重庆市巴南区人民政府是重庆市巴南区的国家行政管理机关，是重庆市巴南区人民代表大会的执行机关，是重庆市巴南区的一级国家行政机关；对巴南区人民代表大会和重庆市人民政府负责；在巴南区人民代表大会闭幕期间，对巴南区人民代表大会常务委员会负责并报告工作。

1、执行重庆市巴南区人民代表大会及其常务委员会的决议，以及上级行政机关的决定和命令，规定行政措施，发布决定和命令；

2、领导所属各工作部门和下级人民政府的工作；

3、改变或者撤销所属各工作部门的不适当的命令、指示和下级人民政府的不适当的决定、命令；

4、依照法律的规定任免、培训、考核和奖惩国家行政机关工作人员；

5、执行国民经济和社会发展计划、预算，管理巴南区行政区域内的经济、教育、科学、文化、卫生、体育事业、环境和资源保护、城乡建设事业和财政、民政、公安、民族事务、司法行政、监察、计划生育等行政工作；

6、保护社会主义的全民所有的财产和劳动群众集体所有的财产，保护公民私人所有的合法财产，维护社会秩序，保障公民的人身权利、民主权利和其他权利；

7、保护各种经济组织的合法权益；

8、保障少数民族的权利和尊重少数民族的风俗习惯，帮助行政区域内各少数民族聚居的地方依照宪法和法律实行区域自治，帮助各少数民族发展政治、经济和文化的建设事业；

9、保障宪法和法律赋予妇女的男女平等、同工同酬和婚姻自由等各项权利；

10、办理上级政府交办的其他事项。

2009年3月，经区人民政府研究决定，并报重庆市人民政府批准，对乡镇建制进行了调整。全区辖界石镇、木洞镇、双河口镇、麻柳嘴镇、丰盛镇、二圣镇、东温泉镇、姜家镇、天星寺镇、接龙镇、石滩镇、石龙镇、跳石镇、安澜镇共14个镇和龙洲湾、鱼洞、花溪、李家沱、南泉、一品、南彭、惠民8个街道办事处。

2009年9月，巴南区人民政府所在地由鱼洞新市街80号迁至龙洲湾龙海大道6号。

巴南区仍然辖8个街道办事处，14个镇；198个村委会，2074个村民小组；由于居委会调整，居委会由2012年的81个增设为91个，居民小组仍为913个。

中华人民共和国成立初期，属川东区巴县专区，后属璧山专区，1951年1月改属重庆市，1953年2月划属四川省江津专区，1958年11月重新隶属于重庆市。

1994年12月，撤县设区，为重庆市辖近郊城市区。

钟涛：重庆市巴南区委副书记，区政府党组书记、区长

周密：重庆市巴南区委常委，区政府常务副区长、党组副书记

朱激扬：重庆市巴南区委常委，区政府党组成员

杨亚平：重庆市巴南区政府副区长、党组成员

代建红：重庆市巴南区政府副区长、党组成员

刘伦波：重庆市巴南区政府副区长、党组成员，区公安分局党委书记、局长，督察长（兼）

刘功峰：重庆市巴南区政府副区长、党组成员

李萍：重庆市巴南区政府副区长

王波：重庆市巴南区政府副区长

王锐：重庆市巴南区政府副区长（挂职）

杨昆：重庆市巴南区政府副区长（挂职）

左鹏：重庆市巴南区政府党组成员，区政府办公室党组书记、主任

·重庆市巴南区人民政府办公室

·重庆市巴南区发展和改革委员会

·重庆市巴南区教育委员会

·重庆市巴南区科学技术委员会

·重庆市巴南区经济和信息化委员会

·重庆市巴南区监察局

·重庆市巴南区民政局

·重庆市巴南区司法局

·重庆市巴南区财政局

·重庆市巴南区人力资源和社会保障局

·重庆市巴南区环保局

·重庆市巴南区建乡建设委员会

·重庆市巴南区交通委员会

·重庆市巴南区市政园林管理局

·重庆市巴南区房屋管理局

·重庆市巴南区水利局

·重庆市巴南区农业委员会

·重庆市巴南区商务局

·重庆市巴南区文化广电新闻出版局

·重庆市巴南区卫生和计划生育委员会

·重庆市巴南区审计局

·重庆市巴南区移民局

·重庆市巴南区安全生产监督管理局

·重庆市巴南区统计局

·重庆市巴南区林业局

·重庆市巴南区旅游局

·重庆市巴南区民族宗教侨务办公室

·重庆市巴南区投资促进办公室

·重庆市巴南区委区政府信访办公室

·重庆市巴南区民防办公室

·重庆市巴南区体育局

·重庆市巴南区莲花街道办事处

·重庆市巴南区龙洲湾街道办事处

·重庆市巴南区李家沱街道办事处

·重庆市巴南区鱼洞街道办事处

·重庆市巴南区南泉街道办事处

·重庆市巴南区南彭街道办事处

·重庆市巴南区惠民街道办事处

·重庆市巴南区一品街道办事处

·重庆市巴南区经济园区开发建设管理委员会

·重庆市巴南区国土分局

·重庆市巴南区规划分局

·重庆市巴南区工商分局

·重庆市巴南区国税局

·重庆市巴南区地税局

·重庆市巴南区质监局

·重庆市巴南区食药监分局

·重庆市巴南区邮政局

·重庆市巴南区烟草局

·重庆市巴南区气象局

·重庆市巴南区公安分局

·重庆市巴南区消防支队

·重庆市巴南区银监办

2021年9月，重庆市巴南区人民政府第七次全国人口普查领导小组办公室被评为“第七次全国人口普查先进集体”。