顺治十八年(1661),授
广东总督。康熙元年(1662),以
肇庆总兵缺裁,请将所属诸营,归附近各
副将辖,允之。时广东多土寇依险窃发。康熙二年(1663)七月,卢崇峻遣兵赴
东莞、
新安殱贼九百余。八月,命同
都统宜里布查勘边海。九月,复捕斩
香山贼首赵劈石、
兴宁贼首李宗韬,而广西贼首陆明初、谭国经、谭化春、韦太宁等流入广东廉州犹寇掠为害。康熙三年(1664)八月,卢崇峻檄
游击安邦等击斩之。会海贼苏利既降处碣石卫畏迁,复叛。九月,卢崇峻与平南王
尚可喜合兵捣剿,擒苏利诛之。十二月,
丁父忧,命在任
守制。康熙四年(1665)三月,剿海贼杨二等余孽追至
安南外境,殱一千三百余,毁船四十六。又剿平新会、新宁、增城土贼。四月,追斩
蜑寇李荣于海口,降其众四千余。命回京
终制。
康熙六年(1667)八月,丁祖母忧,仍在任守制。十一月,以捐银助修
通州城垣,加
兵部尚书衔。十二月,奏准回京终制。以违例取
勘合、擅支夫马,经
兵部劾奏,敕部议处。
康熙八年(1669)八月,命
吏部覆核各
督抚功过,部议以卢崇峻功少过多,应降二级调用,得旨削尚书衔,留三等男世职,随旗行走。