中国人民解放军福建省军区成立于1957年5月，现隶属于
中央军委国防动员部，
正军级单位，管辖范围为
福建省。
1935年4月，省委、省苏、军区机关率红19团、20团，在
长汀四都突围中，大部分壮烈牺牲，机关被打散。同年4月，中华苏维埃共和国
闽西南军政委员会成立，遂代行红军福建军区职能。
1949年1月，中国人民解放军总司令部命令，将两纵队纳入解放军序列，成立中国人民解放军闽浙赣人民游击纵队、闽粤赣边纵队。8月24日，成立中国人民解放军福建军区，机关由第10兵团兵团部兼。
1957年3月15日，
中国人民解放军总参谋部批准将
福州军区公安军领导机关改编为福建省军区，归福州军区建制领导。5月1日，福建省军区正式成立（新组建的福建省军区当时仍称福建军区，至1960年10月1日起改称福建省军区并启用新
印信）。
司令员刘永生，
政治委员卢胜，副司令员
刘振球、
毛会义，副政治委员
王直，
参谋长陈挺，
政治部主任翁默清。省军区机关驻福州市
仓前山。省军区成立时辖5个军分区，其中的
南平、
福安军分区后随地方行政区划之变动，分别改称
建阳、
宁德军分区。1959年12月恢复
闽侯军分区，以后又改称为
莆田军分区。1960年后陆续组建了福州、厦门、
三明军分区；后又将莆田、
厦门军分区改为师级市
人民武装部。至1985年8月，省军区辖福州、建阳、宁德、晋江、龙溪、三明、龙岩等7个
军分区和厦门、莆田2个市人民武装部。省军区领导辖区内守备、边防、内卫部队，并通过军分区和各县(市)兵役局领导
民兵、
兵役工作。1959年3月，福建省
兵役局撤销，在省军区
司令部内增设
动员处。1960年1月1日起，各县(市)兵役局改为人民武装部。省军区组建后，逐步建立健全海上、海岸、陆地、
隐蔽斗争“四道防线”，涌现出“风吹岭战斗二等功臣
连”、“守岛爱民模范连”等英雄群体，坚守
台山岛、救死扶伤的“爱岛标兵”
周振良等先进典型。
1985年8月31日起，福建省军区划归
南京军区建制。
晋江、
龙溪军分区依次改称为泉州、
漳州军分区；
莆田市人民武装部改编为
莆田军分区。同时，根据
国务院、中央军委的决定，于1986年6月30日起，将全省
县、
县级市和
市辖区的人民武装部划归地方建制，实行地方和部队
双重领导。1989年2月1日起，建阳军分区迁南平市，更名为
南平军分区。在此期间，省军区正确处置
突发事件与维护社会稳定，巩固和加强
军警民联防，
海防建设走在全国前列。
新的历史时期，福建省军区始终把
战备训练摆在部队建设的中心位置，狠抓部队战斗力建设。2000年以来，省军区不断强化以武反“独”、以武止“独”战略意识，加强部队针对性、适应性、实战化和体系训练，参加和保障了一系列演习和一系列重大军事活动，提高了部队
作战能力。
转隶中央军委国防动员部以来，福建省军区针对新情况新问题，紧紧抓住建好“一线指挥部、一线战斗堡垒、一线带兵人”这个基石，聚焦破解新体制下领导管理矛盾问题，研究对策办法，探索走开了一条具有国防动员特色的抓建路子。