来源于自然界大量的食用菌，从中经分离并筛选出有用菌种，再加以改良，贮存待用于生产。 原意是指孢子（相当于植物的种子），但在实际生产中，常将经过人工培养的纯菌丝体连同培养基质一同叫做菌种。

是指食用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料。菌种分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）三级。

2006年3月中华人民共和国农业部发布的《食用菌菌种管理办法》规定：“农业部主管全国菌种工作。县级以上地方人民政府农业（食用菌，下同）行政主管部门负责本行政区域内的菌种管理工作。”“县级以上地方人民政府农业行政主管部门应当加强食用菌种质资源保护和良种选育、生产、更新、推广工作，鼓励选育、生产、经营相结合。”

工业发酵的有用菌种，其筛选步骤包括菌种分离、初筛和复筛，挑选具有某种能力的有用菌种。

组织分离法 组织分离法是通过切取菌索、子实体、菌核的新鲜幼嫩的组织进行分离，以获取纯菌丝的方法，是最常用的菌种分离法之一 。子实体、菌索等实际就是双核菌丝的纽结物，具有很强的再生能力。因分离时所 选择的材料不同 ，该方法又可分为菌索组织分离法、子实体组织分离法及菌核组织分离法。在实践中，子实体组 织分离法是最有效、最常用的方法。但对于胶质菌，由于其子实体中所含的菌丝量比较低 ，如黑木耳、银耳等，利用组织分离培养难度较大。组织分离属于无性繁殖的范畴，能保持原菌株的特性，遗传稳定变异小，不仅适于孢子不易收集或萌发的食用菌，也适于稳定优良品种的遗传性。

孢子分离法 孢子分离法，是采取子囊果或子实体中成熟的子囊孢子或有性孢子萌发成纯菌丝，再进一步培养成菌种的方法。由此法可以获得强活性、短菌龄的菌丝，该方法的另外一个优点是分离得到的有性孢子兼有双亲的遗传特性，可用于杂交育种和选育新种中。只是孢子间不仅存在个体差异，还存在较普遍的自然分化现象，出现的变异较大，必须经过出菇试验后才能用于生产中团。对于产孢子的真菌，一般其分离法多采用孢子分离法。

种菇选择与处理 在选择种菇时，选取个体典型、大小适中均匀、健壮无杂且成熟度8成的子实体。将选好的种菇的杂物去除，并切除菇柄。用75%酒精抹擦菇体，或用0。1%升汞浸泡1min(银耳、木耳类胶质菌的子实体只能用无菌水多次冲洗)。然后用无菌水冲洗种菇表面的残留药液。用无菌纱布拭干表面水分，并放入灭菌的器皿内备用。

孢子采集 根据采集孢子的方法不同，又可分为以下几种。在用弹射法时，先安装已灭菌的孢子采集器，将经过处理的种菇菌褶朝下固定于三角架(采集器上)之上，扣上罩子，接着用0。1%升汞溶液润湿纱布并铺在培养皿的四周，既能防杂菌污染，又能增加罩内的湿度。最后再将整个采集器用灭菌的纱布覆盖，在适温漫射光条件下培养12～20h，待孢子散出，选择在无菌的条件下将落有孢子的培养皿进行培养。钩悬法是银耳、木耳等无菌柄类食用菌生产上常用的孢子采集法。取一金属针两头做成钩状，经火焰灼烧后一端固定于锥形瓶上，另一端钩住食用菌的子实体，塞上棉塞，于无菌环境中室温搁置约2d，见瓶底有落下的孢子，即除去悬钩和子实体备用。孢子收集的方法有很多，除了上述方法外，还有贴附法、印模法等。

孢子分离 孢子分离有2种，分别为多孢分离和单孢分离，都是先收集孢子再经过分离选择，最终制成可供生产使用的菌种。其中多孢分离在生产使用较为普遍，如银耳、香菇、黑木耳等异宗结合的食用菌。它们的孢子有性别之分，单个孢子生产的菌丝无法结菇，因此需要把多个孢子接种在同一培养基上，发菌丝后自然交配，经挑选得到纯种，该操作简单易行。而蘑菇、草菇等孢子无性别区分，结实能力较强，单个孢子萌发即获得纯菌种。但生产上使用的食用菌同宗结合的种类相对较少，因此单孢分离多用于育种，生产上很少采用。

基内菌丝分离法 从食用菌生长基质中分离选择获得纯菌种的方法叫基内菌丝分离法。如可利用菇木、耳木、菌棒及土壤等作为分离材料进行分离。此法操作较复杂，但适宜不易采得子实体、错过子实体发生时期的菌类或胶质菌的菌种分离。使用此法时要特别注意，干燥耳木或菇木中的菌丝多处在休眠期。接种后有时需恢复25～30d才能断定菌丝是否能恢复活性。

根据不同的筛选目的，采用不同的筛选模型。如常规筛选抗生素产生菌的方法是将土壤中分离所得的纯种，在含有琼脂培养基的平皿上培养后，用打孔器将菌块移至含有试验菌的琼脂培养基上，在适宜的温度下培养一定时间后取出，如在菌块的周围有透明的抑菌圈，则表明此菌种具有产生抑制试验菌生长的抗菌物质的能力。所得菌种经过摇瓶液体发酵，测定发酵液或菌丝体内抗生素的含量，选出生产能力高的菌种。另一方面对所提取的抗生素进行结构分析、药理试验及临床试验等，确为有效者，即可作为生产菌种。又如筛选脂肪酶生产菌种的方法是将分离所得的霉菌涂布于含有牛脂的琼脂培养基上，恒温培养一定时间，如菌落周围出现透明圈的，则该菌具有分解脂肪的能力，进一步作摇瓶发酵测定酶活力，挑选产量高者作生产菌种的出发菌株。

即采用遗传育种的方法，使野生型菌株(从自然界分离筛选而得的出发菌株)的遗传因子 DNA发生突变、重组，从而从中选出产量高、成品质量好或具有新的培养特性如耐产物抑制、能利用廉价原料以及具有生产新品种能力的优良菌种。采用的方法有诱变育种、杂交育种、细胞融合技术和重组DNA技术。诱变育种是利用诱变因子如紫外线、钴－60、乙烯亚胺类等物理或化学诱变剂处理生产菌株的单孢子悬浮液，以获得诱发突变株。随后进行突变株的筛选，从中筛选高产菌株。由于随机的突变群体中，有益突变所占比例很低，要获得高产突变株必须进行大量筛选。近年来，随着发酵代谢控制研究的发展，可根据生物合成途径中的反应点，并通过它们的改变以提高产率或其他特性，如选育抗产物反馈抑制的突变株、增加细胞透性的突变株及营养缺陷型的突变株等。这种“理性筛选法”广泛应用于氨基酸产生菌的选育。

也称种子制备，是指菌种在一定条件下，经过扩大培养成为具有一定数量和质量的纯生产菌种的制备过程。以作接入发酵罐中进一步扩大菌体量及合成产物之用。种子制备包括孢子制备和菌丝体制备（见图），其中(1)～(4)为孢子制备过程。保存在沙土管或冷冻管中的生产菌种，无菌操作挑取少许，接入琼脂斜面培养基上，在25℃（或较高温度）下培养5～7天(或较长时间)。所得孢子还需进一步用较大表面积的固体培养基以获得更多孢子，对于霉菌类孢子制备，多数采用大米、小米之类的天然培养基。将培养成熟的斜面孢子制成悬浮液，接种到扁瓶固体培养基上，于25～28℃培养14天。将成熟的扁瓶孢子于真空中抽干，使水分降至10%以下，并放入 4℃冰箱中备用。一次制得的孢子瓶可在生产上延续使用半年左右。放线菌孢子的培养基大多是采用麸皮或豌豆浸出液、牛肉膏及无机盐与琼脂制成的。将斜面孢子接入扩大的扁瓶孢子培养基中，于28～37℃培养5～14天。所获得的大量孢子可直接作为种子罐 (6)的种子。如果有些生产菌种不产孢子，如赤霉素产生菌或产孢子不多的，则可采用摇瓶（5）液体培养制得菌丝体，作种子罐的种子。种子罐的目的是使接入有限的孢子或菌丝体迅速发芽、生长、繁殖成大量菌体。其中的培养基组分应是易于被菌体利用的碳源（如葡萄糖）和氮源（如玉米浆等），及无机盐(如磷酸盐)等。作为发酵罐(7)的种子应是生命力旺盛、染色深、菌丝粗壮，无杂菌及异常菌体。接种量一般在10%～20%。

使优良菌种的性状保持稳定，人为地创造条件，使菌种的新陈代谢活动处于不活泼状态，即选取优良菌种的休眠体（孢子或芽孢）或富有生命力的悬浮液在低温或脱水状态下保存。

①简单保存法，将琼脂斜面孢子培养物、菌丝悬浮液以及由麸皮、大米、小米等谷物原料制成的孢子培养物置于4℃冰箱保存，保存时间不超过1～2个月，若将谷物原料制备的孢子瓶抽真空并在棉塞上浸蜡，以隔绝外界空气和水汽，保持时间可达3～4个月；②液氮超低温保存法，将生长稳定期的细胞悬浮在10%甘油或其他低冰点液体中，密封于安瓿管内，然后控制冷却速度，使安瓿管温度逐步下降至 -35℃时，即可置于-150～-196℃的液氮罐中保存。大多数微生物如病毒、噬菌体、多种细菌、放线菌、酵母和原虫、特别是一些用冷冻干燥法有困难的微生物，都可用此法长期保存。

①沙土保存法，能产孢子的细菌、放线菌及霉菌可采用此法保存，即将沙和土以3:2比例混合，经稀酸处理洗净过筛，装入小试管内，装置高度为1cm;灭菌2～3次，烘干后即可将在斜面培养基上生长良好的孢子，用无菌蒸馏水2～2。5ml制成孢子悬液，吸取少许加入沙土管中，经真空抽干，外观呈松散状态，于4℃冰箱保存，保存期可达5～7年。 　② 冷冻干燥法，将孢子悬浮液与保护剂（一般用脱脂牛奶或血清）相混合，放在安瓿管内于-20～-30℃的乙醇浴中速冻。然后，在低温下用真空泵抽干，并用五氧化二磷或干冰使水汽结冻，熔封安瓿管，于低温下保存。保存期可达5～10年之久。 　③ 石蜡油封存法，在斜面菌种培养物上，倒上灭菌后的石蜡油，高出斜面1cm，于4℃冰箱或低温干燥处保存，此法不适用于能利用石蜡油作碳源的微生物，保存期为一年以上。

一，菌种的概念 原意是指孢子(相当于植物的种子) ，但在实际生产中，常将经过人工培养的纯菌丝体连同培养基质一同叫做菌种。

二，菌种的类型 在生产中根据菌种的来源，繁殖代数及生产目的，把菌种分为母种，原种和栽培种。分别叫一级种，二级种，三级种。

母种:将纯菌丝体或孢子在试管培养基中繁殖而成。可以繁殖原种，也适宜菌种保藏。

原种:母种菌丝在固体培养基上繁殖而成。这一过程增强菌丝对培养环境的适应性，又起到扩繁的作用。原种可以直接出菇。

栽培种:由原种扩繁而成。主要是为了扩繁，为生产提供足够的菌种。

中国栽培食用菌历史悠久。1949年以前，主要是传统段木栽培方法栽培香菇和黑木耳二种。建国以后，双孢蘑菇栽培量逐年增加。二十世纪70年代主要栽培种类增加到10个（平菇、草菇、滑菇、金针菇、银耳、毛木耳、猴头），80年代又增加到14个（增加了灰树花、金耳、茯苓、天麻蜜环菌），90年代增加到44个，规模栽培的食用菌有双孢蘑菇、巴西蘑菇、大肥菇、美味蘑菇、香菇、糙皮侧耳、佛州侧耳、肺形侧耳、白黄侧耳、榆黄蘑、鲍鱼菇、盖囊菇、杏鲍菇、白阿魏菇、红平菇、元蘑、黑木耳、毛木耳、金针菇、滑菇、黄伞、草菇、猴头、柱状田头菇、鸡腿菇、灰树花、长根菇、大球盖菇、银耳、金耳、蛹虫草、灵芝、中华灵芝、薄盖灵芝、松杉灵芝、茯苓、猪苓、蜜环菌(伴生天麻)、斑玉蕈、长裙竹荪、短裙竹荪、洛巴口蘑、牛舌菌、褐灰口蘑，其中大规模商业栽培的有31种。

从商业规模栽培的种类及其品种看，近年商业规模栽培的种类有双孢蘑菇、巴西蘑菇、大肥菇、美味蘑菇、香菇、糙皮侧耳、佛州侧耳、肺形侧耳、白黄侧耳、榆黄蘑、杏鲍菇、白阿魏菇、黑木耳、毛木耳、金针菇、滑菇、草菇、猴头、茶树菇、鸡腿菇、灰树花、银耳、灵芝、中华灵芝、薄盖灵芝、松杉灵芝、茯苓、天麻蜜环菌、斑玉蕈、长裙竹荪、短裙竹荪等。这些栽培种内都有丰富的品种多样性，供栽培者根据市场需要选择使用。这些多样化的栽培种和品种保证了中国在农业生产方式下食用菌的周年栽培和持续发展。

双孢蘑菇有鲜销品种和罐藏品种两大类。 香菇可以按照适宜的基质有段木品种和代料品种；按照出菇的迟早有早生品种和迟生品种；按照产品适宜的商品型式有鲜销品种和干制品种；按照出菇温度有低温(5～15℃)品种、中温品种(10～15℃)、高温(15～25℃)品种和广温(10～28℃)品种；按照子实体大小有大叶品种、中叶品种和小叶品种。

平菇按照出菇温度有高温品种、中温品种和低温品种；按照子实体色泽有灰色品种和白色品种；按照孢子释放情况有少孢品种、孢子晚释品种、无孢品种。

黑木耳按照子实体着生方式的不同有单片品种和菊花品种；按照色泽有黑色品种和褐色品种。

毛木耳按照子实体色泽的不同有黄背木耳、白背木耳和紫木耳三大类品种。

金针菇按照子实体色泽有黄色品种、淡色品种和白色品种三大类。

滑菇按照子实体发生迟早有极早生品种、早生品种、中生品种和晚生品种。

草菇按照子实体大小有大粒、中粒和小粒三类品种。

杏鲍菇和白阿魏菇按照出菇温度有高温品种和低温品种；

杏鲍菇按照子实体形态有柱状品种和保龄球状品种；

白阿魏菇按照子实体形态有掌状品种和马蹄状品种。