盟旗制度是清朝为分化蒙古族，控制其上层贵族而实行的政治制度。天命九年（1624）后金统治者对归附的蒙古部众，按八旗组织原则在其原有社会制度基础上编制旗分，后复以此办法陆续安置归附的蒙古诸部。至乾隆三十六年（1771年），土尔扈特部蒙古返归中国后，全蒙古部众悉数被纳入盟旗体制。

清代盟旗制度的渊源，是蒙古族原有的鄂托克、艾马克社会组织，“楚固拉干”的集会，以及努尔哈赤时期创建的满洲八旗制度。

明清之际，我国蒙古族正经历着封建领主制发展阶段。蒙古族居住地区形成的各部，实际上就是大小不一、规模不等的各个封建领主集团。每个封建领主都拥有一定的领地和“阿寅勒”（牧户）。

大领地叫做“兀鲁思”，由大的部落集团构成，并以该集团中强大部落名称为该兀鲁思名称。兀鲁思可以分成若干互相联合的、大的阿寅勒群，这些阿寅勒群在一块共同的土地上游牧，由这块土地的世袭领主做首领，该首领隶属于兀鲁思领主，人们称这种阿寅勒联合体为“鄂托克”。

所以，鄂托克是一块小领地上的地缘结合体，是明清之际我国蒙古族社会中的基层组织，所有蒙古人都必须加入。在鄂托克中，一家一户的阿寅勒是基本的经济单位，他们要提供赋税和兵役。鄂托克又是一个军事组织单位，由鄂托克成员中的壮丁组成的武装集团叫“和硕”。每一个鄂托克根据人口多少，提供人数不等的和硕队伍。

兀鲁思除了分成若干鄂托克外，还可以分成若干“艾马克”。爱马克是游牧于同一地区的同族“阿寅勒”（牧民）集团，是部落的分支，是近亲家族的结合。爱马克也必须要有共同的牧地，否则某一集团就不能称为爱马克。爱马克和鄂托克的主要区别是：爱马克不仅以地缘关系为基础，而且必须属于同一的亲族集团。

鄂托克则只以地缘关系为基础，阿寅勒之间不一定存在着亲族关系。爱马克本身的大小，彼此之间可以相差十分悬殊。有时，一个爱马克就是一个鄂托克，甚至是一个兀鲁思；有时，几个爱马克才构成一个鄂托克。由于鄂托克经常以处于支配地位的爱马克命名，所以，在实际中，爱马克和鄂托克两词常常互相代用。

明清之际我国蒙古族社会中，在大小封建主之间，还存在一种集会叫“楚固拉干”。这种集会不是一种常设机构，集会地点、参加人员也都不固定，而是由参加集会的封建领主根据彼此间的关系事先商定。集会规模的大小也不尽相同，有时在一个兀鲁思内部进行，有时在几个兀鲁思之间召开。

楚固拉干盟会解决的主要问题，或是调解彼此间的关系，或是商讨重要的行政、立法事项，或是建立军事和贸易方面的盟约。蒙古族社会中鄂托克、爱马克和楚固拉干的存在，为清朝在蒙古地区建立盟旗制度奠定了基础。

1636年，后金改元为清，是蒙古各部从后金的盟友变为清朝的属臣的开始。林丹汗的覆灭，表明蒙古社会政治核心的崩溃，清朝的迫切任务是迅速填补这个空白，代之以自己的制度和秩序，把蒙古的力量重新组织起来。清朝在蒙古的制度建设方面必须要考虑三个因素：

其一是必须建立社会秩序，建立行政区划和各级行政管理组织；

其二是制度的建设必须与蒙古社会传统保持一定的延续性，以避免不必要的麻烦；

其三是蒙古地方组织只能属于中央，而不能产生与中央相抗衡的新的政治核心的基础，因而在制度设计上要采取必要的分割和羁縻措施。于是就有了盟旗制度在蒙古的实施。

旗分两类：

①清中央委派大臣、都统、将军直接节制的总管旗，统称内属蒙古，共61旗。

②清中央理藩院监督的札萨克旗，统称外藩蒙古，共201旗。札萨克旗又有内、外之分。

盟旗制度使蒙古族人民不能越旗游牧、耕种及往来、在明代封建主长期内讧之后，对稳定蒙古社会秩序起过一定作用外，基本上妨碍了蒙古族的进步和发展。1949年后，盟旗制度已彻底废除，仅保留盟旗称谓。盟相当于专区，旗相当于县，内蒙古自治区采用盟旗称谓的有3盟、49旗以及3个自治旗。

盟的划分大约依据旧王公贵族的势力范围来划分。共划分为阿拉善盟、巴彦淖尔盟、呼伦贝尔盟、乌兰察布盟、锡林郭勒盟、兴安盟、伊克昭盟、昭乌达盟、哲里木盟共九盟。

各盟设盟长一名，雍正六年开始设立副盟长一名，盟长与副盟长的人员从各旗的任职的札萨克和闲散的王公、贝勒中选拔，由理藩院呈递皇帝报批，任命盟长后要颁发给印信，任期为终身制，但不得世袭，另外，还设有帮办盟务的一到二个人，协同盟长和副盟长管理盟务。

旗的划分大致以过去的封建领地鄂托克(otok，地域集团)、艾马克(aimak，血缘集团)等为基础，尽可能予以分割，划一部为多旗，只有少数部得就原部编为一旗。由于统治上的考虑和历史、地理的原因，旗分两类：

清中央委派大臣、都统、将军直接节制的总管旗，统称“内属蒙古”，察哈尔、归化城土默特、新巴尔虎、陈巴尔虎以及分散于热河、新疆境内的蒙古诸旗属之，共六十一旗。

清中央理藩院监督的札萨克(jasak)旗，统称“外藩蒙古”。漠南蒙古(又称内蒙古)六盟二十四部五十一旗、漠北蒙古(又称外蒙古或喀尔喀蒙古)四盟四部八十六旗、漠西蒙古(含西套蒙古)八盟四部六十四旗属之，共十八盟、三十二部、二百零一旗。札萨克旗又有“内札萨克”、“外札萨克”之分，漠南蒙古诸札萨克旗属“内札萨克”，漠北、漠西蒙古诸札萨克旗属“外札萨克”。其区分同样出于统治上的考虑，两者的职权、体制也因之略有差异。

札萨克的职责是按照清廷所赋予的权限，负责处理旗内行政、司法、赋税、徭役、军事、贸易以及官吏的任免等事务。札萨克下面还设一些官职，辅佐札萨克处理事务。

除札萨克外，还有总管旗和喇嘛旗，总管旗是清廷的直辖领地，不设札萨克，不实行会盟，由清廷委派总管进行管理，总管旗设总管、副总管、参领、副参领、佐领、骁骑校、护军校、亲军校等官。总管旗的土地除指定游牧外，还用于驻军、屯田、成年男子要承担劳役、兵役、充当牧丁。

喇嘛旗是建立在大寺庙领地上的特殊旗，蒙古地区的喇嘛旗有：哲布尊丹巴呼图克图旗、额尔德尼班第达呼图克图旗、扎牙班第达呼图克图旗。苏青珠呼图克图诺们罕旗、那鲁班禅呼图克图旗、青海察汉诺们罕旗、锡图库伦札萨克旗。喇嘛旗的政治地位与札萨克旗相同，它们互相之间不能干预对方的旗务。喇嘛旗属下的徒众和平民对本旗的上层喇嘛有劳役和赋税的义务，但免除了对外所负的兵役、徭役和赋税。

协理台吉，协助札萨克处理旗务，札萨克因故缺席时，协理台吉可以代行其职，协理台吉由札萨克从旗内王公台吉中选拔，经盟长呈报理藩院，由皇帝任命，实行终身制但不得世袭。每旗协理二人或四人不等。

管理章京：协助协理台吉管理旗务，其职权仅次于协理台吉，它无权代理札萨克，管理章京从旗内闲散台吉中选拔，经盟长斟酌任命，无需经皇上批准，管理章京只设一人。

梅伦章京（副章京）：管理本旗的行政和军事事务，受协理台吉和管理章京的监督，副章京的任命，由札萨克王公决定，不需经过盟长批准，一般不是十个佐领（苏木）的旗，只设章京一人，十个佐领以上的旗设二、三人。

参领：是旗属下军事单位的军事长官，协同军事梅伦分管本旗军事事务。它由札萨克王公、台吉从闲散台吉中选拔任命，每五佐领或六佐领设一参领（扎兰）。

佐领（苏木章京）：管理本苏木的司法、赋税征收、服役、编制兵员等事务，从闲散台吉中选拔任命。佐以下分户，每十户设“什长”一人。

内属蒙古不设盟，各旗直接隶属于将军、都统或驻札大臣。各旗长官为总管，综理一旗事务，由地方官员奏请朝廷补放。有些部落，如阿尔泰乌梁海，部分旗的总管由副都统、散秩大臣兼任。旗长为副都统者，称“副都统旗”；为散秩大臣者，称“散秩大臣旗”；为总管者，称“总管旗”。内属蒙古的佐领及以下官吏与外藩蒙古相同。

八旗察哈尔统属于察哈尔都统。

归化城土默特二旗统属于绥远城将军。

唐努乌梁海五旗隶属于乌里雅苏台将军。

科布多内属各部

科布多各部统属于科布多参赞大臣。

札哈沁总管旗

外蒙古土谢图汗部、车臣汗部隶属于库伦办事大臣；赛音诺颜部、札萨克图汗部隶属于乌里雅苏台将军。

科布多所属札萨克旗

科布多各部统属于科布多参赞大臣。

西套蒙古二旗不设盟。

青海蒙古各部

青海蒙古原不设盟长，由西宁办事大臣主持会盟。道光三年（1823年）分为左、右翼二盟。

新疆蒙古各部

新疆蒙古各部统于伊犁将军。

黑龙江蒙古各部

黑龙江蒙古各部统属于黑龙江将军。

盟旗制度的建立，在一定程度上限制了各族封建主之间为争夺属民和牧场而引起的争端，有利于牧业的民展和社会的安定，同时由盟长监督和控制各旗，也达到削弱蒙古内部各封建主势力的目的，有利于清廷的统治。

清代前期，盟旗制度下的盟主要是指会盟制度。按清政府规定，每隔三年，每个盟都要在指定地点“简稽军实，巡阅边防，清理刑名，编审丁册”。每盟设盟长1人，办理会盟事务。盟长在本盟内旗扎萨克中选任，报理藩院请旨简放，由理藩院颁给印信。到清代后期，盟才发展为蒙古族地区一级行政机构，盟长有了办事衙署，增设了副盟长，以及帮办盟务等人员。盟长的职权和作用大大提高了。

盟旗制度下的旗，是清代蒙古族地区的治事机构、军事组织。每旗设扎萨克1人，由理藩院颁给印信，作为旗的首脑总理旗务。扎萨克的职责，一般包括旗内的行政、军事、司法、课税、差派、属官任用和牧场更换。扎萨克的属官有：协理旗务台吉2—4员，管旗章京、副章京2—3员，也均需要经过清政府批准。旗内150丁编1佐，1丁1户，即150户，设佐领，管理佐内事务。每佐还设骁骑校、领催等员，负责审查本佐内的户籍、钱粮、婚丧、诉讼、田土等事。

旗作为蒙古族地区的政权机构，主要职能是：统计户口，编选壮丁；分配游牧场地，防止牧区被过度垦种；防止人口流动，稳定社会秩序；办理蒙古族牧民的婚姻；荒欠年份进行社会救济；审理刑事诉讼案件等。旗作为蒙古族地区的军事组织，主要任务是察阅兵丁和巡阅边防。

清政府在蒙古族居住地区推行盟旗制度，目的是要加强对蒙古族各部的统治，但是在客观上，有利于蒙古族社会秩序的稳定，有利于清朝统一多民族国家的巩固和发展，对于抵御外来入侵势力，也有着积极影响。