萨克森选侯是萨克森-维腾堡公国的君主继承者，是萨克森选侯国（1356—1806年间神圣罗马帝国中一个独立的世袭选侯国）的君主。该选侯国在拿破仑时期被萨克森王国取代（1806）。

在萨克森公国被肢解后，萨克森这个名字最早用于位于易北河畔的维腾堡周围的该公国的一小部分上。勃兰登堡藩侯阿尔伯特一世——勃兰登堡边区的创始人，阿尔伯特一世将劳恩堡领地纳入治下，阿尔伯特的儿子们将这两块领地分为萨克森-维腾堡和萨克森-劳恩堡。1356年皇帝查理四世签署《金玺诏书》这部规定选举国王方法的帝国根本大法时，萨克森-维腾堡公国成为七选侯国之一。公爵因此和其他六位选侯一起获得了选举罗马-德意志国王和未来的神圣罗马帝国皇帝的权利。因此，虽然国家很小，它还是颇有影响力。选侯的地位是与强制实行长子继承制相伴随的；也就是说只有长子才能继承爵位。这就阻止了领地在几个继承人之间分割，阻止了国家的分裂。它的重要性在大多数不是选侯国的德意志诸侯国的历史中非常明显的表现出来。 萨克森公国的阿斯堪尼亚家族在1422年绝嗣了，之后皇帝西格斯蒙德将公国和选侯地位给了韦廷家族成员，“勇敢者”弗雷德里克二世藩侯。迈森边区是由皇帝奥托一世建立的。1089年，它成为韦廷家族的领地，1247年他们还得到了图林根伯国。1422年，萨克森-维腾堡公国和迈森，图林根边区统一了，它渐渐得到了萨克森的名字。弗雷德里克在1464年去世了，他的两个儿子于1485年8月26日在莱比锡瓜分了领地，将韦廷家族分为欧内斯特支和阿尔伯特支。欧内斯特支的创始人，欧内斯特公爵在莱比锡分割会议中得到了萨克森公国和萨克森选侯地位，还有图林根伯国；而阿尔伯特支的创始人，阿尔伯特则得到了迈森边区。因此欧内斯特支最初更加强大，直到16世纪时选侯权和领地落到了阿尔伯特支手中，后者在萨克森在19世纪宣布成为王国之后成为了萨克森王室。

16世纪的宗教改革是在萨克森选侯的保护下进行的。选侯“智者”弗雷德里克三世于1502年在维腾堡建立了一所大学，在其中奥古斯丁会修士马丁·路德在1508年成为哲学教授；同时他也成为维腾堡城堡教堂的一名牧师。1517年10月31日，他在教堂大门上贴出《九十五条论纲》，反对兜售赎罪券和天主教会的其他行动，拉开了宗教改革的序幕。萨克森选侯当时并没有马上成为新观点的信奉者，但是将路德保护起来。由于他的干涉，教皇利奥十世在1518年决定反对将路德召来罗马，而萨克森选侯保护路德参加了沃姆斯的帝国会议。当路德在沃姆斯宣布被整个帝国封杀时，选侯把他带到了图林根的沃特贝格城堡。路德宗的学说最早就是在萨克森传播的。1525年，弗雷德里克去世，他的弟弟“坚定的约翰”即位萨克森选侯。“坚定的约翰”当时已经是一名狂热的路德宗教徒；引入了路德宗的教义，剥夺了所有坚持天主教信仰牧师的神职，还命令使用路德起草的新祷文。1531年，他将一批其他诸侯组织为施马尔卡尔登联盟，以维持新教教义和共同防卫皇帝查理五世，因为查理是新教的反对者。他的儿子“宽大者”约翰·弗雷德里克在1532年即位（死于1554年），他也是施马尔卡尔登联盟的领袖之一。1542年，约翰·弗雷德里克夺去了纳姆贝格-蔡茨主教区，还进攻并蹂躏了迈森和希尔德斯海姆主教区的世俗领地。天主教信仰被全方位压制，教堂和修道院也遭到洗劫。约翰·弗雷德里克于1547年4月24日在易北河边的米尔贝格战役中被查理五世击败并俘虏。在1547年5月19日的《维腾堡投降条约》中，选侯被迫将萨克森-维腾堡和选侯地位让给萨克森的阿尔伯特支的莫里斯公爵。在投降之后，欧内斯特家族仅存的领地就是图林根，在经过多次分割后，很快就成为了一批小公国。它们中在一战后的德意志革命后仍然存在的是萨克森-魏玛-爱森纳赫大公国和萨克森-科堡-哥达公国，萨克森-迈克根公国和萨克森-阿尔滕堡公国。

公爵阿尔伯特1500年死后，阿尔伯特家族的萨克森公国由他的儿子乔治（死于1539年）继承萨克森选侯。乔治是路德宗教义的坚定反对者，多次试图影响他的表亲萨克森-维腾堡选侯们信仰，但是乔治的弟弟和继承人，亨利四世（死于1541）年在妻子的影响下也倒向了新教，于是萨克森-迈森公国也不在教会控制之下了。亨利的儿子和继承者莫里斯是改革时期最著名的人物之一。尽管是一名狂热的新教徒，扩张领土的野心和欲望还是使和皇帝一起对抗施马尔卡尔登同盟成员国。《维腾堡投降条约》将萨克森-维腾堡选侯国交给了他，于是萨克森选侯国现在包括萨克森-维腾堡和萨克森-迈森，都在韦廷家族的阿尔伯特支统治之下。部分由于没能得到欧内斯特支参与的土地的怨恨，部分由于成为帝国新教领袖的欲望，莫里斯背弃了皇帝。他与法国达成协议（1551），将洛林的梅斯，图尔和凡尔登三主教国给法国，秘密联合发动对抗皇帝的密谋计划——皇帝逃跑才免被俘虏。同年，皇帝在《帕骚条约》中被迫给新教国家宗教自由权。莫里斯1553年去世，时年32岁。他的弟弟和继承人奥古斯特夺去了梅泽堡，纳姆贝格和迈森主教区。最后一位梅泽堡主教，“西多尼乌斯”迈克尔 ·海尔丁于1561年死于维也纳。皇帝要求选举新主教，但是奥古斯特通过强力选举他八岁的儿子亚历山大管理主教国。亚历山大1565年去世后，他就亲自管理主教国。最后一位天主教主教，纳姆贝格主教普弗拉格主教死时（1564）也故事重演，选侯没收了纳姆贝格主教区，禁止天主教信仰。那些坚持天主教的大教堂教士只被允许坚持信仰10年。

1581年，最后一任迈森主教，豪格维茨的约翰辞职，1587年改信新教。教会领地也落到了萨克森手中，大主教分部也不复存在。在奥古斯特（死于1586年）和克里斯丁（死于1591年）萨克森选侯选侯在位期间，一种更自由的新教形式，秘密加尔文教席卷了公国。在克里斯丁二世（死于1611年）在位期间，曾经传播这种教义的首相克雷尔被撤职并斩首（1601），公国重新施行一种严格的路德宗信仰，还附加宗教宣誓。三十年战争在约翰·乔治选侯统治期间（1611-1656）爆发。在这场战争中，选侯最初保持中立，在很长一段时间里没有听从瑞典国王，古斯塔夫·阿道夫的建议。直到帝国将军蒂利进军萨克森之后，萨克森选侯选侯才加入瑞典。但是在诺德林根战役（1634）后，选侯与皇帝达成了《布拉格和约》（1635）。在条约中，萨克森得到了原为波西米亚领地的上卢萨蒂亚和下卢萨蒂亚边区，另外已经世俗化的教会领地地位不会改变。但是瑞典人的报复是蹂躏了这里整整十年。1648年的《威斯特伐利亚条约》使萨克森彻底丧失了沿着易北河扩张领土的可能性，普鲁士的优势也得到了加强。1653年，新教联盟的指令传到了萨克森，因为选侯成为了新教帝国领地联盟的领袖。在接下来的几任选侯期间，宗教问题并不突出；严格的路德宗信仰仍然是主导信仰，任何其他信仰都被禁止。17世纪中期，第一批天主教徒——意大利商人——重新出现在萨克森，他们在首都德累斯顿和最重要的商业城市莱比锡定居；但是他们仍然不许举行天主教仪式。

1697年6月1日状况发生了变化，萨克森选侯选侯弗雷德里克·奥古斯塔一世（1694-1733）改宗罗马天主教，不久之后就被选举为波兰国王。天主教教区的成立和私人的天主教信仰至少在德累斯顿得到了允许。选侯改宗罗马天主教后，路德宗教徒开始害怕天主教信仰会在萨克森重建地位，而选侯也将掌管路德宗教会和学校事务的权力给了政府部门枢密院，而在此之前他们都是自治的；枢密院不许新教徒参加。即使是在改宗后，选侯仍然是新教联盟的领袖，他1806年之前的天主教继任者也是一样，同年新教联盟和神圣罗马帝国一起被解散了。他的儿子，选侯弗雷德里克·奥古斯塔二世（1733-1763）在1712年11月28日在意大利的博洛尼亚皈依天主教。改宗后，考虑到国内对路德宗教徒的刺激，这件事被保密了5年，之后萨克森的统治者再次皈依天主教。在此之前，阿尔伯特家族的个别成员也有重归教会的，但是他们都像萨克森-魏森费尔斯家族最后一位统治者（死于1746年）一样，没能留下子嗣。1657年，另一支萨克森-纳姆贝格-蔡茨家族建立了，它在1759年绝嗣了。这一支中皈依天主教的有红衣主教和格兰（即匈牙利的艾斯特根）大主教克里斯丁·奥古斯特（死于1725年）和波西米亚的莱特莫雷茨主教莫里斯·阿道夫（死于1759年）。

萨克森最狂热的天主教鼓吹者是皇帝约瑟夫一世的女儿，奥地利女大公玛利亚·约瑟法，她在1719年嫁给弗雷德里克·奥古斯塔——后来成为第二个此名的选侯。德累斯顿宫廷教堂建于1739至1751年，由意大利建筑师切瓦里建造，是罗马巴洛克风格建筑；它现在仍然是萨克森最吸引人，最优美的教堂，也是德国最美的教堂之一。尽管统治者改宗，萨克森仍然是一个完全的新教国家，少数的天主教仍然没有政治或民事权利。

1756年七年战争期间，萨克森被普鲁士军队入侵并征服，他们夺去了德累斯顿，迫使萨克森军队投降并在皮尔纳围城战中加入普鲁士军队。许多人后来逃跑了，一支萨克森军队也一直在为独立而战。1763年的《胡伯斯贝格条约》签署后，萨克森终于复国。

1806年，拿破仑对普鲁士发动战争，萨克森最初与普鲁士结盟，但后来转投拿破仑，加入莱茵同盟。萨克森选侯奥古斯塔·弗雷德里克三世（1763-1827）成为新的萨克森王国国王，称弗雷德里克·奥古斯塔一世。