洪武年间，表彰
孝子，
明太祖曾对他说：“学者争务
科举，以
穷经为名而无
实学。子质近厚，当志圣贤之学。”程本立愈加努力学习。程本立听说
金华人朱克修得
朱熹之传于
许谦，于是前往师从于他。
洪武二十年（1387）春，升任
长史。跟随周王
入觐。因受到牵连，贬官
云南马龙他郎甸长官司吏目。程本立将家人留在开封，携带一仆人上任。土酋
思可法煽动
百夷作乱，程本立单骑入敌巢穴，谕以祸福，诸酋纷纷归附。
洪武二十一年（1388），百夷再次叛乱，西平侯
沐英率军平定。沐英和
布政使张紞知道程本立有才能，将
行县典兵事托付给他，一边安抚，一边防御。程本立仰天立誓说：“
滇南一方民命属我，我当以死保之”。于是程本立自
楚雄、
姚安抵达
大理、
永昌鹤庆、
丽江。山行野宿，往来招抚九年，少数民族安居乐业。