刘仁愿出身雕阴刘氏,父亲是刘大俱,做过绥州总管,镇守
河套地区。据《元和姓纂》记载,雕阴刘氏为
西晋时
匈奴右贤王刘豹之后,世代在绥州为豪族。他的高祖父出仕
北魏朝廷,并随
北魏孝武帝西迁关中地区,历经
西魏、
北周、隋、唐诸朝代,镇守北部边防,并建立功勋,成为一方豪杰。
唐太宗贞观年间,刘仁愿凭借门荫,成为弘文馆学生,随后被选入右亲卫,曾经随唐太宗出巡外地,徒手与猛兽搏斗,受到唐太宗的赏识,获得“仗内供奉”的特权。后参与贞观十九年(645年)的征伐
高句丽战争,因战功受到唐太宗的嘉奖,破格升为
上柱国,另封
黎阳县开国公,擢为右武卫凤鸣府左
果毅都尉,押领飞骑于北门长上。贞观二十一年(647年),任行军副总管,随英国公
李勣经略漠北
薛延陀,并迎接
车鼻可汗,安抚九姓
铁勒,升为郎将。翌年受命经略辽东,并授右武卫神通府左
果毅都尉。
唐高宗永徽五年(654年),刘仁愿任葱山道行军子总管,随卢国公
程知节出讨
西突厥沙钵罗可汗
阿史那贺鲁,唐军无功而还。此次出讨,
苏定方为前军总管,可能因为此次共同出征,加深了苏、刘二人之私人关系;同时,由于刘仁愿的才干,为此后苏定方选拔刘仁愿随军出讨
百济提供了可能。显庆元年(656年),刘仁愿被授予左骁卫郎将。在此期间,他还作为唐廷全权代表,数次前往漠北抚慰
回纥、
铁勒诸部,又奔赴
吐谷浑、
吐蕃宣敕,均圆满完成使命。
显庆五年(660年),刘仁愿被任命为
嵎夷道行军副总管,随邢国公
苏定方东征
百济,大获全胜,俘虏了百济王
扶余义慈和太子
扶余隆等以下官员七百余人。刘仁愿获任为都护,领兵1万,与新罗王子金仁泰所领的7000新罗兵共同留守百济都城
泗沘城。唐朝在百济故地设立
熊津都督府,以左卫中郎将
王文度为熊津都督,但暴死于任上。此时百济旧将僧道琛、
鬼室福信等人立故王子
扶余丰为王,兴起
百济复国运动,起兵反抗唐军,刘仁愿坐困府城,局势岌岌可危。高宗任命前青州刺史
刘仁轨检校带方州刺史,代替王文度统军,与新罗兵一起援救刘仁愿,并击退围攻府城的百济复国军,与城中的刘仁愿会合。百济复国军遣使往
高句丽及
倭国请求援兵,唐朝也再次派出右威卫将军孙仁师率兵渡海援助,于是孙仁师、刘仁愿及新罗王
金法敏率陆军以进,刘仁轨另率杜爽、
扶余隆率水军及粮船,自熊津江前往白江,会合陆军同时攻打周留城。刘仁轨遇倭兵于白江口,爆发
白江口之战,唐军四战皆捷,烧毁敌军船只四百余艘,百济王扶余丰脱身逃走,其宝剑被缴获。王子扶余忠胜、扶余忠志等率众及倭军及
耽罗国使向唐军投降。这是龙朔三年(663年)秋天的事。
百济残余势力覆灭后,刘仁愿与孙仁师班师还朝,刘仁轨率领一部分唐兵留下镇守。麟德元年(664年),刘仁愿以卑列道总管的身份率新军渡海,与旧镇兵交接镇守事务。刘仁愿到达百济后,检校熊津都督
刘仁轨极力劝说刘仁愿,要求自己继续留守百济。刘仁愿不愿违抗皇帝命令,坚决要求换防,刘仁轨乃直接上书高宗,高宗允许刘仁轨继续留守。此前已经有流言说刘仁愿图谋割据海东,经过这次风波后,唐廷更加怀疑刘仁愿的忠诚了。
麟德二年(665年)八月,刘仁愿又作为敕使,在熊津就利山主持
新罗国王
金法敏和
百济前太子
扶余隆会盟。乾封元年(666年)回国,曾经过
泰山,与家人刻石题字留念。乾封二年(667年)七月,刘仁愿受命东征
高句丽,从南线进攻,计划与
李勣率领的主力军会师于
平壤,并督促新罗出兵助征。总章元年(668年)六月,高句丽大谷、
汉城二郡十二城归顺刘仁愿。但到了同年八月,唐廷以刘仁愿在征讨高句丽的过程中逗留不赴为由押回
长安,刘仁愿在
唐高宗面前辩解,高宗下令将他拖出殿外斩了,很快念及曾镇守百济的功劳,减为流放
姚州(今
云南姚安)。后不知所终。
唐高宗时期,刘仁愿数次前往漠北抚慰
回纥、
铁勒诸部,又奔赴
吐谷浑、
吐蕃宣敕。随
苏定方攻灭百济,留守百济故地,抵御了百济复国军的围攻,为唐军反攻赢得时间,后与
刘仁轨等一起剿灭百济复国军,并主持新罗国王金法敏与唐朝新扶植的百济国王扶余隆的会盟。
韩国国立扶余博物馆保存有《刘仁愿纪功碑》,据推测可能为
刘仁轨所撰,刘仁愿亲自书写。