黄龙旗，即“黄底蓝龙戏红珠”旗，清末使用（1888~1912）。最初黄龙旗呈三角形，并非正式国旗，主要是官船和海军用以区分外国舰船，民船不得悬挂，也有个别涉外官衙开始悬挂三角黄龙旗。1888年清朝第一面国旗诞生，即长方形的“黄底蓝龙戏红珠”旗。1912年1月10日，黄龙旗由五色旗取代。

1840年鸦片战争后，随着西方列强的侵入，原来闭关自守的清王朝同各西方列强的交往日益增多。

1856年10月，一艘名为亚罗号（Arrow）的商船被广东水师以参与海盗活动为由扣押。事发后，英国驻广州领事巴夏礼想借此机会挑起事端，便以该船曾在香港注册（确在香港注册，但扣押时已经过期）且悬挂英国国旗为由，向清方抗议，要求两广总督叶名琛释放船员、查办水师千总梁国定，并以“水师扯下英国国旗、侮辱国旗”为由要求清政府赔礼道歉。

1856年10月23日，英舰突然闯入虎门海口，进攻珠江沿岸炮台，第二次鸦片战争就这样爆发了。

1862年，清朝又吃了一次没有国旗的亏。清军在湖北长江水域发生了一起清英水兵斗殴事件。在交涉过程中，占尽便宜的英国人硬说船只没有挂国旗，不知道那是清朝兵船，拒不负责。事件报到恭亲王奕䜣处，这位清朝的顶梁柱痛定思痛，开始考虑制定一面旗帜。

奕䜣将这一建议通过书信告知时任两江总督的曾国藩，并询问增挂龙旗是否可行。曾国藩接信后，非常高兴，因为奕䜣说出了他心中所想。做事沉稳谨慎的曾国藩把湖北、江西等涉及水军的巡抚找来会商，然后形成统一意见报给奕䜣。考虑到黄色是皇家专用颜色，龙又是皇权的象征，办事谨慎稳健的曾国藩害怕因此触犯皇权，所以他建议把龙旗设计为三角形。

1862年10月17日，清廷批准了总理衙门的奏议，并委托总理衙门发表照会：“希即行知贵国各路水师及各船只。嗣后遇有前项黄龙旗帜，即系清朝官船，应照外国之例，不准擅动。倘有移动，即照犯禁办理。”之后，清王朝所有水师船舰均悬挂三角形黄色龙旗，并以黄龙旗作为清王朝官船旗号。

1868年四月，清政府派了一个代表团出访西方各国。领团的是美国驻华公使蒲安臣。在访问过程中，每个国家都有国旗独大清没有，升旗时官员们都觉得很尴尬。于是，美国人就替清朝代表团制作了一批三角龙旗，权当用在宴请会议的国旗。

1872年，总理衙门扩大了三角黄龙旗的使用范围，制定了具体的样式规范。1872年12月3日的《申报》上曾刊登对三角形黄龙旗的说明：北京总理衙门照会各西国官员，谓清国新定旗式，形如三角，色用黄，中画龙，用蓝色。所有福州、上海炮局所制船舶及各关口巡河船，均建此旗以标认识。随后在一些外交场合和博览会中政府使团和外国机构有时也会用三角形黄龙旗作为代国旗。然而这面三角形黄龙旗仅被称呼为“清国旗式”，在使用时“系为雇船捕盗而用，并未奏明定为万年国旗”。真正国旗的诞生，则是到了1888年。

1888年，李鸿章在同西方列强谈判、签约、通商、互派外交人员等外交活动中，看到西方诸国庄严悬挂国旗，而清国却陷入无旗可挂的尴尬，深感有失“天朝威仪”。于是上奏慈禧太后，提出在外交场合中需要有代表大清国的旗帜，请求颁制国旗。于是奏请慈禧太后，请求颁发一面能够代表大清朝的旗帜。

慈禧命李鸿章负责设计图案。经过多方征集筛选，李鸿章上呈了八卦旗、黄龙旗、麒麟旗、虎豹旗等多种方案，供慈禧太后选定，最后决定采纳郭嵩焘的意见，使用黄龙旗为大清国国旗，并设计为四角龙旗。

1912年1月10日，清王朝被推翻，黄龙旗也“寿终正寝”，结束了它的使命，取而代之的是“五族共和旗”。

1917年7月1日，发生“张勋复辟”事件。张勋、康有为等迎清朝末代皇帝溥仪出御太和殿，改民国六年为宣统九年。张勋受命为议政大臣、直隶总督兼北洋大臣，黄龙旗又在北京城出现。此次复辟仅历时十二天即告结束。1917年7月12日，段祺瑞率军入京，张勋遁入荷兰使馆，溥仪再次退位。黄龙旗又被废除。

第二次鸦片战争初期，一些美国商人向驻华公使列卫廉（Willian Bradford Reed）提出由于清朝没有国旗，而不悬挂国旗的船只会被视为海盗船，因此部分清朝商船向外国机构注册悬挂外国旗，有时引起其他国家商人的误解。列卫廉亦在发生“亚罗号事件”后提出13条解决方法，指出清朝应“仿各国成例，制定一种国徽，俾便商民尊用。”

另外由於军舰必须悬有政府的旗号以供辨识。清政府于1862年（同治元年）以「三角黄龙旗」做为官船的旗号（注：有说黄龙旗的设计概念来自于清朝八旗中正黄旗的旗帜）。

1872年12月3日《申报》曾刊登对三角形黄龙旗的说明：北京总理衙门照会各西国官员，谓清朝新定旗式，形如三角，色用黄，中画龙，用蓝色。所有福州、上海炮局所制船舶及各关口巡河船，均建此旗以标认识。其船长一百六十尺之下者，该旗长用六尺四寸；其船长一百六十尺之上者，该旗用九尺六寸。

这面三角形黄龙旗被称呼为“清国旗式”，在使用时“系为雇船捕盗而用，并未奏明定为万年国旗”。

到了1881年（光绪七年）9月，在英国订购的“扬威”、“超勇”两艘巡洋舰回国后，当时用三角黄龙旗作为船旗。《北洋水师章程》中亦有记载：

按西洋各国，有国旗、兵船旗、商船旗之别。而国旗又有兵、商之别。大致旗式以方长为贵，斜长次之。同治五年，总理各国事务衙门初定清国旗式，斜幅黄色，中画飞龙，系为雇船捕盗而用，并未奏明定为万年国旗。今清国兵商各船日益加增，时与各国交接，自应重定旗式，以祟体制。应将兵船国旗改为长方式，照旧黄色，中画青色飞龙。各口陆营国旗同式。

1889年天津军械局完成了设计样稿和营造法则：尺寸分为大小四号：头号横长一丈五尺六寸，直宽一丈六寸五分；二号横长一丈三尺九寸，直宽九尺五寸；三号横长一丈一尺五寸，直宽七尺六寸；四号横长九尺六寸，直宽六尺三寸。旗为羽纱质地，正黄色。因画龙不能经久，改用蓝羽纱镶嵌青色五爪飞龙，龙头向上。

此方案被清廷批准并“照会东西洋各国一体知照”。

鸦片战争前清朝水师系统采用五方旗（五色横条）作为高级官员旗，提督、总兵使用帅字旗。北洋水师建设过程中方建立了现代的海军军旗系统。

1862年，清政府委托李泰国赴英国采购军舰，他基于其设计的绿底海关旗设计了海军旗系统，但并未被清政府承认。

1874年北洋水师成立时，基于五方旗设计了海军衔别旗。

北洋海军成立初期仍沿用1888年《北洋海军章程》中规定的两面衔别旗。然而1890年3月6日发生了刘步蟾与琅威理因提督旗产生的纠纷。英国皇家海军通过英国使馆为北洋海军设计了新的衔别旗系统草案，取代之前过于简单的衔别旗。

然而清政府并未直接采用这套方案，而是修订了先前衔别旗的色彩，将锚型替换为团龙图案。1890年颁定新海军衔别旗。

1894年甲午战争后，北洋海军全军覆没。1909年清政府设立海军部，并颁布新衔别旗，左上角为黄龙旗。

东清铁路旗

黄龙旗是清朝皇帝的象征，以黄龙旗做为国旗有“朕即国家”的意思。据说黄龙旗的设计概念来自于清朝八旗中正黄旗的旗帜。

事实上，古代军队用的旗帜，又称旌旗。传说黄帝练兵摆阵法，设五旗五麾。《周礼》：“交龙为旗”。黄色、龙在中国文化中有特殊的含义，其含义并非来自满清。华夏始祖黄帝居住在中央，“黄”本义为“光”，黄帝就是太阳光明的化身。在建筑上，周代的房屋柱子为黄色；到了唐代，黄色成为帝王专用色；在宋代，皇宫开始使用黄色琉璃瓦。

在华夏文化中，黄、青、白、赤、黑五种颜色，赤色代表吉祥、喜庆，而黄色最尊，以黄色为正色。如“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”等，反映人民企盼黄天。龙是中国文化的一个象征物，中国人自称龙的传人，对自己的先祖，无论是伏羲、女娲，还是炎帝、黄帝，都神化为龙的形象。民间有舞龙、剃龙头、戴龙尾等习俗，又有诸如“望子成龙”、“有志成龙，无志成虫”之说。