《台湾通史》先后在台湾和大陆至少印行过十几种
版本。但最初销售成绩并不理想，
抗战胜利后，
商务印书馆首次在大陆印行该书，才有较大印量。《台湾通史》具有鲜明的政治倾向和很高的
社会价值，是一部闪烁着
爱国主义光辉的史著，同时也极富学术价值，其中其记载的一些其他史书上不易见到的史料，至今仍为人们所喜欢引用。2013年10月22日《〈台湾通史〉第一版影印本》在北京台湾会馆举行出版座谈会，连横嫡孙、
中国国民党荣誉主席
连战为《台湾通史》第一版影印本的出版题词：
翰墨书香，文化桥梁，两岸共赏，互和融合。
《台湾通史》是2010年商务印书馆出版的图书，为有关
台湾历史的一部通史著作，是历史学家
连横一生最重要的著作，1920年11月至1921年4月由其创办的台湾通史社分上、中、下3册在台湾出版，全书分为纪4篇、志24篇、
传60篇，共88篇36卷，约有60万字，另附
表目101项，记叙了台湾起自
隋代终于1895年因《
马关条约》被迫割让的历史，尽录上下千年台湾之事，是第一部较为完整的有关台湾的史书。
连横十三岁时，其父连永昌购买一部
余文仪《重修
台湾府志》给他说：汝为台湾人，不可不知
台湾史。基于先人家教启蒙与
台湾为
日本所占的双重动机，自1908年至1918年着手撰写《台湾通史》，体裁仿效
司马迁《
史记》体例而成，起自
隋炀帝大业元年（
605年），终于割让（
1895年）。这是
台湾人第一次完成的第一部冠以台湾通史名称的著作。不过连横对于
台湾民主国的记载，最初以独立纪撰写，后又改为过渡纪以避免争议。
下村宏：分类有法，矧又气象雄浑，笔力遒健，论断古今，吾几不能测其才之所至，盖近世巨观也。
杨云萍：连横运用材料有所局限，有抄袭他人作品的弊端。对史料的处理不够严谨，部分记载甚或出于自己的创作。地名与人物的错误层出。初版有两任台湾总督
明石元二郎和
田健治郎的亲笔题辞，使部分人士怀疑有媚日之政治立场。
翁佳音：《台湾通史》几乎每页都有错。但在日本统治并鼓吹同化之时，台湾通史的出版，的确发挥了维护台湾历史主体性的作用。《台湾通史序文》被编入台湾高中国文教材。从近代史学的观点言，《台湾通史》未臻完善，例如《台湾通史·吴凤传》中的
吴凤事迹已经是一个众所皆知的大错误。
邓孔昭：指出《台湾通史》误谬达六百余处。邓孔昭提到《台湾通史》所载
蒋元枢与怪僧月事乃抄自《
清朝野史大观》一书。连横甚至杜撰〈
朱一贵起事檄〉。
吴密察：〈与荷兰守将书〉同样也是连横杜撰，因之前从无明清文献有此文，与荷兰所藏书信也不同。
陈昭瑛：连横是改写
江日升《
台湾外记》所记此地非尔所有，乃前太师练兵之所。今藩主前来，是复其故土。改成然台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞。今余既来索，则地当归我。，而且
康熙前，中国人也从未将台湾视为中国领土。
《台湾通史》误把台湾地名由来说为埋冤，认为埋冤本来是纪录先民艰辛开垦的情状，后来因为名字不吉利，而改成跟台湾闽南语发音一样的台湾。但事实上，台湾一词早在
明朝泰昌元年（
1620年）就首次出现于公文上，明末
何乔远所著之《镜山全集》中，也出现台湾这个名称。 而大量移民形成埋冤之地，却发生在清领初期，所以台湾通史的说法并不正确。