河南丹江湿地国家级自然保护区位于河南省南阳市淅川县境内，总面积64027公顷，其中陆地面积31458公顷，水域32969公顷，是中国南水北调中线工程的水源地，以保护水生和陆栖野生生物及其生境共同形成的次生内陆河口湿地生态系统为保护对象。

1997年，建立丹江县级自然保护区成立。

2001年8月，经河南省批准建立河南淅川丹江口水库湿地省级自然保护区。

2007年4月，经国务院批建为河南丹江湿地国家级自然保护区。

2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，河南淅川丹江湿地候鸟重要栖息地入选。

河南丹江湿地国家级自然保护区位于河南省西南部淅川县境内，地处河南、陕西、湖北三省交界处，北邻西峡县，东接内乡县和邓州市，南靠湖北省丹江口市和老河口市，西与陕西省商南县和湖北郧县相邻。地理坐标为东径111°12′34″～111°39′49″，北纬32°45′25″～33°05′27″。

保护区属北亚热带大陆性季风气候。年均风速1.8米/秒。年平均气温15.8℃，极端最高温度42.6℃，极端最低温度-13.2℃。一月份平均气温2.4℃，七月份平均气温28.4℃。大于0.℃的年积温5600℃以上；大于5℃的积温5500℃以上；大于10℃的年积温平均为5123.2℃，无霜期为228天，初霜期约在11月上旬，终霜期约为3月下旬。年平均降水量为804.3毫米，且多集中在7-9月份，蒸发量为1743.8毫米。

保护区地处秦岭山脉东南余脉的延伸地段，地势自西北向东南倾斜，依次呈现山地、丘陵、河川平原3种地貌类型。境内有海拔900米左右的猴山、香炉山、封子山、肖山、角子山，淅川县西和西南部有秦岭、大巴山，与湖北交界的泰山系走马岭呈东西两峰，分别海拔1033米和1086米，为淅川县最高峰。库南山区的朱连山、三尖山、马头山，海拔在450-500米之间，库东属南阳盆地西南边缘，形成西北突起向东展开的马蹄形地形。

保护区自代兴沟—玉皇顶—和尚头山一线为界，分为南北两部，北部多为古老变质岩，主要是片麻岩；南部多为深积岩，以石灰岩为主，土壤多为黄褐土亚类的石碴土。丹江、灌河中下游为沉积岩变质岩。土壤分为淋溶土、初育土、半水成土3个土纲，湿暖淋溶土、石质初育土、淡半水成土3个亚纲，黄棕壤、黄褐土、紫色土、潮土4个土类，典型黄棕壤、典型黄褐土、中性紫色土、石灰性紫色土、典型潮土、灰潮土6个亚类。

保护区内有丹江口水库、丹江干流及滔河、淇河、鹳河、刁河等支流。丹江口水库入库水源主要为丹江及其支流，出水汇入汉水，为南水北调工程中线水源地。

保护区总面积64027公顷。其中核心区面积21358公顷，缓冲区面积17609公顷，实验区面积25060公顷。范围涉及淅川县的大石桥乡、滔河乡、金河镇、盛湾镇、老城镇、仓房镇和马蹬镇7个乡镇。

保护区东界以马蹬镇四棱寨（531米高程点）向南经老母崖、太白寨东至马蹬镇与香花镇分界，沿水面分界线至仓房镇东沟村梁脊；南界以仓房镇东沟村梁脊经石膏山285米高程点、毕家营197米高程点、范家营245米高程点到王庄323米高程点止；

西界以豫鄂省界，向北经太白岩1010.6米高程点至女花寨1086米高程点止，经杨家脑789米、896米、881米高程点到阴坡，沿河流经杨岗362米高程点、盛湾镇政府东289米高程点到宋湾210米高程点，再向西北经滔河乡牛头寨363米高程点、豫鄂省界、凤凰头303米高程点至大石桥乡磨峪湾南部321.6米山顶止；

北界以大石桥乡磨峪湾南部321.6米山顶向东经凤凰寨713米高程点、雷峰垭621米高程点、马沟286米高程点到秧田300.7米高程点，沿大石桥乡—老城镇公路向西南经老城镇政府南210米高程点、天井漫482.5米高程点到金河镇杜湾西北梁脊至杜湾对面梁脊，向南到马蹬镇四棱寨（531米高程点）止。

丹江湿地国家级自然保护区属于湿地及水域生态类型保护区，主要保护对象为：典型完整的次生内陆河口湿地生态系统；南水北调中线工程的水源地及其水源涵养林；以黑鹳、白鹤等为代表的珍稀水禽及其栖息地；珍稀动植物资源以及丰富的生物多样性。

截至2004年，保护区内木本植物有63科461种，灌木有酸枣、冬青、胡枝子等156种，藤本植物有野蔷薇、青藤、葛条等26种，草本植物有白草、茅草、莎草等410种。

其中，列入国家二级重点保护野生植物有连香树、香果树、杜仲、银杏等7种。

截至2004年，保护区内兽类有豹、獐、狍、狼、豺等20种，鸟禽类有秃鹫、猫头鹰、红腹雉鸡、鱼鹰、鹌鹑等23种，两栖类有沼蛙、大鲵、中华蟾蜍、水獭、鳖、龟6种，爬行类有菜花蛇、黄杆蛇、腹蛇等8种，水生类有鲢鱼、鲤鱼、鲫鱼等13种，昆虫类有瓢虫、蚯蚓、蜘蛛、蝶类等500多种。

其中，列入国家一级保护鸟类的有白鹳、黑鹳、大鸨；例列入国家二级保护鸟类的有鸳鸯、大天鹅、小天鹅、灰鹤，及列入中日鸟类保护协定的有绿头鸭、绿翅鸭、花脸鸭、赤膀鸭等。

河南丹江湿地国家级自然保护区的管理单位为河南丹江湿地国家级自然保护区管理处，为副处级事业单位。内设办公室、资源保护科、社区事务科、科教科，下辖丹江桥、老城、马蹬、城郊、盛湾、仓房6个管理站和9个保护点。

核心区进行绝对保护，实验区进行适量的生物利用活动；确定专门的机构和人员，拟定了保护区的规章、技术标准和管理细则；制定出保护区野生动植物保护名录，掌握生物资源的消长规律；制定封山禁猎制度、珍贵树种保护制度、陆生野生动物保护制度、森林消防制度；区内建护林防火瞭望塔、保护管理站及办公用房等基础设施，配备有科研设备、防火设备等设施。

河南丹江湿地国家级自然保护区实施速生林及防护林建设工程，开展经济林种植、芦苇和苇竹加工业、养殖业、农家乐等项目，减轻社区对保护区资源的依赖和破坏。截至2010年，保护区共有旅游资源8大主类，23个亚类，49个基本类型。其中地文景观29处，水域风光20处，生物景观33处等。

河南丹江湿地国家级自然保护区属于典型的次生内陆河口湿地生态系统，珍稀野生动植物种类繁多，是开展湿地生态系统监测和以育演化研究的野外天然实验室。保护区作为南水北调中线工程源头区，保护区对保证京津地区人民饮用水质量、水资源战略安全和华北地区的社会经济可持续发展都具有重大战略意义，对保护特有物种资源、维持生态系统良性循环，极具现实意义。