厅或县知事兼理司法第一审裁判的上诉案件和第二审裁判的再上诉案件（再上诉案件从民国13年5月起一律收归高等审判厅受理）均实行合议制。

根据民国14年（1925年）的资料，福建高等审判厅第一分厅管辖思明、龙溪、晋江3个地方厅，鼓浪屿会审公堂，以及未设地方厅的金门、东山、南安、安溪、惠安、同安、漳浦、南靖、长泰、平和、诏安、海澄、云霄、永春、德化、大田、龙岩、漳平、宁洋19县。其余闽侯、莆田2个地方厅和未设地方厅的39县（含翌年设厅的建瓯县）皆由福建高等审判厅管辖。

民国16年（1927年）4月，武汉国民政府在福建实行司法改革，将各级审判厅、检察厅合并为法院，福建省设福建省控诉法院及其在思明县的福建控诉法院厦门分庭。同年11月，根据南京国民政府决定，福建省控诉法院及其分庭改为福建高等法院及其分院，县法院改称地方法院，实行院长制。福建省控诉法院厦门分庭改为福建高等法院第一分院。

民国27年（1938年）5月厦门沦陷，福建高等法院第一分院迁驻龙岩县。

民国34年（1945年）抗日战争胜利后，福建高等法院第一分院于10月迁回厦门，另在龙岩县设福建高等法院第一分院龙岩分庭。

民国37年（1948年）1月，按照国民政府司法行政部的训令，福建高等法院所属5个分院改以所在县市命名，福建高等法院第一分院改称为福建高等法院厦门分院。

福建高等法院及其分院审理关于内乱、外患和妨害国家外交的刑事第一审案件，以及不服地方法院（或县司法机关）民刑第一审裁判而上诉、抗告的第二审案件。在民国24年（1935年）7月前实行四级三审制时，还受理属于初级管辖的不服地方法院（或县司法机关）民刑第二审裁判而再上诉、再抗告的第三审案件。

国民党政府撤退到台湾后，福建高等法院厦门分院为受理金门县的司法业务，于1951年11月6日在台北恢复办公。而当时马祖地区的司法事务仍由军法机关审理。

1956年及1969年，福建金门地方法院及其“连江民事庭”分别于金门及马祖地区成立；由于当时该院人员仍在台北办公，金门地方法院除重大案件随时前往外，只有每年2次前往金门开庭；而马祖地区则视案件多寡为机动性前往开庭。

1990年7月1日，福建高等法院厦门分院更名为今名福建高等法院金门分院，并自1993年2月15日起迁回金门县办公至今。

福建高等法院金门分院管辖金门县及连江县（限于马祖地区）等2县，总面积约182平方公里，总人口约8万5千人。

辖区法院：

该院是台湾地区管辖面积最小、人口最少的二级普通法院。因没有福建高等法院的设置，故该院系直接受“司法院”行政监督。该院现与金门地方法院及金门地方法院检察署同址办公。并于连江县（马祖）南竿乡复兴村209号设有巡回法庭，每隔2个月，即前往开庭审案，遇有重大案件，则随时前往开庭。

金门县司法大厦位于金门岛西部的金城镇民权路