咸丰六年(1856),跟随刘腾鸿救援
江西,战于
瑞州,刘腾鸿中炮战死,刘连捷率所部收复瑞州。为曾国藩所看重,推荐他改任文职,以
知县留任江西补用。跟随
曾国荃攻克
吉安,擢
同知,赴
安徽助剿,
咸丰十一年(1861),再次破援军于集贤关,攻克安庆,擢
道员,赐号果勇
巴图鲁。
同治元年(1862),刘连捷攻打
巢县东关,
太平军立石墙于罗星山,刘连捷率
死士趁夜渡河,纵火烧贼营,攻克
西梁山、
濡须口,渡江收复
太平府、金柱关、
芜湖,乘胜进军
江宁。刘连捷驻守军营,
李秀成、
李世贤率军来攻,以炸炮轰毁营壁,刘连捷筑造横墙据守,常乘敌人松懈,夜出攻破贼堡。等到敌军撤退,以
按察使记名,加
布政使衔。大营恃
无为州通
饷道,刘连捷率三千人驻守于城外石涧阜。
同治二年(1863),李秀成保卫刘连捷,军粮垂尽,
彭玉麟规劝突围,刘连捷誓死守城。
彭毓橘来援,合力击退敌军,收复
巢县、
含山、
和州,赐
黄马褂。和水师进攻九洑洲、
下关。
同治三年(1864),龙膊子山地道成,刘连捷和诸军冲入城中。江宁平定,以布政使记名,加头品顶戴,予
骑都尉世职。
湘军裁撤后,曾国藩留刘连捷率三千人驻守舒城、
桐城防守
捻军。
霆军叛卒扰乱江西,刘连捷督军追剿,驻防
吉安、
赣州,会剿太平军余党于
广东嘉应州,尽歼之。刘连捷以伤病归,居家十年。