嘉庆元年（1796）
进士，授
江西星子
知县，历任
南昌知县。南昌县境内
彭蠡湖（今
鄱阳湖）富仓、安乐等圩连年决口，四乡农田常常颗粒无收。黎世序到任后微服简从，实地勘查，了解水情，制订开河、筑圩、泄洪、浚淤方案，带头捐款筑堤。
嘉庆十三年（1808），擢江苏
镇江知府。镇江
丹阳练湖（旧名曲阿后湖）年久失修，积淤成田，汛期即成水患。黎世序依据图籍和民众意见，制订浚淤方案，动工建造3座大闸。工程竣工后，练湖通航，水患减少，淹没区农田开始受益。
嘉庆十六年（1811），迁淮海道。与
河督陈凤翔争堵倪家滩决口，从此闻名。为疏通海口，黎世序力排众议，改开挖新河与修筑长堤为“
束水攻沙”，使海口淤积疏浚，河复返故道入海。
两江总督百龄和
嘉庆帝对此大加赞赏。
嘉庆十七年（1812），调淮阳道。不久陈凤翔罢职，诏加黎世序三品顶戴，署
江南河道总督。其在家乡的儿子和一些亲朋故旧闻讯后欲前往
南河总督府谋求官职，黎世序手谕家乡的儿子：“今黄河水患频仍，运河急待疏浚，功以才成，业因才就，尔其能否？”为剔除衙门旧习，黎世序查办了一批玩忽职守的河务官吏，提拔了一些治河有方的官员。三年后称职，始实授。疏言：“自上年大濬，千里长河，王营减坝及李家楼漫口堵合，
云梯关外水深二三丈至四五丈，为近年所未有。而
清江浦至云梯关一带，较之河底深通时尚高八九尺。此非人力所能猝办，计惟竭力收蓄湖水，以期畅出。敌黄蓄清之法，在堰、盱二堤，有旨缓办；今年礼坝跌损，宣泄路少，二堤尤应急筑，以资捍卫。”允之。
嘉庆十八年（1813），以仁、义、礼三坝基坏，请于蒋家坝附近山冈移建三坝，挑
引河三道，诏令详议，并饬填实旧坝。寻如议行。因全漕渡黄较早，议叙。疏请加高
徐州护城石工，添筑越堤，于
清江浦汰黄堤外加重堤，又于
骆马湖尾闾五坝迤下添碎石滚坝，并允之。先是
百龄拟于清江浦石马头筑圈堤，其湾处对王营，上起御黄坝，下属贴心坝，河宽千余丈，至此陡束为二百丈，论者以为不便，得不行；黎世序卒成之。是年秋，睢南薛家楼、桃北丁家庄漫水坏堤，黎世序跃入河者再。会上游河南
睢州决口
夺溜，河水陡落，睢、桃两工得补筑无事，诏以黎世序不能先事预防，降一级留任。睢州决口久未合，黄水全入洪湖。黎世序力筹宣泄，濬顺清河于清口淤窄处，自束清坝起至御黄坝止，挑引河三，束清、钳口各坝一律辟展，智、仁两坝及
蒋坝以南，新挑仁、义两坝引河，并为分减之路。至嘉庆十九年（1814）
霜降，安澜，诏嘉黎世序修防得宜，加二品顶戴。
嘉庆二十年（1815），疏言：“徐州十八里屯旧有东西两闸，金门宽三丈五尺，不足减水。其西南虎山腰两山对峙，凹处宽二十馀丈，山根石脚相连，可作天然滚坝。北面临河，即十八里屯，山冈淤於土中，剥平山顶，改作临河滚坝。以虎山腰为重门擎托，可期稳固。”允之。夏，洪湖盛涨，拆展束清，御黄两坝，启山盱引河滚坝，清水畅出，会黄东注，刷河益深，特诏嘉奖，赐
花翎。黎世序治河，力举束水对坝，课种柳株，验土埽，稽垛牛，减漕规例价。行之既久，滩柳茂密，土料如林，工修河畅。南河岁修三百万两为率，每年必节省二三十万。碎石坦坡，自
靳辅始用之于高堰，后
兰第锡、
吴璥、
徐端偶一用之；黎世序始用之于通工，谤言四起，黎世序力持，卒获其效。
嘉庆二十二年（1817），因御黄坝刷深不能施工，束清坝掣溜太急，亦难稳立，请于旧二坝水浅处添筑重坝，又於束清坝外添建一坝，以为重门钳束，於是比岁安澜，奏减料价一成。
道光四年（1824），卒于任上，终年52岁。优诏褒恤，加
尚书衔，赠
太子太保，谥襄勤，入祀
贤良祠。江南请祀名宦建专祠，道光帝追念前劳，御制诗一章，命勒石于墓。
《
清史稿》：仁宗锐意治河，用人其慎。然承积弊之后，求治愈殷，窟穴於弊者转益诪张以为尝试。海口改道之说起，纷纭数载而后定。
康基田、
徐端等皆谙习河事，程功亦仅。至黎世序宣勤久任，南河乃安；而减黄病湖，遂遗隐患。得失之故，具於斯焉。
黎世序勤学博采，运用“分-水”理论在徐州城西北十八里屯、苗家山、虎山等地依山建造3座大坝，改“
束水攻沙”为“重门钳束”（用全河之水并力攻沙），改厢埽（用土填压秸、苇的护堤办法）为碎石护坡。此举工期缩短，成效较大，节省白银二三十万两。
清河县境运河，东濒黄河，汛期仅靠一线单堤防护，两岸数十万人民每逢汛期纷纷逃离。为治理运河水患，黎世序在黄河与单堤之间筑越堤，以两道护水堤埂共御黄水。
黎世序生前著有《东南河渠提要》一百二十卷、《
续行水金鉴》一百五十六卷、《河上易注》十卷及《湛溪文集》多卷。
黎世序病逝后葬于故里罗山县
定远乡刘店村。道光帝为让后人缅怀这位治水功臣的业绩，在墓北500米处，赐建御碑亭。御碑亭面阔三间，进深六架，长8.8米，宽6.8米，面积50多平方米。亭外灰瓦覆顶，翘角飞檐，亭内雕梁画栋，12根合抱木柱下垫有石鼓，椽檐均用油漆彩饰，间以浮雕透雕，交相辉映，古朴典雅，典型的清代建筑风格。亭内矗立着三块三米高的青石御碑。正碑为
神道碑，左碑为御笔祭诗，右碑为御赐祭文，简述了黎世序的生平事迹。从北京至御碑亭，每五十里修有一清官碑，遇碑文官下轿，武官下马。五十年代末，
毛泽东主席到南方视察专列路过
信阳，车上接见信阳地委负责人时，谈话中还提及到这位治水功臣黎世序。黎世序墓（含御碑及碑亭）是河南省文物保护单位。